megértés adatgyűjtés tervezés

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
A H-atom kvantummechanikai tárgyalása Tanulságok 1.
Advertisements

RACIONÁLIS GYÓGYSZERTERVEZÉS MOLEKULASZERKEZETI VONATKOZÁSOK.
majdnem diffúzió kontrollált
E képlet akkor ad pontos eredményt, ha az exponenciális tényező kitevőjében álló >>1 feltétel teljesül. Ha a kitevőben a potenciálfal vastagságát nanométerben,
7. A MOLEKULÁK ELEKTRONSZERKEZETE
3. A HIDROGÉNATOM SZERKEZETE
Számításos kémia.
1. A KVANTUMMECHANIKA AXIÓMÁI
Borán es foszfin molekulák kölcsönhatása oldatfázisban
A konformációs entrópia becslése Gauss-keverék függvények segítségével
Entrópia és a többi – statisztikus termodinamikai bevezető
Erőállandók átvihetősége
Molekula-tulajdonságok
Szilárd anyagok elektronszerkezete
Bayes hálók október 20. Farkas Richárd
A VB- és az MO-elmélet és a H2+ molekulaion
Segédanyag a Fizikai Kémia III. tárgyhoz dr. Berkesi Ottó
A kvantumkémia alkalmazása
Sokrészecske-rendszerek
Molekulák elektronszerkezete,
Önkonzisztens Sűrűségfunkcionál Alapú Tight-Binding (SCC-DFTB) Módszer Száraz Áron Szegedi Tudományegyetem Természettudományi és Informatikai Kar Fizikus.
Dinamikus klaszterközelítés Átlagtér illetve párközelítés kiterjesztése N játékos egy rácson helyezkedik el (periodikus határfeltétel) szimmetriák: transzlációs,
Ezt a frekvenciát elektron plazmafrekvenciának nevezzük.
Kulcs-zár illeszkedés (Emil Fischer)
Kötéshossz és kötési energia
A többelektronos atomok elektronszerkezete
A kvantummechanika alapegyenlete, a Schrödinger-féle egyenlet és a hullámfüggvény Born-féle értelmezése Előzmények Az általános hullámegyenlet Megoldás.
MO VB Legegyszerűbb molekulák: kétatomos molekulák a.) homonukleáris
4. A MOLEKULASZERKEZETRE VONATKOZÓ ÁLTALÁNOS ELVEK.
3. A TÖBBELEKTRONOS ATOMOK SZERKEZETE
Ami kimaradt....
2. A KVANTUMMECHANIKA AXIÓMÁI
A H-atom kvantummechanikai tárgyalása Tanulságok
2. A KVANTUMMECHANIKA AXIÓMÁI
2. A HIDROGÉNATOM SZERKEZETE
8. A MOLEKULÁK ELEKTRONSZERKEZETE
3. A HIDROGÉNATOM SZERKEZETE A hidrogénatom Schrödinger-egyenlete.
A moláris kémiai koncentráció
2. A KVANTUMMECHANIKA AXIÓMÁI 1. Erwin Schrödinger: Quantisierung als Eigenwertproblem (1926) 2.
A H-atom kvantummechanikai tárgyalása Tanulságok
8. A MOLEKULÁK ELEKTRONSZERKEZETE
A H-atom kvantummechanikai tárgyalása Tanulságok
8. A MOLEKULÁK ELEKTRONSZERKEZETE
A H-atom kvantummechanikai tárgyalása Tanulságok
3. A HIDROGÉNATOM SZERKEZETE
Hőtan.
Kémiai reakciók.
Kémiai kötések.
Rezgések elmélete: kétatomos molekula klasszikus leírása
Oldószermodellek a kvantumkémiában A kémiai reakciók legnagyobb része oldószerben játszódik le (jelentőség) 1. Az oldószermodellek elve 2.
Az elektronburok szerkezete
Kémiai kötések Kémiai kötések.
Elektrosztatikus számítások
Enzimreakciók Környezet figyelembe vétele   1 (  1 )-  2 (  2 ), mikor minden fragmens végtelen távolságban van Empirikus vegyértékkötés módszer.
Dr Jedlovszky Pál ELTE TTK
Spindinamika felületi klaszterekben Balogh L., Udvardi L., Szunyogh L. BME Elméleti Fizika Tanszék, Budapest Lazarovits B. MTA Szilárdtestfizikai és Optikai.
Torlódás (Jamming) Kritikus pont-e a J pont? Szilva Attila 5. éves mérnök-fizikus hallgató.
Az anyagszerkezet alapjai II.
A Van der Waals-gáz molekuláris dinamikai modellezése Készítette: Kómár Péter Témavezető: Dr. Tichy Géza TDK konferencia
7. A MOLEKULÁK ELEKTRONSZERKEZETE 7.1 A variációs elv.
Az antidot sajátállapotok
Készült a HEFOP P /1.0 projekt keretében
A kvantum rendszer.
E, H, S, G  állapotfüggvények
Magerők.
A H-atom kvantummechanikai tárgyalása Tanulságok
Szilárd testek fajhője
A bemutatót összeállította: Fogarasi József, Petrik Lajos SZKI, 2011
4. A MOLEKULASZERKEZETRE VONATKOZÓ ÁLTALÁNOS ELVEK
Hőtan.
Előadás másolata:

megértés adatgyűjtés tervezés Molekula-modellezés megértés adatgyűjtés tervezés

Ajánlott irodalom W.J. Hehre, L. Radom, P.v.R. Schleyer, J.A. Pople, Ab Initio Molecular Orbital Theory, Wiley, New York, 1985. G. Náray-Szabó, P.R. Surján, J.G. Ángyán, Applied Quantum Chemistry, Akadémiai, Budapest, 1987. K.B. Lipkowitz, D.B. Boyd, Reviews in Computational Chemistry, VCH, New York, Vols. 1-14, 1990-2002. Keserű Gy., Náray-Szabó G., Molekulamechanika, Kém. újabb eredm. 80. köt., Akadémiai, 1995, 7-98. old.

Anyagi tulajdonságok Legtöbb esetben visszavezethetők a molekulák tulajdonságaira hullámfüggvény  mérhető mennyiségek molekulatulajdonságok + kölcsönhatások + statisztikus leírás = makroszkopikus mennyiségek

Molekula-tömbfázis átvihetőség

Módszerek

Dirac-egyenlet ih/2π.Φ/t = Hrel.Φ Hrel = c.( + e/c.A) - eV + mc2 A: vektorpotenciál V: skalárpotenciál : spinnel összefüggő 4x4 mátrix : egységmátrixból épül fel Φ: négy komponensű vektor spin-spin, spin-pálya csatolás leírásánál közvetlen, nehéz (Z > 40) atomoknál közvetett jelentőség

Schrödinger-egyenlet ih/2π.Φ/t = HΦ H = T + V Φ(r,R,t) r: elektronkoordináták R: magkoordináták t: idő általános megoldás: ab iníció molekuladinamika bonyolult kémiai reakcióknál fontos

Stacionárius rendszerek Hn = En.n n (r,R) T =  i V = Vee + Vem+ Vmm Vee =  1/rij Vem =  Za/ri -Ra Vmm =  Za Zb/Ra- Rb

Born-Oppenheimer közelítés A magok sokkal nehezebbek, mint az elektronok, ezért mozgásuk szétcsatolható (r,R)  el(r).m(R) E = Ee + Em a magok az elektronok által meghatározott potenciálfelületen mozognak kivétel: pl. vibronikus kölcsönhatások

Konfigurációs kölcsönhatás (CI) hullámfüggvény ψ = det|φi (j)| el = Σ CLψL a kémiai intuíció alapján választjuk ki a fontos konfigurációkat N5, N6 függés, 10-20 nehéz atom fontos az alábbi esetekben: - elektrongerjesztések - kötések torzulása - diszperziós kölcsönhatások

Hartree-Fock módszer (HF) HF = det|φi (j)| elektronkorreláció:  vs. HF N4 függés nagy bázis: 50-60 nehéz atom minimális bázis: 200 nehéz atom egy-elektron tulajdonságok megbízhatóan számíthatók

P [() - 1/2()] LCAO módszer φi = ciu Fci = i Sci Fock operátor F = H + P [() - 1/2()]

unlm(r,θ,φ)=Nrn-1 exp(-ζn.r) Ylm(θ,φ) Atompályák (AO) Slater-függvény unlm(r,θ,φ)=Nrn-1 exp(-ζn.r) Ylm(θ,φ) s p dxy dz2

Atompályák (AO) Gauss-függvény primitív: guvw(r) = Nxuyvzw exp(-ζuvw.r2) kontrahált: unlm(r,θ,φ) = Σ guvw(r) az egzakt AO-nak „hegye” van (cusp)

Bázisrendszerek minimális (STO-3G): atompályánként 1 bázisfüggvény split valence: vegyértékpályánként 2 bázisfüggvény (pl. 3-21G, törzs: 3, vegyérték: 2+1) double zeta (DZ): atompályánként 2 bázisfüggvény polarizációs: nagyobb mellék-kvantumszámú AO-k is, pl. 6-31G* diffúz: polarizációs+igen kis pályaexponensű tagok, pl. 6-31+G**

Molekulapályák (MO) φi = Σ cia ua atompályák lineáris kombinációja kanonikus: sok atomon, megfelel a molekula szimmetriájának lokalizált: döntő részben kötésben lévő atomokon elektronkonfiguráció: MO-k és betöltési számok rendszere, egy-determináns hullámfüggvény rövidített jelölése a,b: C2 + vagy -; 1,2: Cv + vagy -

Víz kanonikus MO-k 1a122a123a121b221b12 1sO2nσOH2σOH2σOH2nπOH2

Lokalizált molekulapálya CH3NH2

Pszeudopotenciál belső héjak leírása effektív potenciállal (csak a vegyérték-elektronokat vesszük figyelembe) analitikus függvények illeszthetők a numerikus potenciálra nehéz atomokat tartalmazó rendszereknél fontos az alkalmazása

Pszeudopotenciál Gd atom

Sűrűségfunkcionál módszer Kohn-Sham-tétel: alapállapotú rendszer energiája felírható mint az elektronsűrűség funkcionálja E = T(ρ) + V(ρ) + Exc(ρ) Hci = i Sci H = T + VC + Vem+ Vmm + Vxc(σ) parametrizált, lokális kicserélődési és korrelációs potenciál (Gáspár) Vxc(σ)[ρ(r),Δρ(r)] homogén elektrongázra egzakt képlet

Szemiempirikus módszerek Zérus differenciális átfedés ua(r).ub(r) = δab Pople: parametrizálás HF eredményekre Dewar: parametrizálás kísérleti eredményekre lineáris skálázással: 10 ezer atom

MNDO-módszerek

Extended Hückel módszer Fock-operátor szétcsatolva F = 1/2K.S (H + H) E = 2 Σocc i nincs iteráció átmenetifém-komplexek és fémfelületek nagy modelljeinél még ma is alkalmazzák

Hückel módszer Hci = ici H = α H = β, μ,ν kötésben σ-π szeparálhatóság, ortogonális pz-pályák Hci = ici H = α H = β, μ,ν kötésben H = 0, egyébként H = α.I + β.A I egységmátrix A szomszédossági mátrix Molekula = csúcsok (atomok) + élek (kötések)

Kémiai gráfelmélet 9 1 10 2 8 7 3 5 4 6 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0

molekula = rugókkal összekötött gömbök Molekula-mechanika molekula = rugókkal összekötött gömbök a potenciálfelület nyújtás, hajlítás, torzió, nemkötő, csatolási tagok egyszerű összege illesztés kísérleti (I. osztály) vagy pontos kvantumkémiai (II. osztály) adatokhoz különböző atomfajtákra (sp2, sp3, aromás szén, amin-N, amid-N, stb.) különböző paraméterek

Molekula-mechanika + kevert tagok

Módszerek összehasonlítása Módszer pontosság méret max. nem-H atom CCSD(T)/QTZ kvantitatív N6 5-6 MP2/DZP félkvantitatív N4 10-50 DFT/DZP félkvantitatív N3 50-100 HF/DZ kvalitatív N3 100-200 szemiemp. félkvalitatív N2-3 1000 mol. mech. félkvantitatív (interpoláció) N2-3 10.000

Molekulagrafika vonalas ábrázolás (szuperpozíció) dopamin-receptorhoz kötődő ligandumok

térkitöltő: reverz transzkriptáz-RNS-DNS illeszkedés Molekulagrafika térkitöltő: reverz transzkriptáz-RNS-DNS illeszkedés

Molekulagrafika molekulafelszín (neuraminidáz) elektrosztatikus potenciál a felszínen (balra) szintvonalas ábrázolás (jobbra)

Beágyazásos (QM/MM) módszerek A legtöbb kémiai reakció viszonylag kis térrészre lokalizált Warshel, Náray-Szabó--Surján Q1: nagy bázis, Q2: kis bázis POL: minimális bázis (polarizálható), MM: molekulamechanika határ-régió: lokalizált pályák vagy pszeudoatomok

Beágyazásos (QM/MM) módszerek H(Q12) = T + V(Q12) + V(Q12;POL) + V(Q12;MM) + Vhatár(Q12/POL) E(Q12) = Ekin(Q12) + Epot(Q12) + Epot(Q12;POL) + Epot(Q12;MM) + Epot(Q12/POL) + Epot(Q12/KONT)

Kontinuum-módszerek rr - r2r = - 4r töltéseloszlás folytonos dielektrikumban - elektron és irányítási polarizáció - üregképződés - diszperzió - oldószer átrendeződése Poisson-Boltzmann modell: mozgékony ionfelhő rr - r2r = - 4r : dielektromos állandó : elektrosztatikus potenciál : töltéssűrűség  = 1 az oldószerben, 0 az oldott anyagban 2 arányos az ionerősséggel

Kontinuum-módszerek Szemiempirikus modellek polarizáció: oldószerkörnyezet figyelembe vétele a Fock-mátrixban üregképződés: energiája arányos a nedvesített felülettel paramétereket kísérleti adatokhoz illesztik ajánlott módszerek: AMSOL program (AM1 parametrizáció) SASA (Solvent Accessible Surface Area)

Molekuladinamika miai = fi fi = - iV(r1,r2,…,rN) molekula: tömegpontok rendszere klasszikus mozgásegyenlet miai = fi fi = - iV(r1,r2,…,rN) megoldási algoritmus: - rendezett vagy véletlenszerű térbeli eloszlás, Maxwell-Boltzmann sebességeloszlás - ri(t),vi(t),ai(t)  ri(t+Δt),vi(t +Δt),ai(t+Δt) pl. Verlet algoritmus - új fi, ai - új ri(t),vi(t) - iteráció az egyensúly eléréséig

kondenzált fázisok: periodikus határfeltétel Molekuladinamika kondenzált fázisok: periodikus határfeltétel hőmérséklet T = C.mivi2

Szimulált hőkezelés

Monte Carlo módszer egyensúlyi állapotban, időtől független, átlagolt mennyiségek kiszámítása energia: Boltzmann-eloszlás n+1-ik állapot csak az n-iktől függ (Markov lánc) - V0 tetszőleges kiindulási állapotban - Vi egy részecske véletlenszerű elmozdítása után - Vi < Vi-1 új konfiguráció, Vi  Vi-1 Boltzmann súlyozás - iteráció konvergenciáig - bejárjuk az egész fázisteret

Párkorrelációs függvény kölcsönhatási potenciál V(R) = v1(ri) + v2(ri,rj) + … V(R)  Veff(R) párkorrelációs függvény, g(r): annak a véletlenszerű eloszláshoz viszonyított valószínűsége, hogy adott részecskesűrűség mellett két részecskét éppen egymástól r távolságban találunk energia=kinetikus+potenciális E/N = 3kBT/2 + 2π v2(r)g(r)r2dr

Párkorrelációs függvény rb/ra=1

Párkorrelációs függvény rb/ra=2