Ritka események szimulációja - Transition Path Sampling NYME TTK Kémia és Környezettudományi Tanszék 9700 Szombathely, Károlyi Gáspár tér 4. Borzsák István.

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
Szén nanocsövek STM leképezésének elméleti vizsgálata
Advertisements

Potenciál játékok A játékoknál minden játékosnak saját nyereménye van és azt kívánják maximálni. A potenciál játékoknál létezik egy V(s1, …, sN) potenciálfüggvény,
Evolúciós potenciál játékok
Az “sejt gépei” az enzimek
? Szabadenergia számítások • ligandum kötés • konformációs változás
Kvantum számítógépek és hálózatok
A hatalom és felelősség kérdése a személyközpontú segítő kapcsolatban
Enzimreakciók Enzimatikus katalízis értelmezése k cat [s -1 ] enzimvíz carbonic anhydrase 6x acetylcholine esterase 2x10 4 8x staphylococcal.
Globális illumináció (GI)
Napelemgyárral kapcsolatos kérdések Készült az Elektronikus Eszközök Tanszékén, június 8.
Unimolekulás reakciók kinetikája
Borán es foszfin molekulák kölcsönhatása oldatfázisban
Varga Szabolcs és Gurin Péter Absztrakt: A folyadékkristályok szabadenergiája bonyolult függvénye az orientációs és térbeli rendet magába foglaló lokális.
Általános reakciókoordináta használata QM és QM/MM felszínen Fuxreiter Mónika, Petr Kulhanek, Alessandro Laio, Simon István, Csányi Gábor és Mones Letif.
A konformációs entrópia becslése Gauss-keverék függvények segítségével
FULLERÉNEK ÉS SZÉN NANOCSÖVEK
Entrópia és a többi – statisztikus termodinamikai bevezető
A Geofizikai Tanszék története és jövőképe
Tanszéki konzulens: Horváth Ákos Készítette: Kóródi Norbert.
Bayes hálók október 20. Farkas Richárd
MEGYEI TANÉVELŐKÉSZÍTŐ ÉRTEKEZLET Nyugat-magyarországi Egyetem Regionális Pedagógiai Szolgáltató és Kutató Központ 9700 Szombathely, Károlyi Gáspár tér.
TÁMOP-4.1.2/08/1/B Pedagógiai szolgáltató és kutató hálózat kialakítása a pedagógus- képzésben, a nyugat-dunántúli régióban.
II. főtétel általánosan és egységesen? Stabilitás és folyamatok
Egy komponensű folyadékok Klasszikus elmélet
Akaratlagos izomkontrakció súly mozgatása kontrollált sebesség állandó sebesség változó az idő függvényében állandó gyorsulás (lineáris változó gyorsulás.
Lab BME TMIT Sztochasztikus hálózat számítás (Stochastic network calculus) Bíró József, Ph.D. BME Távközlési és Médiainformatikai Tanszék 2007.
Gazdasági növekedés hosszú- és rövidtávon
Vizek keveredése Dr. Fórizs István. Vizek keveredése Cél:- keveredés kimutatása/bizonyítása - keveredési arány számítása Eszközök: a (feltehetően) keveredő.
4.év Mérnoki Informatika BBTE Matematika és Informatika.
Dr. Nagy Géza Csóka Balázs PTE TTK Általános és Fizikai Kémia Tanszék
Őszi Radiokémiai Napok, Eger, október A POZITRÓNIUM KÉPZŐDÉSI HOZAMÁNAK ÉS INHIBÍCIÓJÁNAK HŐMÉRSÉKLETFÜGGÉSE FOLYADÉKOKBAN Lévay Béla ELTE.
A hiba-előjel alapú FxLMS algoritmus analízise Orosz György Konzulensek: Péceli Gábor, Sujbert László Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Méréstechnika.
Pókerágens fejlesztése játékelméleti alapokon
Tervkészítés PDDL alapon Konzulens: Kovács Dániel László Intelligens rendszerek tanszék Budapest Műszaki és Gazdaságtudományi.
Valódi felülethez viszonyított (intrinsic) szabadenergiaprofil számítása fluid határfelületeken Darvas Mária ELTE, Határfelületek és Nanorendszerek Laboratóriuma,
STACIONÁRIUS RÉSZECSKETRANSZFER SZIMULÁCIÓJA MONTE CARLO ALAPOKON Kristóf Tamás Pannon Egyetem, Kémia Intézet Fizikai Kémia Intézeti Tanszék „Szabadenergia”
TELEPÜLÉSI VÍZGAZDÁLKODÁS ÉS VÍZMINŐSÉGVÉDELEM (BMEEOVK AKM2)
Ipari katasztrófák nyomában 11. előadás1 Monte-Carlo módszerek.
Készült az ERFP – DD2002 – HU – B – 01 szerzősésszámú projekt támogatásával Chapter 3 / 1 C h a p t e r 3 Stability Functions.
Josephson-effektus Kriza György, MTA SZFKI BME, 2010.
Elektrosztatikus számítások
Enzimreakciók Környezet figyelembe vétele   1 (  1 )-  2 (  2 ), mikor minden fragmens végtelen távolságban van Empirikus vegyértékkötés módszer.
Petri-hálón alapuló modellek analízise és alkalmazásai a reakciókinetikában Papp Dávid június 22. Konzulensek: Varró-Gyapay Szilvia, Dr. Tóth János.
Témavezető: Kubinyi Miklós
Dr Jedlovszky Pál ELTE TTK
Tartalom: Kanász-Nagy Márton Bevezetés, motiváció A gapegyenlet A gapegyenlet megoldásai Konklúzió.
Mintaképződés bináris dipoláris vékonyrétegekben Varga Imre és Kun Ferenc Debreceni Egyetem Elméleti Fizikai Tanszék.
Spindinamika felületi klaszterekben Balogh L., Udvardi L., Szunyogh L. BME Elméleti Fizika Tanszék, Budapest Lazarovits B. MTA Szilárdtestfizikai és Optikai.
Diszkrét elem módszerek BME TTK, By Krisztián Rónaszegi.
ELTE TTK Környezettudományi Doktori Iskola – Beszámoló napok
KAP Albizottság* Szilvássy I. ÚMVP KAP ALBIZOTTSÁG ÉS AZ ÚJ KAP Tájékozódás Monitoring és Értékelés Koherencia, konzisztencia erősítése Véleményalkotás.
Információáramlás és kommunikáció 2010/2012. Ön szerint az információ-átadás mely formáját helyezi előtérbe az intézményvezető? (fő) (fő)
Diszkrét molekuladinamika és alkalmazásai Gyimesi Gergely május 10.
Javaslatok a tanár mesterszak gyakorlati félévéhez OKM, OFI bizottság jelentése alapján.
Analogic and Neural Computing Laboratory, Computer and Automation Research Institute of the Hungarian Academy of Sciences Csatolt CNN lineáris súlytényezőkkel.
Topological phase transitions in equilibrium network ensembles Collegium Budapest, June 2004 Networks and Risks Thematic Institute How do the properties.
PPKE ITK 2009/10 tanév 8. félév (tavaszi) Távközlő rendszerek forgalmi elemzése Tájékoztatás GY. – 02.
WP-Dyna: tervezés és megerősítéses tanulás jól tervezhető környezetekben Szita István és Takács Bálint ELTE TTK témavezető: dr. Lőrincz András Információs.
PPKE ITK 2008/09 tanév 8. félév (tavaszi) Távközlő rendszerek forgalmi elemzése Tájékoztatás 15.
Címlap Betekintés a valószínűségszámításba Keszei Ernő ELTE Fizikai Kémiai Tanszék
Szeged – Novi Sad Winter School 2015: Non-Standard Forms of Teaching Mathematics and Physics Szeged Winter Training 2015: Mobile Tools and Dynamic Modeling.
Kiterjesztések szemantikája: Szemantikai tartomány : Adatoknak, vagy értékeknek egy nem üres halmazát szemantikai tartománynak nevezzük. Jelölése: D. Egy.
Innováció az oktatásban – innováció a gazdaságban Készítette: Szabó Gábor Szeged, szeptember 21.
A rendszerben résztvevő meteorológiai állomások.
NMR-en alapuló pórusvizsgálati módszerek
Mikrobasejtek ciklus alatti növekedése A tenyészet sejtszáma az idő függvényében N(t) = N 0 ·e  ·t (ha a külső környezet és a sejtek fiziológiai állapota.
Megerősítéses tanulás 5. előadás
Kinetikus Monte Carlo  Bevezetés  Véletlen bolyongás  Residence time algoritmus.
Fizikai kémia 2 – Reakciókinetika
Fizikai kémia 2 – Reakciókinetika
Előadás másolata:

Ritka események szimulációja - Transition Path Sampling NYME TTK Kémia és Környezettudományi Tanszék 9700 Szombathely, Károlyi Gáspár tér 4. Borzsák István Szabadenergia workshop Mátrafüred, október 22.

Tartalom  Motiváció  A TPS módszer – Alapjai – Megoldási technikák – Alkalmazási példák  Összegzés, kitekintés

Motiváció - átmeneti út letapogatás

Az első cikkek The articles that started it all C. Dellago, P. Bolhuis, F. S. Csajka, and D. Chandler, "Transition Path Sampling and the Calculation of Rate Constants", J. Chem. Phys., 108, 1964 (1998). P. Bolhuis, C. Dellago and D. Chandler, "Sampling ensembles of deterministic transition pathways", Faraday Discussion, 110 (1998). C. Dellago, P. Bolhuis, and D. Chandler, "Efficient Transition Path Sampling: Applications to Lennard-Jones cluster rearrangements", J. Chem. Phys., 108, 9236 (1998). C. Dellago, P. G. Bolhuis and D. Chandler, "On the calculation of rate constants in the transition path ensemble," J. Chem. Phys. 110, 6617 (1999). [PDF]

TPE - átmeneti út sokaság A rendszer (meta)stabil A-ban és B-ben determinisztikus vagy sztochasztikus mozgásegyenletek vezérlik általában A-ban vagy B-ben van, néha átmenettel nincs hosszúéletű metastabil állapot A és B között ismeretlen és rögös (szabad)energiagát

Rendparaméter és reakciókoordináta

Monte Carlo a trajektória térben Metropolis szabályok Mozdítások: lövés és eltolás

Committor - az elkötelező

Átmeneti állapotok sokasága - TSE separatrix - elválasztó felület

Elkötelező eloszlások

Reakciósebességi állandók

Szabadenergia az utak terében esernyő mintavételezés

Alkalmazások szolvatáció víz - protontranszfer biomolekula izomerizáció fehérje feltekeredés vízklaszterek diffúzió zeolitban

Összegzés és kitekintés  Statisztikus mechanikailag megalapozott, ígéretes módszer  Messze nem rutinszerű  Hosszú számítások  Egyedi problémák (rendparaméter, reakciókoordináta)

Köszönöm a figyelmet!