Az előadás letöltése folymat van. Kérjük, várjon

Az előadás letöltése folymat van. Kérjük, várjon

AFRIKAI HARCSA GENOM PROJECT Kovács Balázs 1, Barta Endre 2, Pongor Lőrinc 3, Uri Csilla 1, Keszte Szilvia 1, Patócs Attila 3, Müller Tamás 1, Orbán László.

Hasonló előadás


Az előadások a következő témára: "AFRIKAI HARCSA GENOM PROJECT Kovács Balázs 1, Barta Endre 2, Pongor Lőrinc 3, Uri Csilla 1, Keszte Szilvia 1, Patócs Attila 3, Müller Tamás 1, Orbán László."— Előadás másolata:

1 AFRIKAI HARCSA GENOM PROJECT Kovács Balázs 1, Barta Endre 2, Pongor Lőrinc 3, Uri Csilla 1, Keszte Szilvia 1, Patócs Attila 3, Müller Tamás 1, Orbán László 4, Urbányi Béla 1 1 Szent István Egyetem, Mezőgazdaság- és Környezettudományi Kar, Akvakultúra és Környezetbiztonsági Intézet, Halgazdálkodási Tanszék, Gödöllő 2 NAIK Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, Mezőgazdasági Genomika és Bioinformatika Csoport, Gödöllő 3 MTA-SE Molekuláris Medicina Kutatócsoport,Semmelweis Egyetem, Budapest 4 Reproductive Genomics Group, Temasek Life Sciences Laboratory, Singapore

2

3

4 Afrikai harcsa termelés Növekvő termelés Több mint 29 országban tenyésztik(FAO) Magyarországon a második legnagyobb mennyiségben előállított hal

5 Main producer countries of Clarias gariepinus (FAOFisheryStatistics,2006) Több mint 29 ország

6 Triplex Duplex PCR alapú teszteljárás

7 FISH CgaY1próbával

8 Taxonómiai elterjedés vizsgálata

9

10 Az ivarspecifikus markerek alkalmazása a fenotípusos ivar előrejelzésére 179utód ikrástejes szövettan PCR alapú szexálás nőstények hímek petefészek here Elvékonyított kenetek acetocarmin festés követően

11 Genom információk Egy egyed (hím) 2n=56 C-érték: 1.20 pg (Animal Genome Size Database) Számított genom méret: 1173 Mb (Okonkwoand Obiakor;2010)

12 Genom szekvenálás MatePairPaired-Endösszesen Iszert méret (bp) Leolvasások száma (db) Leolvasások hossza (bp) 100 takarás36,6623,9860,64 Illumina Highseq 2000

13 Adat feldolgozás Nemzeti Információs Infrastruktúra Fejlesztési (NIIF) Program Szekvencia minőség vizsgálat:Trimmomatic Az adataok 89% - a használható A szekvencia összeillesztése (De Novo Genome Assembly): – SOAPdenovo – Allpaths-lg – Minia

14 A szekvencia összeillesztések eredménye SOAPdenovoAllpaths-lgMinia contigs Largest contig Total length GC(%)38,3738,2337,99 N #N'sper100kbp28 709, , ,97

15 Szekvencia Illesztés

16 Ivari markerek a szekvenciában Mind két markert megtalálható – CgaY1 6Kb Contig – CgaY2 44kb contig

17 NameStartStopLengthStrand tRNA Phe 169 H 12S rRNA H tRNA Val H 16S rRNA H tRNA Leu H ND H tRNA Ile H tRNA Gln L tRNA Met H ND H tRNA Trp H tRNA Ala L tRNA Asn L tRNA Cys L tRNA Tyr L COX H tRNA Ser L tRNA Asp H COX H tRNA Lys H NameStartStopLengthStrand ATP H ATP H COX H tRNA Gly H ND H tRNA Arg H NAD4L H NAD H tRNA His H tRNA Ser H tRNA Leu H NAD H NAD L tRNA Glu L Cyt b H tRNA Thr H tRNA Pro L A mitokondriális DNS annotálása bp 37 gén MITOS- szoftver

18 Clariidae és Siluridei Uniprot szekvenciák genom illesztése

19 Összefoglalás MatePair és Paired-End genomi könyvtárak Genom szekvencia adatok 60x lefedettséggel Mitokondriális genom (16 537bp, 37 gén) ~ 5460 db gén előzetes illesztése Folytatás Újabb hosszú Inzert (large insert) genomi könyvtár és Teljes Transzkriptóma szekvenálás

20 Köszönetnyilvánítás A kutatást az OTKA és a Nemzeti Kíválóság Program /2014/TUDPOL azonosító számú pályázata támogatja.


Letölteni ppt "AFRIKAI HARCSA GENOM PROJECT Kovács Balázs 1, Barta Endre 2, Pongor Lőrinc 3, Uri Csilla 1, Keszte Szilvia 1, Patócs Attila 3, Müller Tamás 1, Orbán László."

Hasonló előadás


Google Hirdetések