A P elem technikák: enhanszerek és szupresszorok azonosítása

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
Kromoszómák.
Advertisements

BIOTECHNOLÓGIA D MsC gyakorlat
A mutagenezis célja, haszna Mutáció Az egyed megjelenése (fenotípusa) megváltozHAT Ebből visszakövetkeztethetünk a mutációt szenvedett gén funkciójára.
Mol. biol. módszerek Dr. Sasvári Mária
Genetikai szabályozó hálózat B. Subtilis-ban
DNS replikáció DNS RNS Fehérje
DNS replikáció DNS RNS Fehérje
A humán genom projekt.
SiRNAs: APPLICATIONS IN FUNCTIONAL GENOMICS AND POTENTIAL AS THERAPEUTICS Yair Dorsett and Thomas Tuschl Nature 318 | APRIL 2004 | VOLUME 3 (
Az intergénikus régiók és a genom architektúrájának kapcsolata Craig E Nelson, Bradley M Hersh és Sean B Carrol (Genome Biology 2004, 5:R25) Bihari Péter.
Strukturális genomika Gyakorlati feladatok. SNP-k és vizsgálatuk Mi az SNP?
Genome2D: bakteriális transzkriptóma megjelenítését szolgáló eszköz (szoftver) Csernetics Árpád Bioinformatika SZIT ápr. 18.
C mIg H mIg L TCR  TCR  T-SEJT  C V Antigén receptor TCR A B- ÉS T-SEJTEK ANTIGÉN FELISMERŐ RECEPTORAI HASONLÓ SZERKEZETŰEK TCR =  +  A.
Egyéb öröklődési típusok és epigenetika Láng Orsolya október 20.
Molekuláris genetika Falus András.
Fejezetek a genetikából Perczel Tamás
Nukleotidok, nukleinsavak
génszabályozás eukariótákban
Az Örökítőanyag.
Polimeráz láncreakció (PCR)
A gombák genetikai manipulációi
MUTÁCIÓ ÉS KIMUTATÁSI MÓDSZEREI
Antigén receptorok Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet.
Ivari kromoszómás jellegek és humángenetika
GAZDA GRAS: generally recognized as safe Intracelluláris / szekréció Proteázok Termelés, szekréció szinkronizálás Gazda kialakítása.
A λ bakteriofág +++. Kb db fág van a bioszférában Bakteriofágok vegetatív replikációs ciklusa.
Ahhoz, hogy dolgozni tudjunk égy adott génnel, vagy szekvenciával nagy mennyiségű DNS-re van szükségünk, ezért valamilyen módon „klónozni” kell, a gén.
Poszttranszlációs módosítások Készítette: Cseh Márton
Plazmidok Készítette: Vásárhelyi Miklós. : E. Coli jól használható genetikai kísérletekben: Genomja kicsi(4,2*10 6 bázispár, kb. ezrede az emberének)
Készítette: Leidecker Orsolya
Készítette: Vancsó Ildikó
Transzgénikus növények
DNS chipek, DNS hibridizáció
Egészségügyi mérnököknek 2010
Az izomdystrophiák molekuláris genetikai vizsgálata
Arabidopsis thaliana tip120 inszerciós mutáns jellemzése
C mIg H mIg L TCR  TCR  T-SEJT  C V Antigén receptor TCR A B- ÉS T-SEJTEK ANTIGÉN FELISMERŐ RECEPTORAI HASONLÓ SZERKEZETŰEK TCR =  +  A.
23-mer 12-mer A közbeeső DNS hurok kivágódik A heptamerek és nonamerek visszafelé illeszkednek Az RSS által kialakított alakzat a rekombinázok célpontja.
A genetika (örökléstan) tárgya
Tory Kálmán Semmelweis Egyetem, I. sz. Gyermekklinika
BROKINNOVOUCHER Szeged, November 10.
IN VITRO MUTAGENEZIS Buday László.
A P elemek mobilitásának szabályozása
A P elem technikák: deléció izolálása P elem remobilizációval
A P elemek felfedezése, felépítése és mobilitásuk mechanizmusa
Az eukarióta sejtciklus szabályozása
A P elem technikák: enhanszerek és gének csapdázása
A SEJTCIKLUS ÉS A RÁK KAPCSOLATA
A P elem technikák: génmanipuláció tetszés szerint
A foszfát csoport az S, T és Y oldalláncok hidroxil- csoportjához kapcsolódik.
Nukleinsavak énGÉN….öGÉN.
Receptor és szenzor fehérjék számítógépes tervezése Összeállította: Kiss Lóránd 2009.április.24. Bioinformatika szakirodalmi tanulmányok.
Immunbiológia - II. A T sejt receptor (TCR) heterodimer CITOSZÓL EXTRACELLULÁRIS TÉR SEJTMEMBRÁN kötőhely  lánc  lánc VV VV CC CC VV VV
Antisense RNS.
Sejtek genetikai módosítása (gének bevitele vagy eltávolítása)
DNS szintézis, replikáció Információ hordozó szerep bizonyítéka Avery-Grifith kísérlet Bakterifágos kísérlet.
Minőségi és mennyiségi jellegek öröklődése
Új molekuláris biológiai módszerek
Polimeráz Láncreakció:PCR, DNS ujjlenyomat
RNS TUMORVÍRUSOK (Retrovírusok)
DNS replikáció DNS RNS Fehérje
The lactose (lac) operon - an example for prokaryotic gene regulation
Új molekuláris biológiai módszerek
FOGALMAK DNSasfehérje (szabályozó/szerkezeti)
Molekuláris biológiai módszerek
A DNS replikációja Makó Katalin.
A génexpresszió és az ezzel kapcsolatos struktúrák
Új molekuláris biológiai módszerek
EPIGENETIKA OLYAN JELENSÉGEKKEL FOGLALKOZIK, AMELYEK KÖVETKEZTÉBEN
Előadás másolata:

A P elem technikák: enhanszerek és szupresszorok azonosítása Génmanipuláció ecetmuslicában: P elem technikák A P elem technikák: enhanszerek és szupresszorok azonosítása

Klasszikus mutagenezis kísérletek korlátai Egy adott biológiai folyamatban részt vevő, vagy azt szabályozó gének közül nem mindegyiket lehet azonosítani klasszikus mutagenezis kísérletekben nyilvánvaló fenotípus hiánya anyai hatás Több biológiai folyamatban is szerepet játszó gének esetében csak az első eszenciális funkció tanulmányozható Az egyik lehetséges módszer a klasszikus mutagenezisben nem található gének azonosítására az enhanszerek és szupreszorok izolálása. Másik alkalmazott módszer erre amutációk fenotípusának analízise szomatikus, vagy mitótikus klónokban.

Enhanszerek és szupresszorok azonosítása Hsp70 terminátor szekvencia eyeless P promóter gén Gal4 mini-white ori amp E B Gal4 vizsgált gén 5xUAS

A P elem technikák: helyspecifikus rekombináció Génmanipuláció ecetmuslicában: P elem technikák A P elem technikák: helyspecifikus rekombináció

Szomatikus klónok előállítása Flp rekombinázzal FRT Flp rekombináz helyspecifikus rekombinációt indukál FRT szekvenciák között Élesztőkben a 2μ plazmid replikációjában vesz részt Kiválóan működik Drosophilában FRT helyeket hordozó transzgénikus legyekben mitótikus klónokat lehet létrehozni Flp-függő rekombinációval Centromer közeli FRT helyeket hordozó transzgénikus törzseket állítottak elő minden kromoszómára Előnyei: F1 szűrés létfontosságú gének szövetspecifikus fenotípusa tanulmányozható m leány kromatídák m G2 Flp rekombináz m M m m m Homozigóta mutáns klón Vad típusú iker klón

Domináns nősténysteril technika összefoglalása P(ovoD) FRT FRT m X balanszer balanszer P(ovoD) m +Flp P(ovoD) m/m P(ovoD) Flp rekombináz m m P(ovoD) P(ovoD) m m m P(ovoD) Homozigóta mutáns ivarsejt klón iker klón elpusztul Nem rekombináns elpusztul

Szem-specifikus FLP/FRT technika összefoglalása P(w+) P(w+) FRT Ikerfolt sötét piros P(w+) P(w+) Flp m m m Homozigóta klón fehér m P(w+) Nem rekombináns piros Szem-specifikus FLP expresszió m P(w+) FRT P(w+) M M M Ikerfolt elpusztul M P(w+) P(w+) Flp m m m Homozigóta klón fehér m P(w+) Nem rekombináns piros M Szem-specifikus FLP expresszió m

Példák mitótikus klónok analízisére 1 2 A Flp expresszió lárvákban 1. az imágókorongok növekedését és diferenciálódását nnérintő mutációk azonosítása tumoros növekedést okozó mutációk azonosítása tumorszupresszorok azonosítása 2. Integrin adhéziós komplex azonosítása Flp szövetspecifikus expressziója 3-4. Axon növekedési mintázat kialakulását szabályozó gének azonosítása 5. Méret szabályozásban szerepet játszó gének azonosítása 3 C 4 D 5 E

A P elem technikák: irányított génszupresszió Génmanipuláció ecetmuslicában: P elem technikák A P elem technikák: irányított génszupresszió

RNS interferencia RNS interferencia (RNAi) egy evolúciósan konzerválódott védekezési mechanizmus Poszt-transzkripciós szinten hat Kettősszálú RNS szupresszálja a génexpressziót mRNS-ek szekvencia specifikus degradációján keresztül Egy reverz genetikai módszerré fejlődött a génfunkció tanulmányozására Gyógyászati felhasználása óriási lehetőségeket rejt magában és most van kibontakozóban

Az RNS interferencia mechanizmusa Kettősszálú RNS indukálja a folyamatot Egy Rnáz III enzim (Dicer) kis, 21-23 nukleotid hosszú RNS duplexeket (siRNA) hoz létre A kis RNS-ek fehérjékkel endonukleáz aktivitással rendelkező ribonukleoprotein komplexeket alkotnak (RISC). A RISC komplex a kis RNS-sel komplementer mRNS-hez kötődik A RISC komplex endonukleáza (Slicer) elhasítja a mRNS molekulát A mRNS által kódolt fehérje nem termelődik

A pWIZ RNS interferencia vektor felépítése Hsp70 TATA SV40 term white intron2 5xUAS CCTAGGTGAGTT TTTGAAACTCAGCTAGC Avr II Nhe I SD hely SA hely 3’P 5’P white pWIZ Spe I ACTAGT Avr II CCTAGG Nhe I GCTAGC Xba I TCTAGA Spe I Xba I

Irányított génexpresszió a Gal4 moduláris rendszerben - 1 enhanszer gén Gal4 mini-white ori amp E B Gal4 5xUAS Duplaszálú „hairpin” RNS molekulák

white dsRNS-t expresszáló transzgénikus egyedek fenotípusa white transzgén egy kópiában vad típus T1 T2 T3 white transzgén két kópiában white- T4 T3