Az előadás letöltése folymat van. Kérjük, várjon

Az előadás letöltése folymat van. Kérjük, várjon

Makromolekulák 2013 12 03 Simon István. Párkölcsönhatások energiájának egy aminosavra számított értéke.

Hasonló előadás


Az előadások a következő témára: "Makromolekulák 2013 12 03 Simon István. Párkölcsönhatások energiájának egy aminosavra számított értéke."— Előadás másolata:

1 Makromolekulák Simon István

2

3 Párkölcsönhatások energiájának egy aminosavra számított értéke

4 Párkölcsönhatási energiák becslése Annak a figyelembevételéhez, hogy az i. aminosav hozzájárulása függ a kölcsönható partnerektől, az aminosav összetétel másodfokú alakját kell használnunk Az aminosav összetétel és az energia közti összefüggést egy 20x20 energia becslő mátrix tartalmazza: P ij

5 A (szerkezetből) számolt és a (szekvenciából) becsült energiák

6 A rendezetlenség jóslása - IUPred Globuláris és rendezetlen fehérjékre számolt energiák

7 p27 Kip1 IA 3 FnBP Tcf3 Bound IUP structures

8 Jellemzően más a kötési felszín geometriája a két esetben: tripszin – BPTI Rendezetlen fehérje komplexek MDM2 – p53

9 Tipikus energia-felszínek globuláris fehérjerendezetlen fehérje

10 Globuláris fehérjék kötési módjai kulcs-zárindukált illeszkedéskonformációs szelekció

11 Rendezetlen fehérjék kötési módjai rendezett partner A rendezett partner B rendezetlen fehérje meghatározott szerkezetű komplex ‘fuzzy’ komplex

12 DNS-fehérje flexibilis kölcsönhatása

13

14 IUPs – preformed elements

15 A rendezetlenség jóslása - IUPred Alapötlet: Ha egy aminosav szekvenciális környezetében olyan aminosavak vannak, amelyekkel nem tud elég sok kedvező kölcsönhatást kialakítani, akkor nem vesz fel határozott szerkezetet rendezetlen lesz …..QSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVAPAPAAPTPAAPAPA….. A környezet aminosav összetétele: A – 10% C – 0% D – 12 % E – 10 % F – 2 % stb… Az aminosav és a környezete közötti kölcsön- hatási energia becslése Ez alapján a rendezetlenség valószínűsége (magas energia rendezetlen lesz) Az algoritmus:

16 A rendezetlenség jóslása - IUPred Példa: humán p53 Rendezett DNS kötő domén (DBD) Rendezetlen C-terminális domén Rendezetlen N-terminális domén

17 A p53 fehérje kölcsönhatásai

18 A mediátor komplex A magas rendezetlenségű fehérjéket sötét tónussal jelöltük

19 Kötőhelyek jóslása Kölcsönhatás globuláris fehérjékkel – Nem az aminosav saját környezetében nézzük az összetételt, hanem egy globuláris adatbázisból vesszük: A – 10% C – 0% D – 12 % E – 10 % F – 2 % stb… A – 7.67% C – 2.43% D – 4.92 % E – 5.43 % F – 3.19 % stb… Egy nagy globuláris halmazon számolt összetétel Az így nyert energiát nevezzük E nyereség -nek

20 Kötőhelyek jóslása Ott várunk kötőhelyet, ahol: – A környezet rendezetlen (S átlag magas) – A saját környezetével vett energia kedvezőtlen (E saját nagy) – Energetikailag jobb globuláris fehérjével kölcsönhatni (E nyereség nagy)

21 Kötőhelyek jóslása Példa: p53 N-terminális Három kötőhelyet tartalmaz: – MDM2: – RPA70N: – RNAPII: A három mennyiség optimális lineáris kombinációját keressük. Ezt átalakítjuk egy p valószínűségi értékké (annak a valószínűsége, hogy az aminosav része egy rendezetlen kötőhelynek). P = p1*S átlag + p2*E saját + p3*E nyereség

22 LM – average disorder profiles local drop in disorder

23 Valódi kötő motívumok kiszűrése ANCHOR-ral Igazolt kötőhelyek826 Átfedés ANCHOR-ral545 Véletlen + valódi kötőhelyek 7,2x10 6 Átfedés ANCHOR-ral 1,3x % 17,6%

24 IUPs: high frequency in proteomes coli yeast

25 Alkalmazás: Teljes proteom vizsgálatok 736 teljes proteom van a UniProt-ban: –53 archaea –639 baktérium –44 eukarióta A rendezetlen fehérjék aránya növekszik A rendezetlen kötőhelyek száma növekszik A kötésben használt rendezetlen részek aránya nő Az új rendezetlen régiók megjelenése elsősorban az új kötőhelyek kialakítását szolgálja Mycobacterium tuberculosis


Letölteni ppt "Makromolekulák 2013 12 03 Simon István. Párkölcsönhatások energiájának egy aminosavra számított értéke."

Hasonló előadás


Google Hirdetések