Fehérjehálózat “skálafüggetlen” Jeong et al, Nature (2001)

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
Nevezetes algoritmusok
Advertisements

PPKE ITK 2009/10 tanév 8. félév (tavaszi) Távközlő rendszerek forgalmi elemzése Tájékoztatás
Adatbázis gyakorlat 1. Szerző: Varga Zsuzsanna ELTE-IK (2004) Budapest
A projekt szakmai előzményei Tóth Mónika TÁMOP / Tóth Mónika.
A külföldi továbbképzések módszertana, menedzsmentje, hasznosítása ( BI 2000 és BioGIS 2005 projektek) A Leonardo program mint a szakmai tanár(tovább)képzés.
Tanárok kis világa Lehetőségek a tanári hálózatok kutatásában.
Információs Társadalom- és Trendkutató Központ 1111 Budapest, Műegyetem Stoczek u St ép 108. • Telefon: • Telefax: •
Az alvásról az időmérleg tükrében Néhány társadalmi faktor hatása
Hálózati alapfogalmak, topológiák
Hálózatok a fizikában és a fizika oktatásában
EURÓPAI UNIÓ - VÍZÜGYI KERETDIREKTÍVÁK Bemutató Általánosan a VKI-ről és Magyarország helyzetéről 2005 április.
Kultúra mint kapcsolat Birher Nándor. „A tudás a világ alkotóelemeiről szerzett ismeret, a bölcsesség az elemek kapcsolódásának ismerete.” -szemléletmódváltozás-
Előadó: Szabó Márton (iwiw) Katalógus → házi feladatnak beszámít
Számítástudományi módszerek a webes szolgáltatásokban Rácz Balázs október 20.
SAS Enterprise Miner 2. gyakorlat
Makromolekulak_2012_12_10.ppt Simon István. Tompa P, Fuxreiter M, Oldfield CJ, Simon I, Dunker AK and Uversky VN (2009) Bioessays 31, p328.
Címkézett hálózatok modellezése
Hálózatok fajtái, topológiájuk, az Internet fizikai felépítése
OSI Modell.
Bioinformatika Szekvenciák és biológiai funkciók ill. genotipusok és fenotipusok egymáshoz rendelése Kós Péter 2009.XI.
Hálózati Biológia A sejt funkcionális működésének megértése.
A diákat jészítette: Matthew Will
ELTE Matematikai Intézet
Véletlen logikai hálózatok. Bevezető Logikai változó: Bináris változó. Két lehetséges értéke van: 0 és 1, néha ±1 {σ 1, σ 2,..., σ N }, σ i : {0,1}, i.
Széchenyi István Egyetem Győr Távközlési Tanszék Wavelet-analízis, kvantum-információelmélet és strukturális entrópia Nagy Szilvia Ph.D.
Nagy égboltfelmérések Dr. Szabó M. Gyula SZTE Sopron, dec. 5. (Mikulás!!)
Régióközi tudáshálózatok minőségének hatása a kutatási teljesítményre Sebestyén Tamás és Varga Attila.
Nemzetközi kutatási együttműködések és regionális innováció: A gazdasági fejlettség szerepe Varga Attila és Sebestyén Tamás PTE KTK és MTA-PTE Innováció.
FÜGGETLEN KÖZLEKEDÉSBIZTONSÁGI
Iskolahálózatok itthon és külföldön Pénziránytű műhelymunka MNB, november 10.
1 A Gyermekszegénység Elleni Nemzeti Programtól a Legyen jobb a gyerekeknek Nemzeti Stratégiáig MEH–MTA 2006–2007. évi kutatások beszámolója május.
A kutatás és innováció értékelése MTA, Budapest, április A kiválóság mércéi és az ezek körüli viták SCHUBERT ANDRÁS MTA – KSZI, Budapest.
MOLECULÁRIS GENETIKA/GENOMIKA 2..
Véletlenszám generátorok
Poszttranszlációs módosítások Készítette: Cseh Márton
HÁLÓZATI TANULÁS Megújuló pedagógia: hálózati együttműködés Észak-Magyarországon TÁMOP nyitókonferencia EGER, szeptember 3.
VEDD KI A RÉSZED! minden, amit az EU és a civilek egymásért tehetnek Dandé István Magyar Szegénységellenes Hálózat Strukturális Alapok Munkacsoport.
Dr. Fodor Imréné Pécsi Regionális Képző Központ igazgatója
A NATURA 2000 ÖKOLÓGIAI HÁLÓZAT
Alapfogalmak.
Hálózati alapismeretek
Hálózatok modellezése. Hálózatok Many complex systems in nature and society can be successfully represented in terms of networks capturing the intricate.
Költség-minimalizálás az ellenőrző kártyák alkalmazásánál Feladatmegoldás, kiegészítés.
Kis és nagy iskolák HÉTFA Kutatóintézet és Elemző Központ
1 Szélességi Bejárás Györgyi Tamás – GYTNAAI.ELTE 2007 Március 22 Algoritmusok És Adatszerkezetek 2 Gráfalgoritmus S b a d e f h g c.
A Microsoft Üzleti Intelligencia megoldása és platformja
A tanári munka és foglalkoztatás indikátorai nemzetközi tükörben Imre Anna Oktatáskutatási és Fejlesztési Intézet november.
A genom variabilitás orvosi jelentősége Gabor T. Marth, D.Sc. Department of Biology, Boston College Orvosi Genomika kurzus – Debrecen, Hungary,
„XXI. SZÁZADI KÖZOKTATÁS ( FEJLESZTÉS, KOORDINÁCIÓ )” TÁMOP / Szakértelmek és tudások integrációja Horváth Zsuzsanna Budapest 2013.
Tudománykommunikáció: helyzetkép Magyarországon 2006/2007 Dr. Fábri György PhD kommunikációs igazgató MTA.
Topological phase transitions in equilibrium network ensembles Collegium Budapest, June 2004 Networks and Risks Thematic Institute How do the properties.
Tömegjelenségek: Emberi kollektív viselkedés statisztikus fizikája Vicsek Tamás Munkatársak: Czirók András, Farkas Illés, Néda Zoltán. és Dirk Helbing.
Miért érdemes egy cégvezetőnek regisztrálni a …………… közösségi oldalra? Hogyan használjuk ki hatékonyan a jelenlétet a világ legnagyobb szakmai hálózatán?
„Az a folyamat, amíg a gyógyszer a kutatás első lépéseseitől a patika polcaira kerül, gyakran évet vesz igénybe, és millió USD-t emészt fel.”
Rekord statisztikák Készítette: Komjáti Bálint IV. évf. fizikus hallgató (ELTE-2006) Györgyi Géza: Extrém érték statisztikák előadásán tartott szemináriumára.
Fehérjehálózat “skálafüggetlen” Jeong et al, Nature (2001)
Nagyon nagy gráfok Lovász László Microsoft Research
Hálózatok: új nyelv a tudományban Lovász László Eötvös Loránd Tudományegyetem
Hálózatok és hatlépésnyi távolság
INFORMATIO MEDICATA Budapest Hálózatelemzési módszerek a tudományos közösségek bibliometriai vizsgálatában SCHUBERT ANDRÁS MTA–KSZI, Budapest.
„R” helyett „Q”? – Új lehetőségek a faktoranalízis alkalmazásában
Modellezési Kockázat Kereskedelmi Banki Kockázatmodellezés
A népesség várható iskolai végzettségének előrejelzése nemek, korcsoportok és régiók szerint A TÁMOP műhelykonferencia április 22. Radisson.
Adatvédelmi kihívások a modern információ- technológiában
A évi kompetenciamérés FIT-jelentéseinek új elemei
A MÚZEUMI HÁLÓZAT TARTALOM- ÉS TÁJÉKOZTATÓ SZOLGÁLTATÁSAI
Dijkstra algoritmusa: legrövidebb utak
Dijkstra algoritmusa: legrövidebb utak
Dinamikus hálómodellek
Dijkstra algoritmusa: legrövidebb utak
Előadás másolata:

Fehérjehálózat “skálafüggetlen” Jeong et al, Nature (2001)

Szociális (társas kapcsolatokon alapuló) hálózatok osztályok guppik

A nagy (mega) hálózatok felépítése a bennük levő sűrűbben összekötött részek (modulok/csoportosulások) szempontjából - Aktív kutatási terület - Hogy nézhet ki egy nagy hálózat? Véletlen fa Determinisztikus, csak hurkok Véletlen „gabalyodások”

Alapvető megfigyelések: Egy nagy, komplex hálózat mindig speciális belső szerkezettel bír (moduláris; a funkciót a szerkezet biztosítja) A szerkezet tipikusan hierarchikus (azaz valamiféle önhasonlósággal rendelkezik) Lényeges új szempont: a modulok átfedései kulcsfontosságúak “boglya”, nincs funkció Túl erős megszorítás, limitált funkció A komplexitás valahol a véletlen és a szabályos között van

Az átfedések szerepe

Modulok keresése Két csúcs egy modulhoz tartozik, ha össze lehet Kötni őket szomszédos k-klikkeken keresztül 4-klikk Régi, hierarchikus keresés k-klikk gördítés

Modulok keresése 4-klikk Régi, hierarchikus keresés k-klikk gördítés Két csúcs egy modulhoz tartozik, ha össze lehet Kötni őket szomszédos k-klikkeken keresztül

a 4-clique Modulok keresése Régi, hierarchikus keresés k-klikk gördítés Két csúcs egy modulhoz tartozik, ha össze lehet Kötni őket szomszédos k-klikkeken keresztül

“Hálózatok hálózata” DIP (S. cerevisiase, élesztőgomba) A többi hálózat, amit vizsgáltunk, sokkal nagyobb! Yc072c jelű fehérje funkciójának indikációja G. Palla, I. Derényi, I. Farkas, and T. V. Nature, 2005

Modulok átfedésének eloszlása tagságok száma.

B.A,G.P,I.D,I.F,T.V.: BIOINFROMATICS 2006

Marked: predicted cellular sub- process

protein-gene interactions protein-protein interactions PROTEOME GENOME Citrate Cycle METABOLISM Bio-chemical reactions

Boehring-Mennheim

Metabolic Network Nodes : chemicals (substrates) Links : chem. reaction

Global flux organization in the E. coli metabolic network E. Almaas, B. Kovács, T. V., Z. N. Oltvai, A.-L. Barabasi, Nature (2004). SUCC: Succinate uptake GLU : Glutamate uptake Central Metabolism, Emmerling et. al, J Bacteriol 184, 152 (2002) Searching for optimal (max biomass) solutions experiments

Inhomogeneity in the local flux distribution ~ k Mass flows along linear pathways

Data: collaboration graphs in (M) Mathematics and (NS) Neuroscience Erdős szám (Ei=2,W=8,BG=4) R. Faudree L. Lovász P. Erdős B. Bollobás Társszerzői hálózatok

A mobilhívási hálózat egy parányi része Egy társszerzői hálózat pici részlete (más jellegű)

Kvantitatív társas csoportdinamika nagy skálán G. Palla, A-L Barabási, V.T. (Nature, 2007 április)

Kis és nagy csoportosulások időfejlődése s – csoport mérete t – idő (hónapokban) Példák a társzerzői hálózat adatai alapján

Annak a valószínűsége, hogy egy csoport felbomlik, ha a csoporttagok külső kapcsolatainak együttes súlyfaktora W out Belső ábra: Egy csoport várható élettartama a többi csoportokkal való együttműködés függvényében (társszerzőkre van egy optimális szint!) Társas csoport élettartamának előrejelzése

Komplex biológiai és szociológiai rendszereket hálózatokkal írhatjuk le Az elemzés predikciókra alkalmas (fehérje funkciója, várható események előrejelzése, stb.) A jövőben a hálózatelemzési technikákon alapuló optimalizáció elterjed. A folytonos adatgyűjtés és az eredmények folyamatos visszatáplálása a rendszerek (organizmusok, cégek, stb.) kifinomult vezérlését teszi majd lehetővé Köszönöm a figyelmet ELTE-s hálózatkutatási csoportunk: Pollner P., Palla G., T.V., Farkas I., Derényi I., Ábel D.

Home page of CFinder

Screen shot of CFinder This will also become a commercial product by Firmlinks with GORDIO, a Budapest based HR company

P(k) – fokszám C(k) – klaszterezettség mértéke (k) – szomszédok átlagos fokszáma, ha a saját k csoportosulások egyének Eloszlások (k=3)

Iskolai baráti kapcsolatok hálózata M. Gonzalez, J. Kertész, H. Herrmann, V.T. Három iskola az Add-Health iskolai barátsági adatbank alapján 7-12 évfolyamok