Makromolekulák 2018 11 26 Simon István
Párkölcsönhatások energiájának egy aminosavra számított értéke
Párkölcsönhatási energiák becslése Annak a figyelembevételéhez, hogy az i. aminosav hozzájárulása függ a kölcsönható partnerektől, az aminosav összetétel másodfokú alakját kell használnunk Az aminosav összetétel és az energia közti összefüggést egy 20x20 energia becslő mátrix tartalmazza: Pij
A (szerkezetből) számolt és a (szekvenciából) becsült energiák
Bound IUP structures Tcf3 p27Kip1 IA3 FnBP
A rendezetlenség jóslása - IUPred Globuláris és rendezetlen fehérjékre számolt energiák
A rendezetlenség jóslása - IUPred Alapötlet: Ha egy aminosav szekvenciális környezetében olyan aminosavak vannak, amelyekkel nem tud elég sok kedvező kölcsönhatást kialakítani, akkor nem vesz fel határozott szerkezetet rendezetlen lesz Az algoritmus: …..QSDPSVEPPLSQETFSDL WKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSP D DIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVA PAPAAPTPAAPAPA…..
A rendezetlenség jóslása - IUPred Példa: humán p53 Rendezetlen C-terminális domén Rendezett DNS kötő domén (DBD) Rendezetlen N-terminális domén http://iupred.enzim.hu
Globular proteins are not representative of full genomes Human genome Probable IUPs TM ? GLOB
Kölcsönható fehérjék élesztőben Csomóponti fehérjék több rendezetlen részt tartalmaznak Kölcsönható fehérjék élesztőben Dosztányi Z, Chen J, Dunker AK, Simon I and Tompa P (2006) J. Proteome Res. 5, 2985-2995.
Lineáris motívumok Mészáros B, Dosztányi Z, Magyar C and Simon I (2014) Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes 1, 525
Lineáris motívumok átlagos rendezetlenségi profilja Fuxreiter M, Tompa P and Simon I (2007) Bioinformatics 23, 950-956.