Drozophila jó modellállat, mert:

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
Összetett kísérleti tervek és kiértékelésük:
Advertisements

I. előadás.
Az éghajlatváltozás problémája egy fizikus szemszögéből Geresdi István egyetemi tanár Pécsi Tudományegyetem Természettudományi Kar.
Kvantitatív Módszerek
Ozsváth Károly TF Kommunikációs-Informatikai és Oktatástechnológiai Tanszék.
Összetett kísérleti tervek és kiértékelésük
Összetett kísérleti tervek és kiértékelésük: Háromszempontos variancia analízis modellek.
Az intergénikus régiók és a genom architektúrájának kapcsolata Craig E Nelson, Bradley M Hersh és Sean B Carrol (Genome Biology 2004, 5:R25) Bihari Péter.
Hálózati Biológia A sejt funkcionális működésének megértése.
Genome2D: bakteriális transzkriptóma megjelenítését szolgáló eszköz (szoftver) Csernetics Árpád Bioinformatika SZIT ápr. 18.
Főkomponensanalízis Többváltozós elemzések esetében gyakran jelent problémát a vizsgált változók korreláltsága. A főkomponenselemzés segítségével a változók.
Mérési pontosság (hőmérő)
Készítette: Kálna Gabriella
Dr. Szalka Éva, Ph.D.1 Statisztika II. VII.. Dr. Szalka Éva, Ph.D.2 Mintavétel Mintavétel célja: következtetést levonni a –sokaságra vonatkozóan Mintavétel.
Ozsváth Károly TF Kommunikációs-Informatikai és Oktatástechnológiai Tanszék.
Ozsváth Károly TF Kommunikációs-Informatikai és Oktatástechnológiai Tanszék.
Molekuláris genetika Falus András.
Az élővilág kutatásának matematikai, statisztikai eszköztára
Regresszióanalízis 10. gyakorlat.
Varianciaanalízis 12. gyakorlat.
AZ ÉLETTANI PARAMÉTEREK MINŐSÉGELLENŐRZÉSE
MUTÁCIÓ ÉS KIMUTATÁSI MÓDSZEREI
III. Sz. Belgyógyászati Klinika
III. Sz. Belgyógyászati Klinika
Miért hozzuk a döntést, mi a cél?
Mendeli genetika Allél Monohibrid -Dihibrid Autoszóma – alloszóma
KÉT FÜGGETLEN, ILL. KÉT ÖSSZETARTOZÓ CSOPORT ÖSZEHASONLÍTÁSA
Kovarianciaanalízis Tételezzük fel, hogy a kvalitatív tényező(k) hatásának azonosítása után megmaradó szóródás egy részének eredete ismert, és nem lehet,
A statisztikai próba 1. A munka-hipotézisek (Ha) nem igazolhatók közvetlen úton Ellenhipotézis, null hipotézis felállítása (H0): μ1= μ2, vagy μ1- μ2=0.
Nominális adat Módusz vagy sűrűsödési középpont Jele: Mo
Az F-próba szignifikáns
Aszexuális, szimpatrikus speciáció
Az izomdystrophiák molekuláris genetikai vizsgálata
ÖRÖKLÉS, KÖRNYEZET, NEVELÉS
A genetika (örökléstan) tárgya
Problémás függvények : lokális optimalizáció nem használható Globális optimalizáció.
HOMOSZEXUÁLIS ÉS HETEROSZEXUÁLIS FÉRFIAK PÁRVÁLASZTÁSA
Gyakorlati alkalmazás Biológiai felmérés és monitoring.
7. Csoportok és változók sztochasztikus összehasonlítása (összehasonlítások ordinális függő változók esetén)
Gazdaságstatisztika 19. előadás Hipotézisvizsgálatok
Hipotézis vizsgálat (2)
Többváltozós adatelemzés
Alapsokaság (populáció)
Lineáris regresszió.
ANYAGCSERE CSONTBETEGSÉGEK 2003 SE ÁOK I. Belklinika.
A P elemek mobilitásának szabályozása
A P elem technikák: enhanszerek és szupresszorok azonosítása
A P elem technikák: enhanszerek és gének csapdázása
Időjárási és éghajlati elemek:
A molekuláris evolúció neutrális elmélete
Molekuláris rátermettség tájképek Kun Ádám. Rátermettség tájkép  Minden genotípushoz rendeljünk egy fenotípust  Minden fenotípushoz rendeljünk egy valósz.
Többszempontos ANOVA (I
I. előadás.
A kombinációs táblák (sztochasztikus kapcsolatok) elemzése
A genom variabilitás orvosi jelentősége Gabor T. Marth, D.Sc. Department of Biology, Boston College Orvosi Genomika kurzus – Debrecen, Hungary,
A szóráselemzés gondolatmenete
Öngyilkosság és időjárás összefüggése Magyarországon
Gének, környezet, viselkedés
Immunbiológia - II. A T sejt receptor (TCR) heterodimer CITOSZÓL EXTRACELLULÁRIS TÉR SEJTMEMBRÁN kötőhely  lánc  lánc VV VV CC CC VV VV
 A matematikai statisztika a természet és társadalom tömeges jelenségeit tanulmányozza.  Azokat a jelenségeket, amelyek egyszerre nagyszámú azonos tipusú.
Hága Péter ELTE, Komplex Rendszerek Fizikája Tanszék Statisztikus Fizikai Nap Budapest.
Génexpressziós chipek mérési eredményeinek biklaszter analízise.
Környezetvédelmi analitika
Géntechnikák labor kiselőadás Készítette: Nagy Zsuzsanna
Kiváltott agyi jelek informatikai feldolgozása 2016
Humángenetika Makó Katalin.
FOGALMAK DNSasfehérje (szabályozó/szerkezeti)
Adaptív fenotipikus plaszticitás és adaptív evolúció ---- egymás ellen/helyett, egymás mellett, vagy együttműködnek?
2. Regresszióanalízis Korreláció analízis: milyen irányú, milyen erős összefüggés van két változó között. Regresszióanalízis: kvantitatív kapcsolat meghatározása.
3. Varianciaanalízis (ANOVA)
Előadás másolata:

Drozophila jó modellállat, mert: - genomja szekvenált (adatbázisok) - legtöbb génre deficiencia ill. mutáció kül. izogenizált vonalakban (törzsközpontok) - genetikai manipuláció szempontjából nagyon megbízható szervezet - gyorsan létre lehet hozni nagy számú, genetikailag meghatározott egyedet, és kontrolált körülmények között fent lehet tartani

Kvantitatív bélyegek általános jellemzői: - folyamatos eloszlás - poligénesség - környezeti tényezők befolyásoló hatása Elmúlt pár évtizedben számos kulcs gén lett azonosítva Drosophilában, melyek hatással vannak a viselkedésre: dunce memória rutabaga tanulás period helyváltoztató mozgás cirkadián aktivitása

Különböző tesztek a Drosophila viselkedésének vizsgálatára udvarlási viselkedés: - udvarlási látenciaidő - közösülési látenciaidő

aggresszió: - egy meghattározott alkohol-teszt: aggresszió: - egy meghattározott időszakon belüli aggresszív összecsapások száma szaglási viselkedés:

lárvális feldúló viselkedés ülő lárva – kis területen eszik foraging : ciklikus GMP-függő protein kináz vándorló lárva – nagy területen eszik

- a komplex viselkedés moduláris: udvarlási viselkedés: - felismerés - tájékozódás - mozgás - szárny vibráció - kopuláció

A szükséges minta mérete variancia a párzási látenciában: 16min2 → 2 perc különbség vizsgálatához (0,5σ) 84 egyed szükséges 100min2 → 2 perc differencia vizsgálatához (0,2σ) 525 egyed szükséges

A vizsgálat során figyelembe kell venni: - szexuális dimorfizmus viselkedésben játszott szerepe → ált. vizsgálatokban mindkét nemből azonos számú egyed kell, mivel a Drozophila transzkriptom 50%-a, vagy több mutat eltérést a nemek között → csak az egyik nemben megfigyelhető hatás (sex-specific effects) → a hatás mindkét nemnél megfigyelhető, de különböző mértékű (sex-biased effects) → a hatás mindkét nemnél megfigyelhető, de ellentétes irányú (sex-antagonistic effects) - genetikai háttér: - Canton-S legyek – kis mennyiségű szagra válasz - Samarkend legyek – ritkán hasonló

- környezeti változások zavaró hatása (hőmérséklet, páratartalom, légnyomás, mozgási aktivitás napi váltakozása) - genotype by enviroment interaction: kölcsönhatás, amikor 2 genotipus különbözik a megváltozott környezetre adott válaszában

Varianciaanalízis (analysis of variance /ANOVA/) Y= μ + G + Er Y: egyedek megfigyelt értéke μ: átlag középérték G: genotipikus hatás Er: változás a genotipusokon belül G szignifikáns G nem szignifikáns a genotipikus hatás akkor szignifikáns, ha az adott genotípusú egyedek viselkezése hasonlóbb, mint a különböző genotipusú egyedeké

Kísérleti stratégia Drosophila viselkedési jellegek kvantitatív analízisére Exelixis - nehezen megfogható fenotipikus változás

A természetes változatokban szerepet játszó gének térképezése QTL (Quantitative trait loci) térképezés: - egy vagy több QTL-t tartalmazó régió feltérképezése, mely érinti a viselkedésben történt változást 1. Genetikai mintavétel - nagy számú beltenyésztett vonal előállítás a természetes populációból, melyben a keresett jellemzőre tudunk szelektálni - mesterséges szelekciót végezve csökkenthetjük vagy éppen felerősíthetjük az adott viselkedés kifejeződését

A természetes változatokban szerepet játszó gének térképezése Irányelvek: - nagy alappopulációt használunk - minden kiválasztott vonalat többször mérünk - kell egy kontroll vonal, melyben a beltenyésztés hatására létrejövő leromlást mérjük - minimalizálni kell a genetikai sodródás hatását a szelekció alatt a populáció méretének maximalizálásával - kb. 25 generáció után le kell állítani a szelekciót a várható spontán mutációk kizárása érdekében

A természetes változatokban szerepet játszó gének térképezése 2. QTL térképezése - standard rekombinációs térképezéssel (RILs:Recombinant inbred lines) szükséges: - óriási számú rekombináns - a polimorfikus molekuláris markerek ultra-nagy sűrűségű térképe

A természetes változatokban szerepet játszó gének térképezése Komplementációs analízis: - a QTL régió beazonosítása után - leszűkítjük a QTL intervallumot és azonosítjuk a jelölt géneket - Drosophila: (DrosDel, Exelixis) - deficienciák - mutációk co-izogenizált háttéren - azonosítás komplementációs teszttel történik

A természetes változatokban szerepet játszó gének térképezése Linkage-disequilibrium(LD) mapping: célja: - meghatározni, hogy a jelölt gén kapcsolatban van-e a viselkedésben történt változással - meghatározni a változás okát (szekvenciaváltozás), és megállapítani, hogy ez a fenotipikus értékkel statisztikusan szignifikáns kapcsolatban áll-e → minden polimorfizmusra statisztikus tesztet kell végrehajtani - a gént és a szomszédos régiókat is fel kell térképezni, hogy meghatározzuk az LD pontos méretét

Transcriptional profiling

Transcriptional profiling - specifikus expressziós változások, melyet egy egyszeres mutáció okoz, hatással van a jellemre - a transzkripciós „bőség” egy kvantitatív jellemző →teljes genominális expressziós vizsgálat standard feltételek: 1. 50, vagy több légy minden genotipusból → elegendő RNS a hibridizációhoz 2. transzkripció cirkadián aktivitása → mintavétel a napnak ugyanabban a szakában 3. legalább két független készlet, RNS extrakció és hibridizáció szükséges a statisztikai analízishez (fluoreszcens festékek felcserélése)

false negative false pozitive

Episztázis - két géntermék egymásra hatása - interakcióvizsgálat co-izogenizált mutánsokkal, melyek szerepet játszanak a viselkedés kialakításában (enhanszer és szupresszor hatás) - hasonló viselkedést okozó mutációk → fél-diallél keresztezés (co-izogenizált háttér) n(n-1)/2 12 mutáció 66 transzheterozigóta - exponenciálisan nő az n értékének növekedésével

Pleiotrópia - egy gén több viselkedésben szerepet játszik egy gén – több hatás

Feladatok a jövőben - a gének között fellépő episztázis milyenségének vizsgálata - annak meghatározása, hogy hogyan szabályozza a genetikai hálózat a fejlődés folyamán a viselkedésben bekövetkező változások - annak vizsgálata, hogy hogyan alakul át a genetikai hálózat a fizikai és szociális környezet megváltozása által és milyen mértékben különbözik a nemek között - a microarray vizsgálatok jó eszközt jelentenek a komplex tulajdonságok alapjának meghatározásához - elsősorban a jövőben a neuronok különböző alpopulációjának vizsgálatával próbálnak egyre közelebbi képet kapni a viselkedés kialakulásáról

Köszönöm a figyelmet!