03 – Képtípusok és képformátumok, megjelenítés a képernyőn

Mikroszkóp felbontására optimalizált leképezés Mikroszkóp felbontása az objektívtől, a fény hullámhosszától és a törőközegtől függ: d érték a legkisebb távolságot adja meg két, egymástól megkülönböztethető pont között A kép felbontása a látómezőre eső képpontok számától függ, vagyis: hány mikron széles lesz egy pixel (m)

m1 d A pixel egy pontszerű mintavételezési hely reprezentációja!!!!! m2 Aliasing: alulmintavételezésből eredő műtermék, új frekvencia megjelenése

Képfelbontás Minél kisebb pixeleket definiálunk, annál jobb a mintavételezés, de annál nagyobb az információtartalom Optimális megoldás: Nyquist-Shannon mintavételezési tétel, amely szerint a 0…f0 frekvenciatartományba eső függvény véges számú minta segítségével, információvesztés nélkül átvihető, ha az fminta mintavételezési frekvencia f0 frekvenciának legalább kétszerese: fminta ≥2* f0 Vagyis a mikroszkóp elméleti felbontásának a felét kell pixelméretnek beállítani Kérdés: mi történik, ha túl kicsi, vagy túl nagy pixelméretet állítunk be???

Méretvonal

Intenzitási skála

Bitmélység konvertálása

A hisztogramm Pixelszám Az adott világosságértékhez tartozó pixelek száma Világosságértékek Ha több, mint 8-bites a kép, akkor többet összevon egy kategóriába (binelés)

Információvesztés!!!

Hisztogrammok összehasonlítása Eredeti 16-bites 8-bitre konvertált

Visszakonvertálás 8-bitről 16-ra A maximumérték megváltozik, a hisztogramm alakja nem

Ízelítő a matematikai műveletekből 4096/256=16 ennyivel szorozzuk meg a világosságértékeket

Soha nem kapjuk vissza az eredeti pixeleket!!!

Tanulság Az eredeti képet mindíg tartsuk meg A kép másolatán dolgozzunk (Ctrl+Shift+D), mert sok parancsot nem lehet visszavonni

Helyi intenzitásértékek T billentyű lenyomásával aktiválódik a ROI Manager, attól kezdve ez a vonal mindegyik képen elérhető lesz, ha elég nagy a képmező

A világosságértékek különbözőek!!!!! Ha méréseket végzünk, vigyázzunk, hogy a megfelelő ablak legyen aktív!!!! Pl. Analyze/Plot profile A kalibráció megegyezik

Plot profile tulajdonságai Listázható egy eredményablak-ban, ahonnan menthető is Közvetlenül txt-be menthető Paraméterei beállíthatóak, pl a tengelyek skálái Live mode: a kijelölés tologatásakor automatikusan változik a profil Alkalmazható téglalap kijelöléssel is

Fényerő és kontraszt A Reset gomb csak az Apply megnyomása ELŐTT használható!!!!!

Fényerő és kontraszt Min és Max értékek szabadon beállíthatóak Brightness tologatásával a Min és Max értékek együtt mozdulnak el (minál inkább jobbra, annál világosabb) Contrast tologatásával a Min és a Max értékek ellentétes irányba mozdulnak el (minél szűkebb a tartomány, annál kontrasztosabb) Vigyázat: a többi képtípussal ellentétben RGB képek pixel értékei változnak, nem csak a megjelenítés módja

Window level Nagyjából ugyanaz, mint az előző, de állítólag közelebb áll a medicinában használt képalkotó szoftverek logikájához Level: úgy viselkedik, mint a Brightness Window: úgy viselkedik, mint a Contrast

Képformátumok Két példa jpg (Joint Photographic Experts Group) veszteséggel tömörített (lossy) kis fileméret romló infomrációmennyiség egy képsík tif (Tagged Image Format Format) veszteség nélküli tárolás lehetséges (lossless) metaadatok rögzítése (emiatt ez a std ImageJ formátum) több képsík támogatása Ha valaki tud más szempontból előnyösebb fomrátumot most szóljon, vagy halgasson örökre!

Feladatok Képek hisztogrammjait megnézni, adatokat excelbe kiexportálni! Ezeket ott összehasonlítani, pl jpg vs tif! Képek másolatán fényerő és kontraszt beállításokon változtatni, azt lemásolni, hisztogrammot az eredetivel összevetni! Plot profile estén a vonal és a téglalap kijelölést összahasonlítani, téglalapnál az eredményeket értelmezni! Méretvonalat kijelölésben a két tetszőleges részére rakni!

Játszani a gyakorlaton Image/Type, File/Save As..., Image/Adjust/Brightness/Constrast, Image/Adjust/Window/Level..., Selection tool (rectangular, vagy linear) Analyze/Histogram (List, Log, RGB gombok), Analyze/Plot Profile, Analyze/Surface Plot, Analyze/Tools/Save XY Coordinates (kis képeken vagy kijelöléssel kirpóbálni), Analyze/Tools/Scale Bar... (kijelöléssel és kijelölés nélkül), Analyze/Tools/Calibration Bar...

Házi feladat Különböző színszűrők és csatornabeállítások használatával készített képek elmentése a legjobb, tehát leginformációgazdagabb formátumban.