Az eukarióta kromoszóma térképezés alapjai Általános Genetika Kapcsoltság Homológ rekombináció Az eukarióta kromoszóma térképezés alapjai

= = = = = = Egyezményes genetikai jelölések pr vg pr+ vg+ pr vg gének azonos kromoszómán: pr vg pr+ vg+ pr vg pr+ vg+ = = pr vg / pr+ vg+ = pr vg / + + gének különböző kromoszómán: w vg w+ vg+ w vg w+ vg+ = = = w / w+ ; vg / vg+ w / + ; vg / +

W. Bateson és R.C. Punnett kísérlete és eredményei (1911) Szagos bükköny virág színe: P– lila vagy pp piros pollen alakja: L– hosszúkás vagy ll kerek P PP LL X pp ll F1 Pp Ll beltenyésztve F2 Fenotípus észlelt (12:1:1:2?) várt (9:3:3:1) lila, hosszú (P- L-) 284 > 215 lila, kerek (P- ll) 21 < 71 piros, hosszú (pp L-) 21 < 71 piros, kerek (pp ll) 55 > 24 összesen: 381 381 Feltételezték, hogy e megoszlás oka az, hogy a domináns allél „kötődik” (coupling) a dominánshoz, míg a recesszív a recesszívhez

Morgan Drosophila kísérletei Thomas Hunt Morgan és Alfred H. Sturtevant a „légyszobá”-ban

Morgan Drosophila kísérlete I. szemszín: pr (purple = lila) és pr+ piros wt szárnyhossz: vg (vestigial = csökevényes) és vg+ normális   P prpr vgvg nőstény x pr+pr+ vg+vg+ hím F1 prpr+ vgvg+ nőstény x prpr vgvg hím F2 fenotípusa: pr+ vg+ 1339 (>F1 nőstények gamétái, 1:1:1:1-t várnánk) pr+ vg 151 pr vg+ 154 pr vg 1195 összesen: 2839 (test cross)

Morgan Drosophila kísérlete II. Felcserélt allélkombináció P pr+pr+ vgvg nőstény x prpr vg+vg+ hím   F1 pr+pr vg+vg nőstény x prpr vgvg hím Utódok pr+ vg+ 157 pr vg 146 pr+ vg 965 pr vg+ 1067 összesen: 2335 nem a domonáns allél vonzza a dominánsat, ill. a recesszív a recesszívet, hanem mindig az eredeti (szülői P) allélkombinációk jelennek meg a vártnál nagyobb gyakorisággal } 1:1 (testcross)

Azonos kromoszómán levő allélpárok kapcsolt öröklődése Hogyan keletkeznek a nem szülői (rekombináns) ivarsejtek kapcsolt gének esetén?

> Kapcsolt gének esetén az eredeti (szülői) allélkombináció a vártnál nagyobb gyakorisággal lesz jelen az ivarsejtekben Ez igaz a felcserélt allélkombinációra is, pl. pr pr vg+vg+ x pr+pr+ vg vg Vezessük le!

Az átkereszteződés a nem testvér kromatidák között történik a meiózis I. profázisában Intrakromoszómális vagy Homológ rekombináció

Rekombináció: Olyan haploid génkombináció létrejötte a meiózis során, amely különbözik a (meiotikus diploidot létrehozó) haploid szülői génkombinációtól.

Mendel dihibrid keresztezéseiben is történt rekombináció P RR yy x rr YY Rr Yy x rr yy (tesztelő keresztezés) gaméták: RY Ry rY ry ry Arányok: 1 : 1 : 1 : 1 rekombináns Szülői genotípus rekombináns 2 féle rekombináció van F1 RrYy Rryy rrYy rryy

Interkromoszómális rekombináció 50% 50% Ha A és B lókuszok különböző kromoszómán találhatók, akkor a két lókuszra nézve rekombináns ivarsejtek 50%-ban keletkeznek a dihibridben

Intrakromoszómális rekombináció Intrakromoszómális rekombináció esetén a rekombinánsok aránya rendszerint kevesebb, mint 50 % Ennek oka, hogy a két vizsgált lókusz között nem történik átkereszteződés minden meiózisban 50% Ez sok utód (sok meiózis) végkimenetele! 50% Ha A és B lókuszok azonos kromoszómán kapcsoltan találhatók, akkor a két lókuszra nézve rekombináns ivarsejtek 50%-nál kisebb arányban keletkeznek a dihibridben

Hogyan mérhető a rekombináció a diploidokban? A diploidok rekombináns termékeit legkönnyebben a heterozigótáknak recesszív tesztelő törzshöz való keresztezésével azonosíthatjuk.

Hogyan mérhető a rekombináció a haploidokban?

A homológ rekombináció mechanizmusa A homológ DNS-molekulák között történő rekombinációt homológ rekombinációnak nevezzük (most a meiotikus hom.rek-val foglalkozunk, de ez a mechanizmus nemcsak meiózisban, hanem vírus és prokarióta genomok keveredésében, DNS-hibajavításban is fontos). A homológ rekombináció nagyon pontos folyamat: genetikai információ nem vész el, és nem keletkezik. A rekombináció kromoszómatöréssel és újraegyesüléssel valósul meg. A kromoszóma szakaszok fizikai cseréjét több bizonyíték is alátámasztja: Kukorica (Barbara McClintock és Harriet Creighton, 1931) - Escherichia coli l fágja Kettős heterozigóta meiózisa Test cross A rekombináns utódok kromoszómái (+ a tesztelő szülő homológja, amit ez az ábra nem mutat) vagy

A törés–újraegyesítés kísérletes bizonyítása l fággal (Matthew Meselson és Jean Weigle 1961) A c mi mutáns l törzs 13C és 15N tartalmú nehéz DNS-t, a vad típus könnyű DNS-t tartalmaz. Kettős fertőzés után az utód fágok Cs Cl sűrűség grádiensen a könnyű és nehéz sávok között köztes sűrűségű sávok is megjelennek, melyek rekombináns kromoszómákra utalnak. A c mi+ rekombinánsok valójában a nehéz sávhoz közeli átmeneti zónában találhatók, mivel a markerek az egyik kromoszóma véghez közel esnek.

A tömlősgombák (Ascomycota) meiózis termékei közvetlenül vizsgálhatók. Ezt nevezzük tetrádanalízisnek. A tetrádanalízisekből (Neurospora crassa) alapvető ismeretek származnak az intrakromoszómális rekombinációval kapcsolatban

Neurospora crassa - Ascomycoták közé tartozik Neurospora crassa - Ascomycoták közé tartozik.     ascus = spórák + őket körülzáró "zsák"     A spórák lineáris elrendeződésben vannak - a zsák megakadályozza a keveredést A a

Tetrád (oktád egyszerűsítve) típusok: A tetrádanalízisekből (Neurospora crassa) alapvető ismeretek származnak az intrakromoszómális rekombinációval kapcsolatban pl. AB x ab Meiocyta: AaBb Tetrád (oktád egyszerűsítve) típusok: 1. AB 1. AB 1. Ab 2. AB 2. Ab 2. Ab 3. ab 3. aB 3. aB 4. ab 4. ab 4. aB A B x a b A B a b A B a b Meiózis I. profázis tetrád (2-2 kromatidás homológ pár) vagy vagy Nem volt cr.o. (vagy páros számú cr.o. volt ugyanazon két kromatida között, lsd. néhány diával később) A crossing over a 4-kromatidás állapotban történik, két nemtestvér kromatida között Mind a 4 kromatida átkereszteződhet (4 kromatidás kétszeres cr.o., lsd. néhány diával később)

A crossing over a 4-kromatidás állapotban (nem a DNS-replikáció előtt, hanem után) történik, két nemtestvér kromatida között. Ezt az támasztja alá, hogy két lókuszt vizsgálva egyetlen meiózis termékei négyféle allélkombinációval rendelkezhetnek: Több crossing over történhet a kromatidák mentén, melyek összességében érinthetnek 3 vagy 4 kromatidát is (3 lókusz együttes vizsgálatából lehetett erre következtetni ABC x abc):

Ha egy meiózis során NINCS crossing over, akkor nem képződik rekombináns kromatida/leánysejt Ha két lókusz között egy vagy több crossing over történik, akkor a meiotikus termékeknek átlagosan a fele rekombináns

A rekombináció Holliday-féle modellje (Robin Holliday 1964) marker gének Szekvencia polimorfizmus a génkonverzió követése szempontjából fontos A Holliday modell a rekombinációban résztvevő két nem-testvér kromatida sorsát írja le. Ábrázolásában ezen két kromatidát alkotó DNS kettős spirálok egyes DNS szálai szerepelnek, azok irányultságának feltüntetésével mint egyenes vonalak. A spirálok úgy fekszenek egymás mellett, hogy az első spirál alsó szálának polaritása ugyanaz, mint a második spirál felső száláénak. A rekombinációban részt nem vevő kromatidákat az áttekinthetőség kedvéért a továbbiakban nem tüntetjük fel.

A Holliday szerkezet kialakulása (a) kiindulási állapot (b) Két parallel szálon bemetszés történik. RecBCD + RecA.

A RecBCD fehérjék szerepe a széttekerés és hasítás A rekombináció kezdő lépése a DNS hasítása és a DNS duplex széttekerése. A széttekerést a helikáz és nukleáz aktivitással rendelkező RecB, RecC és RecD fehérjék komplexe végzi. A komplex ATP-t igényel az előrehaladáshoz. A RecBCD komplex egy nyolc-tagú sorrendet ismer fel: 5’ GCTGGTGG 3’, amit chi helynek neveznek, és ami átlagosan 64 kb-onként fordul elő. A keletkező egyes szálak rekombinációt kezdeményezhetnek. Az RecA fehérje stabilizálja a keletkező egyes szálakat, és segíti az egyszálú DNS invazív viselkedését.

c) A szabad végek kapcsolatot létesítenek a homológ kettős spirál megfelelő szálával. RecA. d) A ligálás egy kereszthidat hoz létre a két DNS egyes szál között. Ezt a DNS szerkezetet Holliday szerkezetnek vagy Holliday keresztnek hívják.

Kereszthíd vándorlás (branch migration) a Holliday kereszt Az átkereszteződési pont elmozdulásra képes. A kereszthíd vándorlás során a két homológ szál részleges különbözősége miatt össze nem illő „mismatch” bázispárosodások jöhetnek létre. Ezért a hibrid szakaszokat heteroduplexnek nevezzük.

A Holliday szerkezet feloldódása A kereszthídhoz beköt a RuvA fehérje tetramerje, majd ehhez két RuvB kapcsolódik. Ezek mozgatják a kereszthidat. Végül RuvC leszorítja ezeket, hogy elvágja, „megoldja” a kereszthidat.

A Holliday szerkezet feloldódása A Holliday kereszt megoldódása megértését segítő ábrázolás. A Holliday szerkezet izomerizációja.

A Holliday szerkezet feloldódása 1., 2., 1., Ha az átkereszteződött egyes szálak vágódnak el, akkor a széli A és B markerek között nem jön létre rekombináció, csupán egy rövid heteroduplex marad a szál-elcsúszás helyén. 2., Ha az átkereszteződésben részt nem vett szálak vágódnak el, akkor rekombináció történik A és B között, de a rövid heteroduplex szakasz ez esetben is megmarad.

A heteroduplex a kettős szálú törés pontjától a a megoldódási pontig tart

A Meselson-Radding-féle rekombinációs modell Élesztő kísérletek arra utaltak, hogy a heteroduplex nem szimmetrikus. Ez a modell módosításához vezetett. A magyarázó modellt Meselson és Redding javasolta. (a) Az egyik kettős spirál egyik láncában bemetszés történik. (b) A DNS polimeráz szintézisbe kezd, így egy szabad szál keletkezik. (c) A reaktív egyes szál a nemtestvér kromatida komplementer szálával párosodik, és eközben kihurkolja annak másik szálát (D loop). (d) A kihurkolódó szál enzimatikusan lebomlik. (e) Ligálás hatására előáll a Holliday kereszt, ami aszimmetrikus, mivel a pöttyözött szakasz nem heteroduplex.

Szostak féle rekombinációs modell Kétszálú törés váltja ki a folyamatot A c Nukleázok visszaemésztik az 5’ végeket, 3’ túlnyúló végek keletkeznek. a C Rekombináns termékek 3’ vég invazív támadása D hurkot generál. DNS polimeráz feltölti a hiányzó szakaszokat. A két kereszthíd négyféleképpen oldódhat meg. Két megoldódás rekombináns termékeket eredményez. Két kereszthíd keletkezik.

Genetic Analysis of Chromosome Pairing, Recombination, and Cell Cycle Control during First Meiotic Prophase in Mammals Endocrine Reviews June 1, 2006 vol. 27 no. 4 398-426 Summary of the current model for reciprocal recombination according the double Holliday junction model for DSBR. For simplicity, one (two-stranded) sister chromatid of each homologous chromosome is shown (one homolog is green; the other is orange). A DSB event in the orange chromatid results in a nick that is further processed to reveal 3′-overhangs that can then invade the opposing chromatid homolog, resulting in strand displacement. DNA synthesis at the 3′-end of the invading strand, followed by second-end capture, concurrent with DNA synthesis to restore the noninvading strand, results in the formation of a mature double Holliday junction as shown. This may then be resolved by the elusive meiotic “resolvase” in a number of permutations (A–D), resulting in the formation of crossovers (cutting at positions A or B) or noncrossovers (cutting at positions C and D). A second mechanism for resolving the DSB event, known as SDSA, involves the first three steps as in this cartoon, but the mature D loop never forms. Instead, the D loop is rejected, resected ends are resolved by limited DNA synthesis, and the structure results in noncrossover events. Gene names provided to the left of each cartoon are indicative of putative regulators of the corresponding events. Model is based primarily on extensive yeast studies, but also on data from mice.

A meiotikus crossing over – a fontosabb megállapítások áttekintése Meiózis I. profázisban Homológok párosodásakor: tetrád (2+2 kromatida – 4 DNS kettős hélix, melyek közül egy ponton 2 nemtestvér kromatida, azaz két kettős hélix vesz részt egy crossing overben) Mind a négy kromatida részt vehet crossing overben, de egy ponton kettő kereszteződik át Az átkereszteződést iniciálja: meghatározott DNS-szekvencia rész (chi hely), egyes vagy kettős szálú DNS-törés Az átkereszteződés és a megoldódás helye nem feltétlen esik egybe (szálvándorlás) Két lókusz közötti átkereszteződés nem vezet minden esetben rekombinációhoz (a megoldódás módjától függ) Azokban a meiózisokban, amelyekben van crossing over két lókusz között, és a megoldódás rekombináns termékeket eredményez, az összes meiotikus terméknek a fele rekombináns

Az eukarióta kromoszóma térképezés alapjai A kapcsoltság és a rekombinációs frekvencia felhasználása géntérképek szerkesztésére Az eukarióta kromoszóma térképezés alapjai

A rekombinációs gyakoriság (=RF vagy rekombinációs frekvencia) számítása Morgan kísérletében az F2 fenotípusos megoszlása: Szülői kategóriák: pr+ vg+ 1339 pr vg 1195 Rekombináns kategóriák: pr+ vg 151 pr vg+ 154 összesen: 2839 Rekombinánsok száma: 151+154=305 Összes utód száma: 2839 Rekombinációs gyakoriság: rekombináns utódok száma osztva az összes utód számával. 305/2839=0,107=10,7%, nyilvánvalóan kisebb mint 50%. 305

Az átkereszteződés valószínűsége távolságfüggő Minél távolabb van két gén a kromoszómán, annál nagyobb valószínűséggel játszódik le átkereszteződés közöttük a meiózisok során.

Géntérkép A rekombinációs frekvenciát mérve a gének közötti relatív távolságra következtethetünk. Egy géntérkép egység (map unit, rövidítve m.u.) az a génpárok közötti távolság, amikor 100 meiotikus termékből 1 rekombináns Másképp, 0,01 (vagy 1%) rekombinációs gyakoriság (recombinant frequency - RF) egyenlő 1 térképegységgel, melyet T.H. Morgan tiszteletére centimorgannak (cM) is neveznek. A m.u. NEM egy precíz fizikai mértékegység (nem feleltethető meg egyértelműen egy meghatározott bázispárban kifejezett távolsággal, az egyes biológiai rendszerekben a m.u.-ban és a bázispárban kifejezett távolságok különböznek, akár egy genomon belül is) Lókuszok egymáshoz viszonyított helyzetének és relatív távolságuknak a meghatározására azonban abszolút alkalmas módszer a rekombinációs térképezés

A térképtávolságok additívak Mivel a térképtávolságok additívak, A-B és A-C távolsága két lehetőséget ad B-C távolságára nézve.

A géntérképezés lépései (kétpontos) 1., Tiszta vonalak keresztezése P pr+pr+ vgvg nőstény x prpr vg+vg+ hím 2., F1 tesztkeresztezése pr+pr vg+vg nőstény x prpr vgvg hím 3., F2 utódok számolása pr+ vg+ 157 pr vg 146 pr+ vg 965 pr vg+ 1067 összesen: 2335 4., RF számolás: 303 : 2335 x 100 = 12,9 cM

Hárompontos térképezés Drosophila tulajdonságok: v-sötét szem, cv-keresztvéna hiány, ct-lecsípett szárny P +/+, cv/cv, ct/ct x v/v, +/+, +/+ Figyelem! A génsorrend ismeretlen!   F1 v/+, cv/+, ct/+ x v/v, cv/cv, ct/ct (testcross)   F2 v + + 580 + cv ct 592 v cv + 45 + + ct 40 v cv ct 89 + + + 94 v + ct 3 + cv + 5 összesen: 1448 szülői rekombinánsok

Hárompontos térképezés Drosophila tulajdonságok: v-sötét szem, cv-keresztvéna hiány, ct-lecsípett szárny P +/+, cv/cv, ct/ct x v/v, +/+, +/+   F1 v/+, cv/+, ct/+ x v/v, cv/cv, ct/ct (testcross) F2 v + + 580 + cv ct 592 v cv + 45 + + ct 40 v cv ct 89 + + + 94 v + ct 3 + cv + 5 összesen: 1448 Szülői kombinációk: +, cv és v, + rekombinánsok: v, cv és +, + = 45+40+89+94=268 RF = 268/1448 = 18,5% v-cv távolság = 18,5 cM génpáronként külön-külön számoljuk az RF értékeket: v - cv viszonylatában pl:

Hárompontos térképezés Drosophila tulajdonságok: v-sötét szem, cv-keresztvéna hiány, ct-lecsípett szárny P +/+, cv/cv, ct/ct x v/v, +/+, +/+   F1 v/+, cv/+, ct/+ x v/v, cv/cv, ct/ct F2 v + + 580 + cv ct 592 v cv + 45 + + ct 40 v cv ct 89 + + + 94 v + ct 3 + cv + 5 összesen: 1448 v - ct viszonylatában: génpáronként külön-külön számoljuk az RF értékeket: Szülői kombinációk: +, ct és v, + rekombinánsok: v, ct és +, + = 89+94+3+5=191 RF = 191/1448 = 13,2% v-ct távolság = 13,2 cM

Hárompontos térképezés Drosophila tulajdonságok: v-sötét szem, cv-keresztvéna hiány, ct-lecsípett szárny P +/+, cv/cv, ct/ct x v/v, +/+, +/+   F1 v/+, cv/+, ct/+ x v/v, cv/cv, ct/ct F2 v + + 580 + cv ct 592 v cv + 45 + + ct 40 v cv ct 89 + + + 94 v + ct 3 + cv + 5 összesen: 1448 génpáronként külön-külön számoljuk az RF értékeket: cv - ct viszonylatában: Szülői kombinációk: cv, ct és +, + rekombinánsok: +, ct és cv, + = 45+40+3+5=93 RF = 93/1448 = 6,4% cv-ct távolság = 6,4 cM

Hárompontos térképezés Drosophila tulajdonságok: v-sötét szem, cv-keresztvéna hiány, ct-lecsípett szárny Rekombinációs analízis: Szülői kombinációk: + cv ct és v + + cv – v viszonylatában rekombináns v cv és + +: 45+40+89+94=268 RF = 268/1448 = 18,5% v – ct viszonylatában rekombináns v ct és + +: 89+94+3+5=191 RF = 191/1448 = 13,2% ct – cv viszonylatában cv + és + ct: 45+40+3+5=93 RF = 93/1448 = 6,4% 13,2 cM 6,4 cM v ct cv 18,5 cM A génsorrend tehát: v - ct - cv, (eredetileg hibás sorrendben v-cv-ct, írtuk fel)

Hárompontos térképezés Drosophila tulajdonságok: v-sötét szem, cv-keresztvéna hiány, ct-lecsípett szárny Rekombinációs analízis: Szülői kombinációk: + cv ct és v + + cv – v viszonylatában rekombináns v cv és + +: 45+40+89+94=268 RF = 268/1448 = 18,5% v – ct viszonylatában rekombináns v ct és + +: 89+94+3+5=191 RF = 191/1448 = 13,2% ct – cv viszonylatában cv + és + ct: 45+40+3+5=93 RF = 93/1448 = 6,4% 13,2 cM 6,4 cM v ct cv 18,5 cM 13,2 + 6,4 = 19,6 = 18,5 ?

Hol történtek rekombinációs események a kromoszóma mentén? Drosophila tulajdonságok: v-sötét szem, cv-keresztvéna hiány, ct-lecsípett szárny P +/+, ct/ct, cv/cv x v/v, +/+, +/+   F1 v/+, ct/+, cv/+ x v/v, ct/ct, cv/cv F2 v + + 580 + ct cv 592 v + cv 45 + ct + 40 v ct cv 89 + + + 94 v ct + 3 + + cv 5 összesen: 1448 Rekombinációs analízis: Szülői kombinációk: + ct cv és v + + cv – v viszonylatában rekombináns v cv és + + v + + + ct cv

Hol történtek rekombinációs események a kromoszóma mentén? Drosophila tulajdonságok: v-sötét szem, cv-keresztvéna hiány, ct-lecsípett szárny P +/+, ct/ct, cv/cv x v/v, +/+, +/+   F1 v/+, ct/+, cv/+ x v/v, ct/ct, cv/cv F2 v + + 580 + ct cv 592 v + cv 45 + ct + 40 v ct cv 89 + + + 94 v ct + 3 + + cv 5 összesen: 1448 Rekombinációs analízis: Szülői kombinációk: + ct cv és v + + cv – v viszonylatában rekombináns v cv és + + v ct + + + cv A hiba oka az, hogy v-cv távolság számításakor nem vettük figyelembe a kettős rekombinánsokat. A korrigált érték: 45+40+89+94+3+3+5+5 = 284 RF = 284/1448 = 19,6%

A kettős rekombináció nem mindig észlelhető genetikai módszerekkel A kettős átkereszteződés olyan rekombináns kromatidokat eredményez, melyek allél elrendeződése a két szélső gént tekintve megegyezik a szülői elrendeződéssel.

Tanulságok 13,2 cM 6,4 cM v ct cv 19,6 cM v cv 18,5 cM A nagy távolságot átfedő kétpontos térképzéssel nyert adatok pontatlanabbul becsülik a valós térképtávolságot, mint a 3 pontos adatok, mivel a többszörös rekombinációs kategóriát figyelmen kívül hagyják.

Mivel arányos a térképtávolság? A térképtávolságot a rekombinációs gyakorisággal (RF) mérjük. RF = = rekombinánsok átlagos száma rekombináns utódok száma összes utódok száma Az RF azonban pontatlan mérőszám. A térképtávolsággal ténylegesen a gének közé eső átkereszteződések (crossing overek) átlagos száma arányos. Kis géntávolság esetén a két szám közel azonos: az RF érték tükrözi a cr.o-k előfordulását Nagy géntávolságnál a crossoverek száma jelentősen nagyobb, mint a rekombinánsok száma.

A kétpontos térkép kis géntávolságnál pontos A B a b 2 közeli lókusz között lejátszódó átkereszteződés esélye kicsi, a többszörös átkereszteződések valószínűsége pedig szinte elhanyagolható A kétpontos térképezés adatai ezért kis géntávolságok esetén pontosak, megbízhatóak.

A többszörös crossover a vizsgált markergének szempontjából A kétpontos térkép nagyon nagy géntávolság esetén nem mutat kapcsoltságot A a B Két lókusz közötti nagy távolság esetén a többszörös átkereszteződések biztosan bekövetkeznek. A többszörös crossover a vizsgált markergének szempontjából átlagosan 50% rekombináns terméket eredményez, ami a nem kapcsolt génekre jellemző.

Azonos kromoszómán egymástól távol elhelyezkedő mendeli lókuszok nem mutattak kapcsoltságot.

A kétpontos térképezés térképfüggvénnyel pontosítható % rövid szakaszokon mért távolságok összege 50 mért távolság (RF) közvetlenül mért távolság 30 45 valódi térképtávolság A két függvény kis távolságok esetén egybeesik. A pontos térképtávolságok mérésének egyik megoldása a lehető legkisebb szakaszokkal történő térképezés. Ez azonban nehézkes, munkaigényes, és egy sor élőlény esetén nem lehetséges. (A térképfüggvény = a kék görbe függvénye).

93 cM Egy kromoszóma rendszerint több mint 50 cM hosszúságú. A B C D E F G H I J K 8 10 4 7 12 11 6 10 15 10 A K 93 cM

A Drosophila melanogaster korai géntérképe

A paradicsom kapcsoltsági térképe (1952)

A genetikai (kapcsoltsági) és a fizikai (DNS-szekvencia) térképek összeegyeztetése

Térképezni nemcsak fenotípusos, hanem molekuláris markerekkel is lehet Árpa kapcsoltsági térképe

A klasszikus kapcsoltsági adatok és a DNS-szekvencia ismeretének tükrében egérben ebben a régióban 1 cM ≈ 3000 kbp-nak felel meg. A gének mérete átlagosan 10–20 kbp közé esik (intronokkal együtt), a maradék távolságokat az intergénikus (gének közötti) régiók teszik ki.