Újabb út a Kongó folyóhoz Hazatértekor könyvet írt tapasztalatairól. A New York Herald és a brit Daily Telegraph ezután úgy döntöttek, hogy közösen finanszírozzák Stanley egy újabb expedícióját Afrikába. Ezen az újabb úton többek közt tisztázta Afrika utolsó nagy rejtélyét: végigkövette a Kongó folyó útját a torkolatig.
Stanley afrikai tevékenységét végig viták övezték. Késői éveiben sok energiát kellett arra fordítania, hogy tisztázza magát a vádak alól, amelyek szerint afrikai expedícióit erőszak és brutalitás kísérte. Azt a véleményt tulajdonították neki, hogy „a vademberek nem tisztelnek semmit, csak az erőt, a hatalmat, a bátorságot és a döntőképességet”. Halálesetekért is hibáztatták, közvetve pedig azért, hogy II. Lipót belga király megszerezte a Kongói Szabadállamot.
1886-ban Stanley expedíciót indított, hogy „megmentse” Emin pasát, a dél-szudáni Equatoria kormányzóját. Hatalmas nehézségek és sok ember halála árán 1888-ban megtalálta Emint, felfedezte a Rwenzori-hegységet és az Edward-tavat, és 1890-ben Eminnel és életben maradt követőivel együtt hagyta el Afrika belső területeit.Ezután visszatért Európába.