Az előadás letöltése folymat van. Kérjük, várjon

Az előadás letöltése folymat van. Kérjük, várjon

Összehasonlító környezet- mikrobiológiai vizsgálatok a Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején Czeibert Katalin Témavezető: Dr. Borsodi Andrea.

Hasonló előadás


Az előadások a következő témára: "Összehasonlító környezet- mikrobiológiai vizsgálatok a Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején Czeibert Katalin Témavezető: Dr. Borsodi Andrea."— Előadás másolata:

1 Összehasonlító környezet- mikrobiológiai vizsgálatok a Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején Czeibert Katalin Témavezető: Dr. Borsodi Andrea Eötvös Loránd Tudományegyetem, Mikrobiológiai Tanszék

2 Fotoszintetizáló prokarióták Chloroflexaceae Chlorobiaceae Chromatiaceae & Ectothiorhodospiraceae ( Chromatiaceae & Ectothiorhodospiraceae (  -P) Rhodospirillaceae Rhodocyclaceae Rhodospirillaceae (  -P) & Rhodocyclaceae (  -P) Heliobacteriaceae Cyanobacteria

3 Mintavétel min.max.átl.jún. vízmélység (cm) víz hőmérséklete (°C)---33 konduktivitás (  S cm -1 ) szalinitás (g L -1 )1,7813,186,3712,34 pH8,909,839,289,7 oldott oxigén (mg L -1 )---32,7 oldott oxigén (%) Böddi-szék:

4 Tenyésztésen alapuló vizsgálati módszerek Higított minták szélesztése tengervizes és 5% (w/v) NaCl-dal kiegészített R2A táptalajokra (DSMZ 246 és 830, pH 9) Inkubálás (28°C, 1 hét), random izolálás, baktériumtörzs tiszta tenyészetek fenntartása DNS izolálás, 16S rRNS gén felszaporítása PCR (27f és 1492r primerek) segítségével Csoportosítás restrikciós enzimekkel (MspI, BsuI) végzett hasítási mintázatok (ARDRA) alapján Reprezentáns törzsek 16S rDNS szekvencia analízise (519r primer), faji szintű identifikáció (NCBI és EzTaxon adatbázisok)

5 Tenyésztésen alapuló vizsgálati módszerek Higított minták szélesztése tengervizes és 5% (w/v) NaCl-dal kiegészített R2A táptalajokra (DSMZ 246 és 830, pH 9) Inkubálás (28°C, 1 hét), random izolálás, baktériumtörzs tiszta tenyészetek fenntartása pH- és sótolerancia vizsgálata 7-, 8-, 9-, 10-, 11-es pH-jú, és 0, 2, 4, 6, 8, 10 NaCl %-os (w/v) nutrient táplevesekben

6 Tenyésztéstől független vizsgálati módszerek DNS izolálás tömörített (12000 rpm, 3 min) vízmintából – Fast DNA kit for Soil (BIO 101), tisztítás – Geneclean Spin kit (BIO 101) 16S rDNS fragmentumok felszaporítása PCR-rel (27f és 1492r primerek) Klónkönyvtár létrehozása (pGEM-T Cloning Kit) Inzert kinyerése PCR-rel (M13f és M13r, illetve 27f és 1492r primerek) Klónok ARDRA csoportosítása (MspI, BsuI) enzimek) Reprezentáns klónok 16S rDNS szekvencia analízise Faji szintű filogenetikai identifikáció (NCBI és EzTaxon)

7 Eredmények Tenyésztésen alapuló vizsgálatok - 93 baktériumtörzs izolálása, 66 csoportosítása ARDRA-val - 23 reprezentatív törzs 16S rRNS génjének elemzése 93-99%-os szekvencia-hasonlóság a Firmicutes, Proteobacteria és Bacteroidetes törzsek fajaival Molekuláris klónozás - 96 klón ARDRA csoportosítása → 44 különböző hasítási mintázat -reprezentatívok 93-99%-os szekvencia-hasonlóság az Actinobacteria, Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes, Spirochaetes, Cyanobacteria, Fibrobacteres, Lentisphaerae és Tenericutes filogenetikai törzsek fajaival % hasonlóság eddig még tenyésztésbe nem vont környezeti klónokkal

8 A tenyésztéses vizsgálatok eredményei Alpha Proteobacteria Gamma Proteobacteria Bacteroidetes Firmicutes

9 A Böddi-szék vizéből izolált baktériumtörzsek pH toleranciája

10 A Böddi-szék vizéből izolált baktériumtörzsek sótoleranciája

11 Tenyésztéssel és klónozással kimutatott filogenetikai törzsek a Böddi-szék vizében Tenyésztés Klónozás

12 Aerob vízréteg Anaerob vízréteg Anaerob üledék Aerob kemoorganotróf heterotrófok Aerob fototrófok  -Proteobacteria Alkalimonas (T) Marinospirillum (T, K) Nitrincola (T) Cyanobacteria (K) Firmicutes Bacillus, Gracilibacillus (T) Bacteroidetes Aquiflexum (T) Cyclobacterium (T) Fulvivirga (T) Bíbor kénbaktériumok Bíbor nem kénbaktériumok  -Proteobacteria Alkalilimnicola (K) Ectothiorhodospira (K) Thiorhodospira (K)  -Proteobacteria Erythrobacter (T, K) Rhodobaca (T, K) Rubritepida (K) H2SH2S szulfurétum SO 4 2- Anaerob fermentáló baktériumok Szulfátredukáló baktériumok Firmicutes Clostridium (K), Anoxynatronum (K) Spirochaetes (K)  -Proteobacteria Desulfobotulus (K) Desulfonatronum Összefoglalás

13 Köszönet a segítségért! Dr. Borsodi Andrea Palatinszky Márton, Knáb Mónika, Krett Gergely

14 Köszönöm a figyelmet!


Letölteni ppt "Összehasonlító környezet- mikrobiológiai vizsgálatok a Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején Czeibert Katalin Témavezető: Dr. Borsodi Andrea."

Hasonló előadás


Google Hirdetések