Az előadás letöltése folymat van. Kérjük, várjon

Az előadás letöltése folymat van. Kérjük, várjon

A konformációs entrópia becslése Gauss-keverék függvények segítségével Gyimesi Gergely MTA SzBK Enzimológiai Intézet MTA-SE Membránbiológiai Kutatócsoport.

Hasonló előadás


Az előadások a következő témára: "A konformációs entrópia becslése Gauss-keverék függvények segítségével Gyimesi Gergely MTA SzBK Enzimológiai Intézet MTA-SE Membránbiológiai Kutatócsoport."— Előadás másolata:

1 A konformációs entrópia becslése Gauss-keverék függvények segítségével Gyimesi Gergely MTA SzBK Enzimológiai Intézet MTA-SE Membránbiológiai Kutatócsoport Szabadenergia Workshop Mátrafüred, október

2 információs entrópia: differenciális entrópia: Az entrópia a rendszer entrópiája elérhető állapotok száma statisztikus fizikai entrópia: E energiájú állapot előfordulási valószínűsége a szabadenergia meghatározza a spontán folyamatok irányát, rendszerek stabilitását. fehérje-ligandum kötődés hidrofób effektus fehérje folding

3 Az entrópia kiszámítása egzakt: hőmérsékleti faktor: állapotösszeg: átlagos energia: konformációs sokaság becslés: konformációs mintavételezés (pl. MC, MD) sűrűségbecslés

4 magsűrűség-becslés, numerikus integrálás k-legközelebbi szomszéd sűrűségbecslés kölcsönös információn alapuló kifejtés … Problémák: komplex energiafelszínt nem jól közelít nagyszámú minta szükséges lassú konvergencia bonyolult Módszerek a konfigurációs entrópia becslésére kváziharmonikus közelítés

5 paraméterek illesztése a mintákra: MLE (Maximum Likelihood Estimation) EM (Expectation Maximization) entrópiabecslés: ln f(x) Taylor-sorfejtése analitikusan kiszámolható előnyök: koncepcionálisan egyszerű képes bonyolult energiafelszínek kezelésére (fehérjék) relatív kevés mintaigény A Gauss-keverék módszer

6 kisméretű peptidek tagolt energiafelszín Gauss-keverék módszer megvalósítása összehasonlítás egzakt értékkel, más módszerekkel Célok: Tesztrendszerek: 1.egzakt entrópia 2.MC mintavételezés 3.MD sokaságok Entrópiabecslő módszerek tesztelése

7 Egzakt entrópia számolása numerikus integrálás teljes konformerhalmaz ( φ 0 rácsállandó)

8 Monte Carlo MD MD/Unc. Generált sokaságok mintavételezés a teljes konformerhalmazból minden atom szabadon mozog kötéshosszak rögzítettek

9 Entrópiabecslés – Eredmények

10 Entrópiabecslés – Összefoglalás Gauss-keverék módszer jól közelíti az egzakt értéket Descartes-koordinátákban számoló módszerek jelentősen különböző értékeket adnak (Jacobi-det.) kötéshosszak vibrációja nem ad jelentős járulékot „val” A Gauss-keverék módszer elvileg kiterjeszthető nagyobb rendszerekre is. komponensek száma dimenziók száma Problémák lehetnek:

11 Köszönetnyilvánítás MTA SzBK Enzimológiai Intézet Závodszky Péter Szilágyi András MTA-SE Membránbiológiai Kutatócsoport Hegedűs Tamás


Letölteni ppt "A konformációs entrópia becslése Gauss-keverék függvények segítségével Gyimesi Gergely MTA SzBK Enzimológiai Intézet MTA-SE Membránbiológiai Kutatócsoport."

Hasonló előadás


Google Hirdetések