Makromolekulák 2013 11 26 Simon István. Aminosav helyettesítési mátrix.

Az előadások a következő témára: "Makromolekulák 2013 11 26 Simon István. Aminosav helyettesítési mátrix."— Előadás másolata:

1 Makromolekulák 2013 11 26 Simon István

2 Aminosav helyettesítési mátrix

3 Diszulfid becslő potenciál

4 Szerin proteázok szekvenciáinak összehasonlítása

5 Aminosavak konzervativitása és eltemetettsége

6 http://manaslu.aecom.yu.edu/cysredox.html

7

8

9

10 Szerkezetbecslés homológia alapján

11

12

13 Párkölcsönhatások energiájának egy aminosavra számított értéke

14 Párkölcsönhatási energiák becslése Annak a figyelembevételéhez, hogy az i. aminosav hozzájárulása függ a kölcsönható partnerektől, az aminosav összetétel másodfokú alakját kell használnunk Az aminosav összetétel és az energia közti összefüggést egy 20x20 energia becslő mátrix tartalmazza: P ij

15 A (szerkezetből) számolt és a (szekvenciából) becsült energiák

16 A rendezetlenség jóslása - IUPred Globuláris és rendezetlen fehérjékre számolt energiák

17 A rendezetlenség jóslása - IUPred Alapötlet: Ha egy aminosav szekvenciális környezetében olyan aminosavak vannak, amelyekkel nem tud elég sok kedvező kölcsönhatást kialakítani, akkor nem vesz fel határozott szerkezetet rendezetlen lesz …..QSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVAPAPAAPTPAAPAPA….. A környezet aminosav összetétele: A – 10% C – 0% D – 12 % E – 10 % F – 2 % stb… Az aminosav és a környezete közötti kölcsön- hatási energia becslése Ez alapján a rendezetlenség valószínűsége (magas energia rendezetlen lesz) Az algoritmus:

18 A rendezetlenség jóslása - IUPred A konkrét példán: A – 10% C – 0% D – 12 % E – 10 % F – 2 % stb… A D aminosav környezetének összetétele: A becsült kölcsönhatási energia: E = A kölcsönhatási energiák: 1.16*0.10+(-0.82)*0+… = 1.138 97%, hogy rendezetlen

19 A rendezetlenség jóslása - IUPred Példa: humán p53 Rendezett DNS kötő domén (DBD) Rendezetlen C-terminális domén Rendezetlen N-terminális domén http://iupred.enzim.hu

20 Globular proteins are not representative of full genomes Probable IUPs GLOB Human genome TM ?

21 IUPs: high frequency in proteomes coli yeast

22 Erdős-Rényi The yeast interactome Barabási-Albert Networks