Kulcs-zár illeszkedés (Emil Fischer) A vendég-gazda kölcsönhatás egyszerűsített leírása a biofázisban

G. Náray-Szabó, J. Mol. Graph. 7, 76 (1989). Illeszkedés típusai térbeli szoros illeszkedés elektrosztatikus maximális vonzás hidrofób hidrofób hidratáció elkerülése: apoláris kontaktusok maximalizálása G. Náray-Szabó, J. Mol. Graph. 7, 76 (1989).

Térbeli illeszkedés nemkötő atomok nem kerülhetnek túl közel egymáshoz magyarázat törzs-törzs taszítás minimalizálása

Térbeli illeszkedés Maximális térkitöltés magyarázatok a) erősebb diszperziós kölcsönhatások a kompakt gazdamolekulával P.A. Kollman in: X-Ray Crystallography and Drug Action, eds. A.S. Horn, C.J. De Ranter, Clarendon, Oxford, 1984, p. 63. b) makromolekuláris zsúfoltság (entrópia effektus) S.B. Zimmerman, A.P. Minton, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 22, 27 (1993).

DNS és HIV RNS fragmensek kötődése Reverz transzkriptáz DNS és HIV RNS fragmensek kötődése

kis peptidek kötődése a prolil oligopeptidáz üregében Indukált illeszkedés kis peptidek kötődése a prolil oligopeptidáz üregében

Szubsztrát kötődése hatására a bemeneti csatorna kinyílik Indukált illeszkedés Szubsztrát kötődése hatására a bemeneti csatorna kinyílik V. Fülöp, Z. Böcskei, L. Polgár, Cell 94, 161 (1998).

Farmakofór modell (indol-/ benzimidazol-karboxamid)

Elektrosztatikus illeszkedés elektrosztatikus vonzás maximalizálása a vendég és a gazda között magyarázat a vendég-gazda kölcsönhatást ionos és hidrogénhíd-kötések determinálják

Szubsztrát kötődése oligopeptidáz B-hez Modellezés lépései: fehérjeszerkezet homológia modellezéssel szubsztrátok illesztése kötődés elemzése validálás: enzimszerkezet meghatározása röntgen-diffrakcióval

Szubsztrát kötődése oligopeptidáz B-hez Z-Arg-Arg jobban kötődik mint Z-Arg (Z=benziloximino-karbonil)

Szubsztrát kötődése oligopeptidáz B-hez nagy negatív potenciál az aktív helyen piros: negatív, kék: pozitív elektrosztatikus potenciál T. Gérczei, G.M. Keserű, G. Náray-Szabó, J. Mol. Graph. Mod. 18, 7 (2000).

Hidrofób illeszkedés a lehető legtöbb apoláris kontaktus a vendég és a gazda között magyarázat: előnytelen hidratáció elkerülése (entrópia-effektus)

Ligandumkötés kalmodulinhoz ionos és apoláris kötések kombinációja

Arilalkilamin kötődése kalmodulinhoz V. Harmat, Z. Böcskei, G. Náray-Szabó, I. Bata, A.S. Csutor, I. Hermecz, P. Arányi, B. Szabó, K. Liliom, B.G. Vértessy, J. Ovádi, J. Mol. Biol. 297, 747 (2000).

Hasonlóság hasonló molekulák - hasonló kötődés hipotézis: hasonló molekulák hasonló fiziológiai tulajdonságokkal bírnak

módosítható prototípus szerkezet Térbeli hasonlóság módosítható prototípus szerkezet

Térbeli hasonlóság Jól meghatározott farmakofór, melyet a prolil oligopeptidáz inhibitorok egymásra helyezésével szerkesztettünk meg. ÁTVIHETŐ KÖTÉSI MÓDUS

Elektrosztatikus hasonlóság comparative molecular field analysis (CoMFA) citokróm P4502A5 kumarin szubsztrátjai és inhibitorai esetében A. Poso, R. Juvonen, J. Gynther, Quant. Struct.-Act. Relat. 14, 507 (1995).

Hidrofób hasonlóság Arilalkilamin és peptid oldallánc kötődése kalmodulinhoz gyenge kötődés rosszul definiálható farmakofór hasonlóság jelentése korlátozott

Rosszul definiált farmakofór nem alkalmas molekulatervezésre V. Harmat et al., J. Mol. Biol. 297, 747 (2000).