A Mátra erdős táj, változatos erdőtársulásokkal. Legjellemzőbb erdőtársulásai a cseres-tölgyes erdők. A cseres-tölgyeseket északon 550 m, délen 650 m magasság körül gyertyános- tölgyes, majd bükkös váltja fel. 900 m fölött magashegyi bükkös található Kékes, Galyatető, Piszkés-tető északi lejtőin. A Mátra északi hűvös lejtőin több magashegységi faj talál életteret. A legszebb, montán bükkös erdőtársulás a Kékes északi oldalában sok ritka növényfajnak ad élőhelyet.

Itt él a piros virágú, tüske nélküli havasi vagy bérci rózsa (Rosa pendulina), a pávafarkú salamonpecsét (Polygonatum verticillare). Az északi oldalakon hársas törmeléklejtő-erdők és szurdokerdők jelzik a sajátos mikroklímát. Növényritkaságuk a poloskavész (Cimicifuga europaea), a kék virágú, nyáron nyílóhavasi iszalag (Clematis alpina), a köves helyeken jellemző erdei holdviola (Lunaria rediviva), a hármaslevelű macskagyökér (Valeriana tripteris). Több védett páfrányfaj él itt, a szoros vesepáfrány (Polystichum braunii), a karéjos vesepáfrány(Polystichum aculeatum), és a

hazánk területén csak itt élő havasi szirti páfrány(Woodsia alpina). (A poloskavész és a havasi szirti páfrány előfordulása mára bizonytalanná vált.) Az északra kinyúló gerinceken a jégkori reliktumnak tekinthető lila csenkesz(Festuca amethystina) él. Legközelebbi élőhelye a Budai-hegység, itt az Északi- középhegységben másutt nem is található. A sziklákon a Parmelia conspersa nevű zuzmó az úttörő növény. A sziklák repedéseiben az áttelelő levélzetű, alig 10 cm-es északi fodorka (Asplenium septentrionale), a szürke levelű, fehér vagy rózsaszínes pártájú, 30 cm körüli magasságú fürtös kőtörőfű (Saxifraga paniculata), a sárga kövirózsa (Jovibarba hirta) és a varjúhájfajok telepednek meg. A Mátrában csak a Gazos-kő sziklafalán fordul elő az alacsony termetű sziklai ternye (Alyssum saxatile). A vékony termőtalajú andezitsziklákon nyílt sziklagyep alakul ki, a vastagodó talajon fokozatosan záródó sziklagyep nő a sziklai csenkesz (Festuca pseudodalmatica) és a magyar perje (Poa pannonica subsp. scabra) állományaival. A sziklagyep-társulások gyöngyvesszős cserjésekkel szomszédosak. A névadó növény, a szirti gyöngyvessző (Spiraea media) egy méter magas, nehezen áthatolható bozótokat alkot, melyben a mátrai madárbirs (Cotoneaster matrensis) is otthonos. A Mátra fajgazdag hegyi rétjein fordul elő többek között a kornis tárnics (Gentiana pneumonanthe), a fekete kökörcsin (Pulsatilla pratensis subsp. nigricans), és agömböskosbor (Traunsteinera globosa).

A vizes, nedves helyeken különlegesség a hegyi perje (Poa remota), amelynek valamennyi hazai előfordulási helye a Kékes tömbjének északi lábánál található. Tavaszi időszakban vízzel borított cseres-tölgyesben a kockás liliom (Fritillaria meleagris) él egyetlen mátrai élőhelyén. A Mátra déli oldalán, a lejtőlábi melegkedvelő tölgyesek és a tatárjuharos lösztölgyesek átmeneti állományokat alkotnak, erdős-sztyepp elemekkel. Ilyent láthatunk például a mátrafüredi Dobogón.