Valódi felülethez viszonyított (intrinsic) szabadenergiaprofil számítása fluid határfelületeken Darvas Mária ELTE, Határfelületek és Nanorendszerek Laboratóriuma,

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
Fluid-fluid határfelületek, a felületi feszültség
Advertisements

Szén nanocsövek STM leképezésének elméleti vizsgálata
? Szabadenergia számítások • ligandum kötés • konformációs változás
Wilhelmy- és Langmuir-típusú filmmérlegek
Negatív hidrogénionok keletkezése 7 keV-es OH + + Ar és OH + + aceton ütközésekben: Egy általános mechanizmus hidrogént tartalmazó molekuláris rendszerekre.
Készítette: Major Máté
MI 2003/ A következőkben más megközelítés: nem közvetlenül az eloszlásokból indulunk ki, hanem a diszkriminancia függvényeket keressük. Legegyszerűbb:
1. Megszilárdulás (kristályosodás)
Szilárdságnövelés lehetőségei
Nem egyensúlyi rendszerek
Mágneses lebegtetés: érzékelés és irányítás
Unimolekulás reakciók kinetikája
Borán es foszfin molekulák kölcsönhatása oldatfázisban
Varga Szabolcs és Gurin Péter Absztrakt: A folyadékkristályok szabadenergiája bonyolult függvénye az orientációs és térbeli rendet magába foglaló lokális.
Entrópia és a többi – statisztikus termodinamikai bevezető
Dr. Szalka Éva, Ph.D.1 Statisztika II. VII.. Dr. Szalka Éva, Ph.D.2 Mintavétel Mintavétel célja: következtetést levonni a –sokaságra vonatkozóan Mintavétel.
Statisztika II. IV. Dr. Szalka Éva, Ph.D..
Statisztika II. II. Dr. Szalka Éva, Ph.D..
KOLLOID OLDATOK.
Dr. Horváth László – PLM – CCM – 2. előadás: Határfelület-ábrázolás és Euler -i topológia A CAD/CAM modellezés alapjai Dr. Horváth László Budapesti.
Modellezés és szimuláció c. tantárgy Óbudai Egyetem Neumann János Informatikai Kar Intelligens Mérnöki Rendszerek Intézet Mechatronikai Mérnöki MSc 8.
Modellezés és szimuláció c. tantárgy Óbudai Egyetem Neumann János Informatikai Kar Intelligens Mérnöki Rendszerek Intézet Mechatronikai Mérnöki MSc 10.
A CAD/CAM modellezés alapjai
Agrár-környezetvédelmi Modul Talajvédelem-talajremediáció KÖRNYEZETGAZDÁLKODÁSI MÉRNÖKI MSc TERMÉSZETVÉDELMI MÉRNÖKI MSc.
Az autizmusról É l e t e m a s p e r g e r - s z i n d r ó m á v a l.
Matematika III. előadások MINB083, MILB083
Majdnem a teljes tér leképezése körlemezekre
Ezt a frekvenciát elektron plazmafrekvenciának nevezzük.
FELÜLETI HÁRTYÁK (oldhatatlan monomolekulás filmek) Amfipatikus molekulákból létesül -Vízben való oldhatóság csekély -Terítés víz-levegő határfelületen.
Mit tudunk már az anyagok elektromos tulajdonságairól
Lokális optimalizáció Feladat: f(x) lokális minimumának meghatározása 0.Adott egy kezdeti pont: x 0 1.Jelöljünk ki egy új x i pontot, ahol (lehetőleg)
Szabadenergia számítása számítógépes szimulációkban
Ritka események szimulációja - Transition Path Sampling NYME TTK Kémia és Környezettudományi Tanszék 9700 Szombathely, Károlyi Gáspár tér 4. Borzsák István.
Bioszeparációs technikák ELVÁLASZTÁSTECHNIKA
STACIONÁRIUS RÉSZECSKETRANSZFER SZIMULÁCIÓJA MONTE CARLO ALAPOKON Kristóf Tamás Pannon Egyetem, Kémia Intézet Fizikai Kémia Intézeti Tanszék „Szabadenergia”
Ismeretlen terhelésű szakaszok adaptív szabályozása József K. Tar, Katalin Lőrinc, László Nádai Budapesti Műszaki Főiskola H-1034 Budapest, Bécsi út 96/B.
Alapsokaság (populáció)
BUDAPEST UNIVERSITY OF TECHNOLOGY AND ECONOMICS DEPARTMENT OF ELECTRONICS TECHNOLOGY PRECÍZIÓS, GYÁRTÁSKÖZI OPTIKAI MÓDSZEREK ÉS RENDSZEREK ELEKTRONIKAI.
Enzimreakciók Környezet figyelembe vétele   1 (  1 )-  2 (  2 ), mikor minden fragmens végtelen távolságban van Empirikus vegyértékkötés módszer.
Petri-hálón alapuló modellek analízise és alkalmazásai a reakciókinetikában Papp Dávid június 22. Konzulensek: Varró-Gyapay Szilvia, Dr. Tóth János.
Dr Jedlovszky Pál ELTE TTK
Spindinamika felületi klaszterekben Balogh L., Udvardi L., Szunyogh L. BME Elméleti Fizika Tanszék, Budapest Lazarovits B. MTA Szilárdtestfizikai és Optikai.
Diszkrét elem módszerek BME TTK, By Krisztián Rónaszegi.
ELTE TTK Környezettudományi Doktori Iskola – Beszámoló napok
A földalak-számítás mint népszerű tudomány? Habsburg-térképek a Google Earth-ön Timár Gábor, Molnár Gábor, Székely Balázs ELTE Geofizikai és Űrtudományi.
UNIVERSITY OF SZEGED D epartment of Software Engineering UNIVERSITAS SCIENTIARUM SZEGEDIENSIS Programozás II. 4. Gyakorlat Függvény paraméterek, dinamikus.
Határozatlan integrál
A Van der Waals-gáz molekuláris dinamikai modellezése Készítette: Kómár Péter Témavezető: Dr. Tichy Géza TDK konferencia
Összegek, területek, térfogatok
Analogic and Neural Computing Laboratory, Computer and Automation Research Institute of the Hungarian Academy of Sciences Csatolt CNN lineáris súlytényezőkkel.
A kvantum rendszer.
A negyedik halmazállapot: A Plazma halmazállapot
1. feladat  Készíts olyan függvényt, mely paraméterül kapja két egész típusú változó címét, s hívása után a két változó értéke helyet cserél.
Anyagforgalom a membránokon =
Morvai Mária-Júlia F3D3D4.  Adott egy G=(V,E)élsúlyozott, irányított vagy irányítás nélküli, negatív élsúlyokat nem tartalmazó,véges gráf. Továbbá adott.
Földstatikai feladatok megoldási módszerei
Génexpressziós chipek mérési eredményeinek biklaszter analízise.
NMR-en alapuló pórusvizsgálati módszerek
Kinetikus Monte Carlo  Bevezetés  Véletlen bolyongás  Residence time algoritmus.
Hegesztési folyamatok és jelenségek véges-elemes modellezése Pogonyi Tibor Hallgatói tudományos és szakmai műhelyek fejlesztése a Dunaújvárosi.
Kontinuum modellek 1.  Bevezetés a kontinuum modellekbe  Numerikus számolás alapjai.
Potenciometria Elektroanalitika fogalma, Potenciometria fogalma, mérőcella felépítése, mérő- és összehasonlító elektródok, Közvetlen és közvetett potenciometria.
Nagyfeloldású Mikroszkópia
I. Az anyag részecskéi Emlékeztető.
Fizikai kémia 2 – Reakciókinetika
Fizikai kémia 2 – Reakciókinetika
Másodrendű kötések molekulák között ható, gyenge erők.
Nem egyensúlyi rendszerek
Hőtan.
Nem egyensúlyi rendszerek
Előadás másolata:

Valódi felülethez viszonyított (intrinsic) szabadenergiaprofil számítása fluid határfelületeken Darvas Mária ELTE, Határfelületek és Nanorendszerek Laboratóriuma, Pázmány P. Stny 1/A, H ‑ 1117 Budapest, Hungary Institut UTINAM—UMR CNRS 6213, Faculté des Sciences, Université de Franche-Comté, F Besançon Cedex, France Miguel Jorge Laboratory of Separation and Reaction Engineering (LSRE)Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto Rua Dr. Roberto Frias, s/n Porto, Portugal Marcello Sega ICP, Stuttgart University Pfaffenwaldring Stuttgart Germany Pál Jedlovszky Szabadenergia Workshop november Mátrafüred

Tartalom Tartalom 1.Bevezetés -Alkalmazási területek 2.Módszerek - Ismert szabadenergiaszámoló módszerek -A korlátozott változók módszere -A határfelület kérdésköre - Az intrinsic módszer - A módszer elve - Technikai kérdések 3.A víz/1,2-diklóretán/kloridion rendszer példája -A szimuláció részletei -Eredmények Szabadenergia Workshop november Mátrafüred

Bevezetés 1. - miért fontos? - Bevezetés 1. - miért fontos? - Kismolekulák transzportja membránon keresztül Ionok eloszlása határfelületeken A, Biológiai membránok -ion transzfer -elektron transzfer -gyógyszer célbajuttatás B, Elektrokémia -redox folyamatok töltött felületeken -határfelületi ionadszorpció Szabadenergia Workshop november Mátrafüred

Bevezetés 4. - Szabadenergia profil és a PMF kapcsolata - Bevezetés 4. - Szabadenergia profil és a PMF kapcsolata - Lehetetlen meghatározni Szimulációk útján közvetlenül nem számítható Szabadenergia Workshop november Mátrafüred két állapot szabadenergia különbségét számítjuk (TI, FEP) A szabadenergiát a potential of mean force-szal közelítjük

Módszerek Számítógépes Szimulációs Technikák A, Kváziegyensúlyi módszerek -Korlátozott szabadsági fokok módszere (variable constraining) -Umbrella Sampling B, Dinamikus módszerek - Irányított molekuláris dinamika (Steered Molecular Dynamics) -Metadinamika Több szimuláció A profilt kis egyensúlyi lépésekben kapjuk Egyetlen szimuláció Szabadenergia Workshop november Mátrafüred

Potential of Mean Force – korlátozott szabadsági fokok módszere 1.– klasszikus megközelítés A tesztrészecske helyét fixáljuk a szimulációs dobozban. (1- 3D) A részecske helyben tartásához a szükséges a rendszer által kifejtett erőt feljegyezzük a szimuláció minden időlépésében. A tesztrészecskét elmozdítjuk. (kis egyensúlyi lépés) Az átlagos erő hely szerinti negatív integrálja a PMF (szabadenergiaprofil). Elterjedt értelmezés: a profilt a makroszkópikus határfelülettől vett távolság (z j ) függvényében ábrázoljuk xNxN Szabadenergia Workshop november Mátrafüred

F PMF A szimulációs protokol Potential of Mean Force – korlátozott szabadsági fokok módszere 2.– klasszikus megközelítés Szabadenergia Workshop november Mátrafüred Z

Problémás kérdés – mi a határfelület?- makroszkópikusan atomi felbontásban Harmadik részecske a jelenlétében a hatás még kifejezettebb (pl.: vízujj képz ő dés iontranszfer során) Új megközelítés: viszonyítsunk a valódi felülethez (INTRINSIC PMF) Nem sík, a kapilláris hullámok miatt korrugált Id ő ben változó Sík Időben állandó Szabadenergia Workshop november Mátrafüred

ITIM analízis ITIM analízis -A valódi határfelület meghatározása– Határfelületi molekulák : a próbagolyót megállítják Az atomok méretét a Lennard - Jones  L-J paraméterrel közelítjük  L-J = 0 a próbagolyó nem látja az atomot Szabadenergia Workshop november Mátrafüred

Potential of Mean Force – a valódi felülethez viszonyított megközelítés 1.– A tesztrészecske helyét fixáljuk a szimulációs dobozban (1-3D). A szimuláció minden időlépésében feljegyezzük a molekula egy helyben tartásához szükséges erőt és a valódi határfelületet alkotó molekulák listáját, amiből kiszámítjuk a pillanatnyi erő (F inst )vs valódi távolság (z int ) fuggvényt A tesztrészecskét kis egyensúlyi lépésben áthelyezzük A F(zint) függvény integrálja a PMF az adott zint intrinsic távolságnál Új megközelítés:A szabadenergia profilt a valódi határfelülettől vett intrinsic távolság függvényében ábrázoljuk xNxN Szabadenergia Workshop november Mátrafüred

Potential of Mean Force – a valódi felülethez viszonyított megközelítés 1.– Technikai kérdések 1. - Az ITIM analízis időigénye Technikai kérdések 1. - Az ITIM analízis időigénye Szabadenergia Workshop november Mátrafüred Csak az ionhoz közeli tesztvonalakat vesszük figyelembe

Potential of Mean Force – a valódi felülethez viszonyított megközelítés 1.– Technikai kérdések 2. - Hogyan értendő az intrinsic távolság Technikai kérdések 2. - Hogyan értendő az intrinsic távolság Szabadenergia Workshop november Mátrafüred Voronoi módszer Háromszöges interpoláció A ion C tr z int y z x

Potential of Mean Force – a valódi felülethez viszonyított megközelítés 1.– Technikai kérdések 3. - Hidrátburok a szerves fázisban. Felület vagy nem? Technikai kérdések 3. - Hidrátburok a szerves fázisban. Felület vagy nem? Szabadenergia Workshop november Mátrafüred A hidrátburok a felület részeÖnálló hidrátburok Megoldás: klaszter analízis az ITIM-et megelőzően 1. A hidrátburkot alkotó vízmolekulák kiválasztása 2. A hidrátburok molekuláit is tartalmazó legkisebb klaszter megkeresése A.Valamelyik klaszter nagyobb, mint 2× B. Mindegyik klaszter kisebb, mint 2× A hidrátburok a felület része ITIM Önálló hidrátburok ITIM X

Eredmények 1. – A klasszikus PMF – Szabadenergia Workshop november Mátrafüred Klasszikus PMF Tömegsűrűség

Eredmények 2. – Az intrinsic PMF – Szabadenergia Workshop november Mátrafüred Intrinsic tömegsűrűség Intrinsic PMF

Eredmények 3. – Időigény, módszerfüggés– Szabadenergia Workshop november Mátrafüred Intrinsic PMF R é szl é p é sVal ó s időig é ny/ s/konfigur á ci ó Szimul á ci ó 2,54 Klaszter anal í zis2,49 ITIM anal í zis3,95 H á romsz ö ges interpol á ci ó 0,14 Voronoi m ó dszer0,12 Erő t á vols á g f ü ggv é ny 0,08 Újradobozol á s és integrálás 0,10

Köszönöm a figyelmet!