Makromolekulák 2018 11 26 Simon István.

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
Miskolci Egyetem Informatikai Intézet Általános Informatikai Tanszé k Pance Miklós Adatstruktúrák, algoritmusok előadásvázlat Miskolc, 2004 Technikai közreműködő:
Advertisements

A fehérjék.
Állóeszköz-gazdálkodás
BioGén tábor 2006 DNS szekvencia analízis, internetes adatbázisok a genetika szolgálatában Kósa János Semmelweis Egyetem ÁOK I.sz Belgyógyászati Klinika.
Ötvözetek szerkezete, annak termodinamikai háttere és hatása a fizikai tulajdonságokra Korszerű anyagok és technológiák, MSc 2013.
Ph.D beszámoló 2004/2005 I.félév Készítette: Iváncsy Renáta Konzulens: Vajk István.
Makromolekulák Simon István. Párkölcsönhatások energiájának egy aminosavra számított értéke.
Fehérjék 4 Simon István. Predicting protein disorder - IUPred Basic idea: If a residue is surrounded by other residues such that they cannot form enough.
Makromolekulák Simon István. Transzmembrán fehérjék Anyagcsere folyamatok Transzporterek Ion csatornák Hordozók Információ csere Receptorok.
Makromolekulák_2010_11_30 Simon István. Transzmembrán fehérjék Anyagcsere folyamatok Transzporterek Ion csatornák Hordozók Információ csere Receptorok.
Makromolekulák Simon István.
Makromolekulak_2012_12_10.ppt Simon István. Tompa P, Fuxreiter M, Oldfield CJ, Simon I, Dunker AK and Uversky VN (2009) Bioessays 31, p328.
Makromolekulák_2012_12_03 Simon István. Chou-Fasman Paraméterek Aminosav P(a) P(b) Alanine Arginine Aspartic Acid Asparagine
Makromolekulák_2010_11_ 23 Simon István. N-terminális 5pti: BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR.
Mik azok a fehérjék? A fehérjék aminosavak lineáris polimereiből felépülő szerves makromolekulák. Ezek kialakításában 20 féle aminosav vesz részt.
Genome2D: bakteriális transzkriptóma megjelenítését szolgáló eszköz (szoftver) Csernetics Árpád Bioinformatika SZIT ápr. 18.
Bioinformatika Dr. Miskei Márton Tudományos munkatárs.
Egydimenziós tömbök. Deklarálás: var valtozónév:array[kezdőérték..végsőérték]of típus; type típusnév = array [kezdőérték..végsőérték] of típus; var valtozónév:
Gombkötő Attila Lineáris egyenlet.
Ellenőrző kérdések a)Auto-indexing enabled b)Auto-indexing disabled c)Nem eldönthető 1.
Tulajdonjogok és a nemzetek gazdagsága Heitger, B. [2003]: Property rights and the wealth of nations: a cross-country study Csorba László II. évfolyam.
génszabályozás eukariótákban
Géntérkép (Human Genome Project)
Génexpresszió (génkifejeződés)
Új irányzatok a biológiában Fehérjék szerkezete, felosztása
POSZTTRANSZLÁCIÓS MÓDOSÍTÁSOK
Géntechnikák Laboratórium
Poszttranszlációs módosítások Készítette: Cseh Márton
Algoritmus. Folyamatábrák
MOLEKULÁRIS BIOLÓGIA tavaszi szemeszter
A test mozgási energiája
Aminosavak és fehérjék
Halmazállapot-változások
Alapsokaság (populáció)
Két kvantitatív változó kapcsolatának vizsgálata
A foszfát csoport az S, T és Y oldalláncok hidroxil- csoportjához kapcsolódik.
Vezikuláris transzport Dr. med. habil. Kőhidai László Egyetemi docens Semmelwesi Egyetem, Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet október 16.
Testtömeggyarapodás és fejlődés nem szükségszerűen egyidejű: Kompenzációs növekedés Szűkös takarmányozás: kompenzálja hosszú ideig szűkös tak.: csökött.
KÖLTSÉGBECSLÉSI ELJÁRÁSOK alkalmazása
Munka.
Algoritmizálás, adatmodellezés
Makromolekulák Simon István. p27 Kip1 IA 3 FnBP Tcf3 Bound IUP structures.
Összetett intenzitási viszonyszámok összehasonlítása
2004-es kémiai Nobel-díj. Díjazottak Aaron Ciechanover Avram HershkoIrwin Rose The Nobel Prize in Chemistry 2004 was awarded jointly to Aaron Ciechanover,
Készítette : Giligor Dávid Neptun : HSYGGS
Fehérjeszekvenálás Mikronalalitikai kurzus fehérjeszekvenálás.
Makromolekulák Simon István. Aminosav helyettesítési mátrix.
A belső energia tulajdonságai Extenzív mennyiség moláris: Állapotfüggvény -csak a rendszer szerkezeti adottságaitól függ -csak a változása ismert előjelkonvenció.
A fehérjék biológiai jelentősége, felépítése, tulajdonságai Amiláz molekula három dimenziós ábrája.
GLOBÁLIS ÉGHAJLATI JÖVŐKÉP A XXI. SZÁZAD VÉGÉRE MODELL EREDMÉNYEK ALAPJÁN Készítette: Balogh Boglárka Sára.
Molekula A molekula semleges kémiai részecske, amely két vagy több atom összekapcsolódásával alakul ki.
Maven és Ant Build eszközök bemutatása
GÁZOK, FOLYADÉKOK, SZILÁRD ANYAGOK
Makromolekulák Simon István.
The lactose (lac) operon - an example for prokaryotic gene regulation
Molekuláris biológiai módszerek
Makromolekulák Simon István.
Proteomika, avagy a fehérjék „játéka”
Munka Egyszerűbben: az erő (vektor!) és az elmozdulás (vektor!) skalárszorzata (matematika)
Vasas Lívia, PhD DART-Europe E-theses Portal European Portal for the discovery.
Makromolekulák Simon István.
Polymer Theory Why are we looking at polymer theory?
Kovács Bertalan Doktorizom Június 24.
Vasas Lívia, PhD 2017 DART-Europe E-theses Portal European Portal for the discovery.
A fehérjék.
Korszerű anyagok és technológiák, MSc
A folyadékállapot.
Makromolekulák Simon István.
Makromolekulák Simon István.
Vasas Lívia, PhD 2017 DART-Europe E-theses Portal European Portal for the discovery.
Előadás másolata:

Makromolekulák 2018 11 26 Simon István

Párkölcsönhatások energiájának egy aminosavra számított értéke

Párkölcsönhatási energiák becslése Annak a figyelembevételéhez, hogy az i. aminosav hozzájárulása függ a kölcsönható partnerektől, az aminosav összetétel másodfokú alakját kell használnunk Az aminosav összetétel és az energia közti összefüggést egy 20x20 energia becslő mátrix tartalmazza: Pij

A (szerkezetből) számolt és a (szekvenciából) becsült energiák

Bound IUP structures Tcf3 p27Kip1 IA3 FnBP

A rendezetlenség jóslása - IUPred Globuláris és rendezetlen fehérjékre számolt energiák

A rendezetlenség jóslása - IUPred Alapötlet: Ha egy aminosav szekvenciális környezetében olyan aminosavak vannak, amelyekkel nem tud elég sok kedvező kölcsönhatást kialakítani, akkor nem vesz fel határozott szerkezetet rendezetlen lesz Az algoritmus: …..QSDPSVEPPLSQETFSDL WKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSP D DIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVA PAPAAPTPAAPAPA…..

A rendezetlenség jóslása - IUPred Példa: humán p53 Rendezetlen C-terminális domén Rendezett DNS kötő domén (DBD) Rendezetlen N-terminális domén http://iupred.enzim.hu

Globular proteins are not representative of full genomes Human genome Probable IUPs TM ? GLOB

Kölcsönható fehérjék élesztőben Csomóponti fehérjék több rendezetlen részt tartalmaznak Kölcsönható fehérjék élesztőben Dosztányi Z, Chen J, Dunker AK, Simon I and Tompa P (2006) J. Proteome Res. 5, 2985-2995.

Lineáris motívumok Mészáros B, Dosztányi Z, Magyar C and Simon I (2014) Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes 1, 525

Lineáris motívumok átlagos rendezetlenségi profilja Fuxreiter M, Tompa P and Simon I (2007) Bioinformatics 23, 950-956.