PROTEOMIKAI ÉS GENOMIKAI INTERPRETÁCIÓS MODELLEZÉS ÉS ADATBÁZIS SZOLGÁLTATÁST NYÚJTÓ SPIN-OFF VÁLLALKOZÁS CELLKOM RET + E-SCIENCE RET közös vállalkozása.

Az előadások a következő témára: "PROTEOMIKAI ÉS GENOMIKAI INTERPRETÁCIÓS MODELLEZÉS ÉS ADATBÁZIS SZOLGÁLTATÁST NYÚJTÓ SPIN-OFF VÁLLALKOZÁS CELLKOM RET + E-SCIENCE RET közös vállalkozása."— Előadás másolata:

1 PROTEOMIKAI ÉS GENOMIKAI INTERPRETÁCIÓS MODELLEZÉS ÉS ADATBÁZIS SZOLGÁLTATÁST NYÚJTÓ SPIN-OFF VÁLLALKOZÁS CELLKOM RET + E-SCIENCE RET közös vállalkozása

2 Uniclone Set (384-well plates) Screening Assays (Antibodies, Sera, Drugs…) cDNA Microarrays Screening Assays (cDNA expression profiling) Protein Structure X-RAY, NMR Diagnostics Antigen / Antibody Chips Binder Arrays Proteome Profiling on Antibody Microarrays PCR Induction (IPTG) Binder Development m/z MPI MALDI-MS DIGE Serum Profiling Proteomics Protein Production Currently ca. 10,000 different human proteins Protein Microarrays Proteom Genome SYSTEMS BIOLOGY PLATFORM CELL-KOM RET

3 A RENDSZERBIOLÓGIAI MÉRÉS- TECHNOLÓGIÁK KIMENETE JELENLEG Megváltozott gének listája Megváltozott proteinek listája Megváltozott gének statisztikailag validált listája Megváltozott proteinek statisztikailag validált listája Alternatív gén és protein listák valószínűségi sorrendben

4 BIOLÓGIAI INTERPRETÁCIÓHOZ MI HIÁNYZIK? A proteinekről meglévő tudásanyag mérete miatt manuálisan kezelhetetlen, nincsenek igazán jó informatikai eljárások Funkcionális összecsatoltság miatt hálózati modelleket kell építeni A modelleket kísérletesen kell validálni, mert az irodalmi adatok általában nem rendszerbiológiai technológiával keletkeztek A meglévőknél jobb adatbázisok specializált területekre kifejlesztve

5 PROTEIN-PROTEIN INTERAKCIÓ ADATBÁZISOK INTERAKCIÓ ADATBÁZISOK

6 SZABADON HOZZÁFÉRHETŐ ADATBÁZISOK Protein Sequence Databases: PIR, PRF, RefSeq, SwissProt, TrEMBL Protein Family Databases: InterPro, iProClass, Pfam, PIR-ALN, ProDom Protein Structure Databases: CSD, MMDB,NDH, PDB, Protein Structural Classification Databases: CATH, DSSP, FSSP, HSSP, SCOP, Protein-protein Interaction Databases: BIND, DIP, MINT Post-translational Modification Databases: O- GlyBase,RESID,

7 PROTEIN INTERAKCIÓS ADATBÁZISOK CuraGen Portal.curagen.com DIP Dipode-mbi.ucla.edu Interact Bioinf.man.ac.uk/interactso.htm MIPS mips.biochem.mpg.de ProNet Pronet.doublewist.com

8 A MEGLÉVŐ, PIACON KAPHATÓ INTERPRETÁCIÓS PROGRAMOK

9 VIRTUÁLIS 2D ELEKTROFORÉZIS

10 UCSD CYTOSCAPE PLATFORM

11 STRATAGENE PATHWAY ARCHITECT PLATFORM

12

13

14 MIRE VAN IGÉNY ITTHON ÉS KÜLFÖLDÖN? A hazai gyógyszeripar igényel rendszerbiológiai kutatást, kb. 2 Milliárd Ft van olyan elnyert pályázatokra amiben rendszerbiológiai munkák is vannak (Richter, EGIS, Chinoin, TEVA) A gyógyszeripar és az orvosi kutatás igényel irodalmi adatokból való modellezést de nincs matematikus és informatikus szakember a kutatóhelyeken Az eladott rendszerbiológiai technológia működtetése leköti ugyan egyelőre a kutatási potenciált, de interpretáció nélkül csak érthetetlen listák lesznek a végén hatalmas költséggel Az interpretációs modellezési szolgáltatás nemzetközi megrendeléseket is kaphat ha a minősége megfelel

15 MILYEN SZOLGÁLTATÁST TERVEZÜNK? Irodalom keresési szolgáltatás az idegrendszer és az immunrendszer területén Proteomikai és genomikai adatokból interakciós hálózati modellek kidolgozása a kutatóval interaktív módon Az idegrendszer és az immunrendszer protein adatbázisának kiépítése és szolgáltatása Funkcionális modellek építése, jobb kereső- programok kidolgozása az idegrendszer és az immunrendszer kutatása céljából

16 A SPIN-OFF VÁLLALAT MŰKÖDÉSI SÉMÁJA PIACKUTATÁS, MEGRENDELÉS SZERZÉS MUNKAFELADAT MEGHATÁROZÁSA FELADAT VÉGRAHAJTÓ RUGALMAS CSAPATOK KIALAKÍTÁSA ADATBÁZIS ÉPÍTÉS, KERESŐPROGRAM FEJLESZTÉS MEGRENDELŐI INTERAKTÍV KONZOL

17 A SPIN-OFF VÁLLALAT ÜZLETI TERVE A VÁLLALATOT MEGALAPÍTJA: ELTE Cell-Kom RET, ELTE eScience RET, Solidus Consulting 2007 végére elindul az irodalmi interpretációs modellezés és proteomikai- genomikai modellezés terén. Piackutató: Solidus Consulting 2008 végére pénzügyi egyensúly elérése 2009-től nyereséges vállakozás PIAC: 2007-ben összesen 2.1 Milliárd Ft elnyert pályázati forrás van az országban amiben rendszerbiológiai eredmények kellenek a teljesítéshez RÁFORDÍTÁS: 2007-2008-ban összesen kb. 10 Millió Ft. Egy gén chip vizsgálat 3-5 MFt, egy proteomikai vizsgálat 2-6 MFt anyagáron

18 NMDA AMPA RECEPTOR INTERAKCIÓI PROTEINEKEN KERESZTÜL AMPA NMDA NODE EDGE

19 ALZHEIMER KÓR „Systems Biology” PROTEIN TÉRKÉP

20 Poszt-szinaptikus denzitás protein 95 hálózat