Pull down assay és RNAi módszerek bemutatása Sirokmány Gábor.

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
A Windows Azure egy skálázható számításifelhő-platform, amelyet a Microsoft hosztol a világ több pontján lévő adatközpontjaiban. Az Azure egyszerű,
Advertisements

KEVESEBB FELÜGYELET ÚJ ÜZLETI MODELLEK NAGYOBB TERMELÉKENYSÉG.
Semmelweis Egyetem II. sz. Gyermekklinika
Köszöntő Budai Péter Programmenedzser – IT szakmai programok Microsoft Magyarország.
Mol. biol. módszerek Dr. Sasvári Mária
T-SEJT AKTIVÁCIÓ.
BioGén tábor 2006 DNS szekvencia analízis, internetes adatbázisok a genetika szolgálatában Kósa János Semmelweis Egyetem ÁOK I.sz Belgyógyászati Klinika.
Az intergénikus régiók és a genom architektúrájának kapcsolata Craig E Nelson, Bradley M Hersh és Sean B Carrol (Genome Biology 2004, 5:R25) Bihari Péter.
A universal method for automated gene mapping Peder Zipperlen, Knud Nairz, Ivo Rimann, Konrad Basler, Ernst Hafen, Michael Hengartner and Alex Hajnal Genome.
EFFEKTOR T LIMFOCITÁK Az effektor T sejtek citokineket és citotoxinokat termelnek Az effektor T sejtek aktiválják az antigén prezentáló sejteket.
Az immunoglobulin szerkezete
A FOGLALKOZTATÁSBŐVÍTÉS ATIPIKUS FORMÁI ATYPICAL FORMS OF EMPLOYMENT EXPANSION Experience of the Visegrad Countries International Conference Pécs, March.
Egyéb öröklődési típusok és epigenetika Láng Orsolya október 20.
Falus András Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet
Kedvenc Természettudósom:
A sejtműködés jellemzése az elektromos töltések, áramok változásán keresztül Dr. Zsembery Ákos Budapest, október 10.
Buccalis kenet a connexin-26 gén 35delG mutációjának non-invazív szűrésére kisgyermekeken Torkos Attila 1,2, Magnus Teschner 2, Peter Erfurt 2, Gerrit.
POSZTTRANSZLÁCIÓS MÓDOSÍTÁSOK
Vezikuláris transzport
GTPáz aktivitás mérése gyakorlat Lévay Magdolna
A szabályozó fehérjék szabályozása
RHO/RAC FEHÉRJÉK SZEREPE A FAGOCITÁKBAN. Hall, 1998, Science, 279,
Az intermedier anyagcsere alapjai 8.
CEIOPS Solvency II. Accounting/Pillar III working group Közzétételi követelmények Gyöngy Judit
Mivel a külső erő nagyobb, mint az izom által kifejthető legnagyobb erő adott izomhosszon és adott pillanatban az izom megnyúlik miközben a feszülése.
MOLECULÁRIS GENETIKA/GENOMIKA 2..
Lázár István Témavezető: Hajdu András
GAZDA GRAS: generally recognized as safe Intracelluláris / szekréció Proteázok Termelés, szekréció szinkronizálás Gazda kialakítása.
2009. november 26. Transzgének expressziós profiljának felvétele Transzgének expressziós profiljának felvétele Kukoricabogár- és herbicid-rezisztens növények.
FLUORESZCENS IN SITU HIBRIDIZÁCIÓ
A herediter sensorimotoros neuropathiák (HSMN) – Charcot-Marie-Tooth betegségek (CMT) genetikai háttere Karcagi Veronika FJ Országos Közegészségügyi Központ.
OLDOTT FELISMERŐ MOLEKULÁK MANNÓZ BINDING LEKTIN.
OLDOTT FELISMERŐ MOLEKULÁK
A TERMÉSZETES IMMUNITÁS EFFEKTOR MECHANIZMUSAI
Az Immunválasz negatív szabályozása. AZ IMMUNVÁLASZ NEGATÍV SZABÁLYOZÁSA Naiv limfociták Az antigén-specifikus sejtek száma Elsődleges effektorok Másodlagos.
ANTIGÉN-SPECIFIKUS T – SEJT AKTIVÁCIÓ
A VÍRUSOK ELLENI IMMUNVÁLASZ
1, GÉNKÖNYVTÁRAK ALKALMAZÁSA
Mit csináltunk eddig ?. Jelenség Chemotaxis,LigandEndogén szignálmolekula szignálmolekula Módszer.
A P elem technikák: enhanszerek és szupresszorok azonosítása
Mintaképződés bináris dipoláris vékonyrétegekben Varga Imre és Kun Ferenc Debreceni Egyetem Elméleti Fizikai Tanszék.
D-vitamin szerepe a krónikus betegségek megelőzésében
Humán Genom szekvencia és variabilitás
OPTIKAI SPEKTROSZKÓPIA Festékpróbák az anyagtudományban (KM), szept Fluoreszcencia-spektroszkópia (VT), szept Fotodinamikus.
Az exogén és endogén antigének bemutatása
Vezikuláris transzport Dr. med. habil. Kőhidai László Egyetemi docens Semmelwesi Egyetem, Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet október 16.
A genom variabilitás orvosi jelentősége Gabor T. Marth, D.Sc. Department of Biology, Boston College Orvosi Genomika kurzus – Debrecen, Hungary,
T-SEJT DIFFERENCIÁCIÓ A THYMUSBAN. A thymus szöveti felépítése.
Újdonságok az anyagcsere betegségek területén
Gének, környezet, viselkedés
Immunbiológia - II. A T sejt receptor (TCR) heterodimer CITOSZÓL EXTRACELLULÁRIS TÉR SEJTMEMBRÁN kötőhely  lánc  lánc VV VV CC CC VV VV
Vállalati infrastruktúra, mely minden igényt kielégít Felhasználóbarát eszközök és élmények.
„Az a folyamat, amíg a gyógyszer a kutatás első lépéseseitől a patika polcaira kerül, gyakran évet vesz igénybe, és millió USD-t emészt fel.”
Innováció az oktatásban – innováció a gazdaságban Készítette: Szabó Gábor Szeged, szeptember 21.
Génexpressziós chipek mérési eredményeinek biklaszter analízise.
A spin-off SME from Pharmapolis Innovative Pharmaceutical Cluster Debrecen Biomarker development in the interface of industry and clinics Tilburg, 9/8/2011.
D-vitamin szerepe a genetikai regulációban
ANTIGÉN-SPECIFIKUS T – SEJT AKTIVÁCIÓ RÉSZTVEVŐK Antigénből származó peptideket bemutató sejt A T limfocita készletből szelektált peptid-specifikus T sejt.
A T limfociták Falus András Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet.
Sejtek genetikai módosítása (gének bevitele vagy eltávolítása)
Nem megfelelően szabályozott immunválaszok, amelyek saját szövetek, nem patogén mikroorganizmusok vagy ártalmatlan környezeti antigének ellen irányulnak.
Molekuláris biológiai módszerek
The lactose (lac) operon - an example for prokaryotic gene regulation
Új molekuláris biológiai módszerek
Génexpresszió szabályozása miRNS/siRNS/PIWI
Antigén receptorok Keletkezésük, a sokféleség kialakulása
A génexpresszió és az ezzel kapcsolatos struktúrák
Virológiai detektívmunka: a kanyaró nyomában (Morbilli – in flagranti)
Jogosítás a Gyakorlatban
EPIGENETIKA OLYAN JELENSÉGEKKEL FOGLALKOZIK, AMELYEK KÖVETKEZTÉBEN
Előadás másolata:

Pull down assay és RNAi módszerek bemutatása Sirokmány Gábor

Cdc42 és effektor kapcsolata

A pull down assay első kísérletes elemzése

A stimulus intenzitását és a létrejövő válasz kinetikáját is elemezhetjük.

Pertz, O. et al. J Cell Sci 2004;117: Design of different fluorescent probes for detection of Rho family GTPase activity in living cells

RNAi alapjai

Specificitás: Rac1 és Cdc42 szekvencia homológiája Target szekvencia megválasztásánál fontos szempont !

Ambion kit siRNS gyártás

p50RhoGAP GFP Transiently transfected HeLa cells „Saját gyártmányú” shRNAi vektor

Mellékhatások „Off-target”, nem szekvencia specifikus hatások: 1.Toll-like receptor 3 keresztüli hatások (IRF3-on keresztül) 2.PKR és 2’-5’ oligoadenilát-szintáz aktiválása és transzkripció inhibíció 3. Interferon képződéssel összefüggő válaszok ISG (interferon stimulált gének) expressziója ↑, pro-apoptotikus hatások 4. microRNA hatások a 3’ nem kódoló szakaszokon részleges szekvencia átfedéssel

Kontrollok (Publikációs minimum elvárások !!) 1. Ugyanazon mRNS-re targettált több különböző célszekvencia ad-e azonos hatást, fenotípust ? 2. Minimális nukleotidcserével eliminálható-e a hatás ? 3. Retranszfekció esetén kivédhető-e a hatás ? 4. Igen alacsony koncentrációk (~1 nM) elegendőek-e a hatáshoz ? (5. ún. scrambled siRNS, korábban ez volt az „alap kontroll”, ez ma már önmagában nem elégséges kontroll !!)

Kontrollok arzenálja Molecular and Cellular Biology, March 2006, p , Vol. 26, No. 6 Takehiko Ueyama, Miklós Geiszt and Thomas L. Leto

Pull down assay és RNAi együtt a Rho GTP-ázok kutatásában

Ajánlott irodalom: 1. Dykxhoorn DM, Novina CD, Sharp PA Killing the messenger: short RNAs that silence gene expression. Nat Rev Mol Cell Biol Jun;4(6): Review. 2. Benard V, Bohl BP, Bokoch GM Characterization of rac and cdc42 activation in chemoattractant-stimulated human neutrophils using a novel assay for active GTPases. J Biol Chem May 7;274(19):