Géntechnikák labor kiselőadás Készítette: Nagy Zsuzsanna

Az előadások a következő témára: "Géntechnikák labor kiselőadás Készítette: Nagy Zsuzsanna"— Előadás másolata:

1 Géntechnikák labor kiselőadás Készítette: Nagy Zsuzsanna
Escherichia coli Géntechnikák labor kiselőadás Készítette: Nagy Zsuzsanna

2 Escherichia coli rendszertani besorolása
PROKARIÓTA BAKTÉRIUMOK TÖRZSE GRAM-NEGATÍV BAKTÉRIUM ENTEROBACTER FAKULTATÍV AEROB

3 Jellemzés: a legjobban tanulmányozott mikroorganizmus
peritrich flagellumokkal mozog szabályos, egyenes pálca alakú melegvérű állatok béltraktusában élnek (visszaszorítják más kórokozó baktériumok szaporodását, vitaminnal látják el a szervezetet) humánpatogén törzseik különböző, hasmenéssel járó tüneteket okoznak

4 E. Coli képek Elektronmikroszkópos fotó Csészefotó

5 E. coli kromoszómatérképe
Az E. coli kromoszómatérképe egy 90 perces körön ábrázolva Az E. coli klasszikus genetikai térképének utolsó kiadása - amely a szekvenálási eredményeket még nem foglalta magába gént és 40 egyéb térképezhető markert tartalmazott. A genomszekvencia teljes ismeretében jelenleg több mint 4000 gén meglétét feltételezik. Ha 4700 kb  90 perc, akkor 1 perc durván 50 kb.

6 E. coli kromoszómatérképe 2.
Az E. coli kromoszómatérkép egy 5 perc távolságnyi részletének markersorrendje

7 Kotranszdukciós térkép
Az ábra egy P1 kotranszdukcióval készült részletes genetikai térkép egy szakasza. A számok a kotranszdukciós gyakoriságok. A DNS-szekvencia meghatározás és a teljes genomszekvenálás előtti időkben a legnagyobb felbontást E. coli esetében a P1 fággal végzett kotranszdukciós térképezés (általános transzdukció) szolgáltatta. A szekvenciaadatok alapján pl. az ábrán látható hemA - narC régió valójában bp hosszúságú  A perctérképen a purB a 23 perc, a cysB a 25,3 perc értéknél helyezkedik el, tehát ez a régió nem egészen 2,5 perc nagyságú és durván 100 kb méretűre becsülhető.

8 Nukleotid Adatbázis A D90757 regisztrációs számú Nukleotid Adatbázis rekord (a hemA - narC régió szekvenciát tartalmazza) A rekordon jól látszik, hogy számos feltételezett ismeretlen funkciójú fehérjét kódoló nyitott leolvasási keret is található a szekvenciában A rekord megadja a gének koordinátáit az adott szekvencián belül

9 Nukleotid Adatbázis 2. Az első kódoló szekvencia az bázisnál kezdődik (az ATG startkodon első betűje), és a bázisnál,  a stopkodon  utolsó betűjénét fejeződik be. A gén a hemK nevet viseli, és a "protoporphyrinogen oxidase" enzimet kódolja. A második feltüntetett gén funkciója ismeretlen. A nyitott leolvasási keret koordinátái: A feljegyzésben csak annyi szerepel, hogy egy ismert fehérjéhez hasonló fehérjét kódol (similar to PIR I83571, ami egy fehérjeszekvencia kódja), és hogy  feltételezetten a megadott aminosavszekvenciájú fehérjét kódolja

10 A baktériumgenetika haszna
Kezdetben alapvető kérdések megválaszolása volt a cél: Vannak-e szexuális folyamatok? Van-e rekombináció? Lehet-e térképezni a géneket? Később mutánsok létrehozásával genetikai, biokémiai folyamatokat vizsgáltak: Milyen génekkel kell rendelkeznie egy egysejtű szervezetnek? Mi a genetikai háttere a különböző anyagcsere folyamatoknak? Milyen genetikai szabályozási módok lehetségesek? A baktérium- és fággenetika fejlődése vezetett el a plazmidok és restrikciós modifikációs rendszerek megismeréséhez, így a molekuláris klónozás technikájának kifejlődéséhez. Ma is fontos kutatási cél a különböző baktériumok génjeinek megismerése, de most a speciális tulajdonságokat hordozó gének kerültek előtérbe. Patogén, szimbionta vagy extrém körülmények között élő fajoknál szeretnénk azokat a géneket megismerni, amelyek a különleges környezethez való alkalmazkodásban játszanak szerepet.

11 Internetes adatbázisok
Az E. coli K12 törzsről jelenleg fellelhető ismeretek az interneten keresztül is elérhetők. CGSC: E.coli Genetic Stock Center : A szekvencián alapuló publikált térkép (1998) pedig a   címen tekinthető meg. Azoknak a mikroorganizmusoknak a listája, amelyeknek teljes genomszekvenciáját már meghatározták:  A folyamatban lévő genomprojektek listája:

12 Felhasznált irodalom:

13 Köszönöm a figyelmet!