AFRIKAI HARCSA GENOM PROJECT Kovács Balázs 1, Barta Endre 2, Pongor Lőrinc 3, Uri Csilla 1, Keszte Szilvia 1, Patócs Attila 3, Müller Tamás 1, Orbán László 4, Urbányi Béla 1 1 Szent István Egyetem, Mezőgazdaság- és Környezettudományi Kar, Akvakultúra és Környezetbiztonsági Intézet, Halgazdálkodási Tanszék, Gödöllő 2 NAIK Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, Mezőgazdasági Genomika és Bioinformatika Csoport, Gödöllő 3 MTA-SE Molekuláris Medicina Kutatócsoport,Semmelweis Egyetem, Budapest 4 Reproductive Genomics Group, Temasek Life Sciences Laboratory, Singapore

Afrikai harcsa termelés Növekvő termelés Több mint 29 országban tenyésztik(FAO) Magyarországon a második legnagyobb mennyiségben előállított hal

Main producer countries of Clarias gariepinus (FAOFisheryStatistics,2006) Több mint 29 ország

Triplex Duplex PCR alapú teszteljárás

FISH CgaY1próbával

Taxonómiai elterjedés vizsgálata

Az ivarspecifikus markerek alkalmazása a fenotípusos ivar előrejelzésére 179utód ikrástejes szövettan PCR alapú szexálás nőstények hímek petefészek here Elvékonyított kenetek acetocarmin festés követően

Genom információk Egy egyed (hím) 2n=56 C-érték: 1.20 pg (Animal Genome Size Database) Számított genom méret: 1173 Mb (Okonkwoand Obiakor;2010)

Genom szekvenálás MatePairPaired-Endösszesen Iszert méret (bp) Leolvasások száma (db) Leolvasások hossza (bp) 100 takarás36,6623,9860,64 Illumina Highseq 2000

Adat feldolgozás Nemzeti Információs Infrastruktúra Fejlesztési (NIIF) Program Szekvencia minőség vizsgálat:Trimmomatic Az adataok 89% - a használható A szekvencia összeillesztése (De Novo Genome Assembly): – SOAPdenovo – Allpaths-lg – Minia

A szekvencia összeillesztések eredménye SOAPdenovoAllpaths-lgMinia contigs Largest contig Total length GC(%)38,3738,2337,99 N #N'sper100kbp28 709, , ,97

Szekvencia Illesztés

Ivari markerek a szekvenciában Mind két markert megtalálható – CgaY1 6Kb Contig – CgaY2 44kb contig

NameStartStopLengthStrand tRNA Phe 169 H 12S rRNA H tRNA Val H 16S rRNA H tRNA Leu H ND H tRNA Ile H tRNA Gln L tRNA Met H ND H tRNA Trp H tRNA Ala L tRNA Asn L tRNA Cys L tRNA Tyr L COX H tRNA Ser L tRNA Asp H COX H tRNA Lys H NameStartStopLengthStrand ATP H ATP H COX H tRNA Gly H ND H tRNA Arg H NAD4L H NAD H tRNA His H tRNA Ser H tRNA Leu H NAD H NAD L tRNA Glu L Cyt b H tRNA Thr H tRNA Pro L A mitokondriális DNS annotálása bp 37 gén MITOS- szoftver

Clariidae és Siluridei Uniprot szekvenciák genom illesztése

Összefoglalás MatePair és Paired-End genomi könyvtárak Genom szekvencia adatok 60x lefedettséggel Mitokondriális genom (16 537bp, 37 gén) ~ 5460 db gén előzetes illesztése Folytatás Újabb hosszú Inzert (large insert) genomi könyvtár és Teljes Transzkriptóma szekvenálás

Köszönetnyilvánítás A kutatást az OTKA és a Nemzeti Kíválóság Program /2014/TUDPOL azonosító számú pályázata támogatja.