Makromolekulák 2013 11 26 Simon István. Aminosav helyettesítési mátrix.

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
Miskolci Egyetem Informatikai Intézet Általános Informatikai Tanszé k Pance Miklós Adatstruktúrák, algoritmusok előadásvázlat Miskolc, 2004 Technikai közreműködő:
Advertisements

A fehérjék.
Az Észak-Alföldi régió energiastratégiája
1. Termodinamikai alapfogalmak Mire kell? A mindennapi gyakorlatban előforduló jelenségek (például fázisátalakulások, olvadás, dermedés, párolgás) értelmezéséhez,
DNS replikáció DNS RNS Fehérje
A humán genom projekt.
Makromolekulák Simon István. Párkölcsönhatások energiájának egy aminosavra számított értéke.
Fehérjék 4 Simon István. Predicting protein disorder - IUPred Basic idea: If a residue is surrounded by other residues such that they cannot form enough.
Makromolekulák Simon István. Transzmembrán fehérjék Anyagcsere folyamatok Transzporterek Ion csatornák Hordozók Információ csere Receptorok.
Makromolekulák_2010_11_30 Simon István. Transzmembrán fehérjék Anyagcsere folyamatok Transzporterek Ion csatornák Hordozók Információ csere Receptorok.
Jó választás?.
Fehérjék 2 Simon István MTA Enzimológiai Intézet.
Makromolekulák Simon István.
Molekula-tulajdonságok
Makromolekulak_2012_12_10.ppt Simon István. Tompa P, Fuxreiter M, Oldfield CJ, Simon I, Dunker AK and Uversky VN (2009) Bioessays 31, p328.
Makromolekulák_2012_12_03 Simon István. Chou-Fasman Paraméterek Aminosav P(a) P(b) Alanine Arginine Aspartic Acid Asparagine
Makromolekulák_2010_11_ 23 Simon István. N-terminális 5pti: BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR.
Szilárd anyagok elektronszerkezete
Mik azok a fehérjék? A fehérjék aminosavak lineáris polimereiből felépülő szerves makromolekulák. Ezek kialakításában 20 féle aminosav vesz részt.
Hidden Markov Model A pozícó-specifikus mátrixok használatának továbbfejlesztése egy matematikai eljárás képében, ahol minden pozícióban külön valószínűsége.
Bioinformatika Szekvenciák és biológiai funkciók ill. genotipusok és fenotipusok egymáshoz rendelése Kós Péter 2009.XI.
Kemogenomika Markus Bredel és Edgar Jacoby ‘Chemogenomics: an emerging strategy for rapid target and drug discovery’ című cikke alapján készítette: NAGYŐSZI.
Genome2D: bakteriális transzkriptóma megjelenítését szolgáló eszköz (szoftver) Csernetics Árpád Bioinformatika SZIT ápr. 18.
Bioinformatika Dr. Miskei Márton Tudományos munkatárs.
Az élő szervezeteket felépítő anyagok
Molekuláris genetika Falus András.
Az orvosi biotechnológiai mesterképzés megfeleltetése az Európai Unió új társadalmi kihívásainak a Pécsi Tudományegyetemen és a Debreceni Egyetemen Azonosító.
Az Örökítőanyag.
Génexpresszió (génkifejeződés)
Vezikuláris transzport
Lizoszóma Enzimek Membrán proteinek Transzport molekulák a membránban
GAZDA GRAS: generally recognized as safe Intracelluláris / szekréció Proteázok Termelés, szekréció szinkronizálás Gazda kialakítása.
Géntechnikák Laboratórium
Poszttranszlációs módosítások Készítette: Cseh Márton
DNS chipek, DNS hibridizáció
Algoritmus. Folyamatábrák
MOLEKULÁRIS BIOLÓGIA tavaszi szemeszter
A test mozgási energiája
Aminosavak és fehérjék
Halmazállapot-változások
A bemutatót összeállította: Fogarasi József, Petrik Lajos SZKI, 2011
Alapsokaság (populáció)
Humán Genom szekvencia és variabilitás
Receptor és szenzor fehérjék számítógépes tervezése Összeállította: Kiss Lóránd 2009.április.24. Bioinformatika szakirodalmi tanulmányok.
Vezikuláris transzport Dr. med. habil. Kőhidai László Egyetemi docens Semmelwesi Egyetem, Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet október 16.
Munka.
Makromolekulák Simon István. p27 Kip1 IA 3 FnBP Tcf3 Bound IUP structures.
Összetett intenzitási viszonyszámok összehasonlítása
2004-es kémiai Nobel-díj. Díjazottak Aaron Ciechanover Avram HershkoIrwin Rose The Nobel Prize in Chemistry 2004 was awarded jointly to Aaron Ciechanover,
Csoportkeresési eljárások Vassy Zsolt. Tematika Girvan Newman klaszterezés Diszkrét Markov lánc: CpG szigetek Rejtett Markov lánc ADIOS.
Fehérjeszekvenálás Mikronalalitikai kurzus fehérjeszekvenálás.
Nagyon nagy gráfok Lovász László Microsoft Research
Hungary-Romania Corss-border Co- operation Programme „The analysis of the opportunities of the use of geothermal energy in Szabolcs- Szatmár-Bereg.
A belső energia tulajdonságai Extenzív mennyiség moláris: Állapotfüggvény -csak a rendszer szerkezeti adottságaitól függ -csak a változása ismert előjelkonvenció.
A fehérjék. az élőlények legfontosabb anyagai (görög név: protein) a sejtek szárazanyag-tartalmának %-át adják monomereik: aminosavak (C, H, O,
A fehérjék biológiai jelentősége, felépítése, tulajdonságai Amiláz molekula három dimenziós ábrája.
GLOBÁLIS ÉGHAJLATI JÖVŐKÉP A XXI. SZÁZAD VÉGÉRE MODELL EREDMÉNYEK ALAPJÁN Készítette: Balogh Boglárka Sára.
Molekula A molekula semleges kémiai részecske, amely két vagy több atom összekapcsolódásával alakul ki.
GÁZOK, FOLYADÉKOK, SZILÁRD ANYAGOK
Makromolekulák Simon István.
DNS replikáció DNS RNS Fehérje
The lactose (lac) operon - an example for prokaryotic gene regulation
Makromolekulák Simon István.
Proteomika, avagy a fehérjék „játéka”
Munka Egyszerűbben: az erő (vektor!) és az elmozdulás (vektor!) skalárszorzata (matematika)
Makromolekulák Simon István.
A folyadékállapot.
Makromolekulák Simon István.
Makromolekulák Simon István.
Makromolekulák Simon István.
Előadás másolata:

Makromolekulák Simon István

Aminosav helyettesítési mátrix

Diszulfid becslő potenciál

Szerin proteázok szekvenciáinak összehasonlítása

Aminosavak konzervativitása és eltemetettsége

Szerkezetbecslés homológia alapján

Párkölcsönhatások energiájának egy aminosavra számított értéke

Párkölcsönhatási energiák becslése Annak a figyelembevételéhez, hogy az i. aminosav hozzájárulása függ a kölcsönható partnerektől, az aminosav összetétel másodfokú alakját kell használnunk Az aminosav összetétel és az energia közti összefüggést egy 20x20 energia becslő mátrix tartalmazza: P ij

A (szerkezetből) számolt és a (szekvenciából) becsült energiák

A rendezetlenség jóslása - IUPred Globuláris és rendezetlen fehérjékre számolt energiák

A rendezetlenség jóslása - IUPred Alapötlet: Ha egy aminosav szekvenciális környezetében olyan aminosavak vannak, amelyekkel nem tud elég sok kedvező kölcsönhatást kialakítani, akkor nem vesz fel határozott szerkezetet rendezetlen lesz …..QSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVAPAPAAPTPAAPAPA….. A környezet aminosav összetétele: A – 10% C – 0% D – 12 % E – 10 % F – 2 % stb… Az aminosav és a környezete közötti kölcsön- hatási energia becslése Ez alapján a rendezetlenség valószínűsége (magas energia rendezetlen lesz) Az algoritmus:

A rendezetlenség jóslása - IUPred A konkrét példán: A – 10% C – 0% D – 12 % E – 10 % F – 2 % stb… A D aminosav környezetének összetétele: A becsült kölcsönhatási energia: E = A kölcsönhatási energiák: 1.16*0.10+(-0.82)*0+… = %, hogy rendezetlen

A rendezetlenség jóslása - IUPred Példa: humán p53 Rendezett DNS kötő domén (DBD) Rendezetlen C-terminális domén Rendezetlen N-terminális domén

Globular proteins are not representative of full genomes Probable IUPs GLOB Human genome TM ?

IUPs: high frequency in proteomes coli yeast

Erdős-Rényi The yeast interactome Barabási-Albert Networks