A universal method for automated gene mapping Peder Zipperlen, Knud Nairz, Ivo Rimann, Konrad Basler, Ernst Hafen, Michael Hengartner and Alex Hajnal Genome.

Az előadások a következő témára: "A universal method for automated gene mapping Peder Zipperlen, Knud Nairz, Ivo Rimann, Konrad Basler, Ernst Hafen, Michael Hengartner and Alex Hajnal Genome."— Előadás másolata:

1 A universal method for automated gene mapping Peder Zipperlen, Knud Nairz, Ivo Rimann, Konrad Basler, Ernst Hafen, Michael Hengartner and Alex Hajnal Genome Biology 2005, 6:R19 Bioinformatika Szakirodalmi Tanulmányok 2005 Csörgő Bálint

2 Szekvencia polimorfizmusok alkalmazása a genotipizálásban SNP (single-nucleotide polymorphism) detektálás -SNP-t átfedő PCR amplifikátum szekvenálása -5’ nukleáz próba -DHPLC (denaturing high-performance liquid chromatography) -RFLP (restriction fragment length polymorphism) -Primer-extenzió alapú módszerek -DNS chip technológia STR (short tandem repeat) detektálás -fragmens hossz különbségek detektálása InDel (small insertions and deletions) detektálás -FLP (fragment length polymorphism)

3 Az FLP nehézségei

4 C. elegans és Drosophila FLP térképei

5 Mire jó a térkép? (Proof of principle kísérletek) 3 jól leírt mutációnak a térképezése: -let-23(sy1): vulva nélküli fenotípus -rol-1(e91): testtengely körüli forgás -unc-52(e444): bénulást okozó mutáció

6 FLP alkalmazása ismeretlen pozíciójú mutáció térképezésére I.

7 FLP alkalmazása ismeretlen pozíciójú mutáció térképezésére II.

8 Összefoglalás FLP térképezéssel napok alatt térképezhető ~200 lehetséges génre egy ismeretlen mutáció; a módszer nagy része automatizálható

9 Köszönöm a figyelmet!