Az előadás letöltése folymat van. Kérjük, várjon

Az előadás letöltése folymat van. Kérjük, várjon

Kulcs-zár illeszkedés (Emil Fischer) A vendég-gazda kölcsönhatás egyszerűsített leírása a biofázisban.

Hasonló előadás


Az előadások a következő témára: "Kulcs-zár illeszkedés (Emil Fischer) A vendég-gazda kölcsönhatás egyszerűsített leírása a biofázisban."— Előadás másolata:

1 Kulcs-zár illeszkedés (Emil Fischer) A vendég-gazda kölcsönhatás egyszerűsített leírása a biofázisban

2 Illeszkedés típusai l térbeli szoros illeszkedés l elektrosztatikus maximális vonzás l hidrofób hidrofób hidratáció elkerülése: apoláris kontaktusok maximalizálása G. Náray-Szabó, J. Mol. Graph. 7, 76 (1989).

3 Térbeli illeszkedés nemkötő atomok nem kerülhetnek túl közel egymáshoz magyarázat törzs-törzs taszítás minimalizálása

4 Térbeli illeszkedés Maximális térkitöltés magyarázatok a) erősebb diszperziós kölcsönhatások a kompakt gazdamolekulával  P.A. Kollman in: X-Ray Crystallography and Drug Action, eds. A.S. Horn, C.J. De Ranter, Clarendon, Oxford, 1984, p. 63. b) makromolekuláris zsúfoltság (entrópia effektus)  S.B. Zimmerman, A.P. Minton, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 22, 27 (1993).

5 Reverz transzkriptáz DNS és HIV RNS fragmensek kötődése

6 Indukált illeszkedés kis peptidek kötődése a prolil oligopeptidáz üregében

7 Indukált illeszkedés Szubsztrát kötődése hatására a bemeneti csatorna kinyílik V. Fülöp, Z. Böcskei, L. Polgár, Cell 94, 161 (1998).

8 Farmakofór modell (indol-/ benzimidazol-karboxamid)

9 Elektrosztatikus illeszkedés elektrosztatikus vonzás maximalizálása a vendég és a gazda között magyarázat a vendég-gazda kölcsönhatást ionos és hidrogénhíd-kötések determinálják

10 Szubsztrát köt ő dése oligopeptidáz B-hez Modellezés lépései: l fehérjeszerkezet homológia modellezéssel l szubsztrátok illesztése l kötődés elemzése l validálás: enzimszerkezet meghatározása röntgen-diffrakcióval

11 Szubsztrát köt ő dése oligopeptidáz B-hez Z-Arg-Arg jobban kötődik mint Z-Arg (Z=benziloximino-karbonil)

12 Szubsztrát köt ő dése oligopeptidáz B-hez piros: negatív, kék: pozitív elektrosztatikus potenciál T. Gérczei, G.M. Keserű, G. Náray-Szabó, J. Mol. Graph. Mod. 18, 7 (2000). nagy negatív potenciál az aktív helyen

13 Hidrofób illeszkedés a lehető legtöbb apoláris kontaktus a vendég és a gazda között magyarázat: előnytelen hidratáció elkerülése (entrópia-effektus)

14 Ligandumkötés kalmodulinhoz ionos és apoláris kötések kombinációja

15 Arilalkilamin köt ő dése kalmodulinhoz V. Harmat, Z. Böcskei, G. Náray-Szabó, I. Bata, A.S. Csutor, I. Hermecz, P. Arányi, B. Szabó, K. Liliom, B.G. Vértessy, J. Ovádi, J. Mol. Biol. 297, 747 (2000).

16 Hasonlóság hasonló molekulák - hasonló kötődés  hipotézis: hasonló molekulák hasonló fiziológiai tulajdonságokkal bírnak

17 Térbeli hasonlóság módosítható prototípus szerkezet

18 Térbeli hasonlóság Jól meghatározott farmakofór, melyet a prolil oligopeptidáz inhibitorok egymásra helyezésével szerkesztettünk meg. ÁTVIHETŐ KÖTÉSI MÓDUS

19 Elektrosztatikus hasonlóság  comparative molecular field analysis (CoMFA) citokróm P4502A5 kumarin szubsztrátjai és inhibitorai esetében A. Poso, R. Juvonen, J. Gynther, Quant. Struct.-Act. Relat. 14, 507 (1995).

20 Hidrofób hasonlóság  Arilalkilamin és peptid oldallánc kötődése kalmodulinhoz gyenge kötődés rosszul definiálható farmakofór hasonlóság jelentése korlátozott

21 Rosszul definiált farmakofór  nem alkalmas molekulatervezésre V. Harmat et al., J. Mol. Biol. 297, 747 (2000).


Letölteni ppt "Kulcs-zár illeszkedés (Emil Fischer) A vendég-gazda kölcsönhatás egyszerűsített leírása a biofázisban."

Hasonló előadás


Google Hirdetések