A dbSNP build cycle Az eddigi kategóriák alapján jellemzett beadvány a „beépülési”ciklus során beépül az adatbázisba, amit újracsoportosítás, és annotáció.

Az előadások a következő témára: "A dbSNP build cycle Az eddigi kategóriák alapján jellemzett beadvány a „beépülési”ciklus során beépül az adatbázisba, amit újracsoportosítás, és annotáció."— Előadás másolata:

1 A dbSNP build cycle Az eddigi kategóriák alapján jellemzett beadvány a „beépülési”ciklus során beépül az adatbázisba, amit újracsoportosítás, és annotáció követ. Betérképeződik az adott genom megfelelő pozíciójába, és klaszterbe sorolják. Jelenleg a build 124 van érvényben, 2005 jan 6.tól

2 Egy SNP beadvány összetétele

3 Az egyes kromoszómákon térképezett refSNPk száma és eloszlása

4 2. refSNP cluster set : A nem –redundáns SNPket az NCBI RefSeq projekt során az db ref.genom szekvenciakontigjaiban, kromoszomákon, mRNSen, proteineken annotálják. Mindegyik refSNP clusternek kiszámolják az összegzett jellegeit, és ezt használják arra hogy frissítsék a dbSNPt az entrezben, és a variációs térképet az NCBI Map Viewerben. Végül frissitik a linkeket az egyes adatbázisok közt( dbSNP-dbMHC, UniSTS, Locuslink, Pubmed, Unigene. 3. Nyilvánosságra hozatal: Egy új build nyilvánosságra hozatala során frissítik az eddigi hozzáférhető adatbázist, valamint egy új file-sorozatot hoznak létre az FTP serveren. Majd jelentést küldenek a dbSNP levelező listára, ha egy egy új build nyilvánosan elérhetővé válik.

5 4. refSNP Clusterek besorolása Nem-Redundáns adatszettekbe: az adatokat, melyeket beküldtek az adatbázisba, rendszerezik clusterekbe, és Ezeket a clustereket fenntartják, mint refclustereket a bdSNPben párhuzamosan a mögötte lévő adatokkal.A ref SNPket a vizsgált SNPktől úgy különítik el, hogy a ref.nek az asccession n.je rs-előtaggal rendelkezik, szembe, az ss(submitted SNP). Egy refSNP adott számú tulajdonsággal rendelkezik, amelyek a kluszter összes tagjánál egyaránt meg vannak határozva. A ref SNP settet exportálhatjuk több report fomátumba is az FTP serveren. Mind a refSNPt, és a beadottat megtartják, mint FASTA adatbázist BLAST kereséshez 5. Adatok Összegzett mérése: Kiszámolják az összegzett értékeket minden refSNPre, hogy integrálhassák a független beküldők adatait.

6 6. A ref SNP clusterező eljárás: A beküldők tetszőlegesen definiálhatják az SNPket bármelyik DNS szálon. Ezért a refSNP clusterben a beadvány lehet, hogy a forward, lehet, h a reverse szálon jelölt. Így a refSNP orientációja és ennél fogva a szekvenciája a cluster egy mintapéldánya alapján van beállítva. Konvenció alapján a clusterezési folyamat során a cluster leghosszabb tagja szolgál mintaként. Az azutáni buildekben, ez a szek. lehet, hogy reverz poz.ban lesz az érvényben lévő refszek.hez képest. Ilyenkor igyekeznek megőrizni a refszek. orientációját úgy, hogy a ref.szek. Pozícióját a cluster mintapéldány reverz komplementjéhez igazítják. 7. A variációk összegzett értéke: A genetikai diverzitást egy adott locusban az átlagos heterozigozitással lehet jellemezni. Az átlagos heterozigozitás becslésének van egy standard hibaszázaléka, amely a minta nagyságból fakad. A további értékek, amelyek az adott variáció összegzett értékéhez hozzájárulnak, a populációk száma, valamint a mintaegyedek száma.

7 8. Térképezés a referencia genom szekvenciához : Amikor egy ref genom összeszerelésre kerül, és elérhetővé válik, a bd ezt használja mint rögzített szekvenciát, és a refClustereket beillesztik a genomba. RepeatMasker seg.vel eltáv. a flankingeket, majd a MegaBLAST segítségével újratérképezik az adott genom legutóbbi változatába. 9. Újracsoportosítás: A refSNPket az db egy ideális ref. kromoszóma variációiként definiálja.Ezek a ref.kr.k a genomösszeszerelések célpontjai, mivel ezek hozzájárulnak az ideiglenes kontigok Ha az NCBI frissíti az aktuális genomszerkezetet. Adb rögtön blasztolja az összes meglévő ref. és újonnan beadott SNP-it. 10. NCBI kontig bejegyzés: az NCBI RefSeq-ben a refSNP-k kül. értékekkel szerepelhetnek: 2-es érték bizonytalan térképezési lokalizációt jelent. Az ennél magasabb értékűek kevésbé specifikusak, így használhatóságuk eléggé bizonytalan, de ezek is elérhetőek.

8 11. GenBank és más RefSeq recordok bejegyzése: a GenBank recordokat a RefSeq-kel ellentétben kizárólag az eredeti szerző jegyezheti be. A RefSeq mRNSeket a variációikkal egyszerűen akkor jegyzik be, mikor a refSNPnek magas értékű találata van az mRNSsel. 12. Az NCBI Map Viewer, és a kapcsoltsági térképek: a MapViewer-ben a kromoszómákról összetett térképeket találhatunk. A variációs térkép az összes SNPt tartalmazza, amit az aktuális genom-összerendezésbe bejegyeztek

9 FUNKCIONÁLIS ANALÍZIS Variációk funkcionális osztályozása: Amikor egy kontig bejegyzésre kerül, az SNPk a flankingek seg.vel lokalizálhatók, és ezáltal bizonyos funkcióval is kapcsolatba hozhatók.

10 A funkcionális osztályozás problémái Minthogy az osztályozás pozicionális, és szekvencia- paraméterek alapján történik, 2 probléma merül fel: Ha a génnek az alternatív splicing következtében több transzkriptje lehet, akkor az adott SNP is több funkcióval hozható kapcsolatba Ha ezek az összetett gének a kontigban sűrűn helyezkednek el, akkor lehetséges, hogy az SNP is több, szomszédos génnel van kül. funkcionális kapcsolatban

11 SNPk 3D következményei Amikor egy SNP változást okoz az AA szekvenciában, fontos tudni, hol helyezkedik el a fehérje-szerkezetben Ennek érdekében megpróbálnak a PDB fehérjéivel összehasonlítva hasonló szerkezetű fehérjéket azonosítani. HA a BLASTolás során találnak egyezést, a BLAST Alignment seg. vel azonosítható az AA. Ezt követően bejegyzik a dbSNP SNP3D ablakába.

12 Kapcsolódó honlapok Az dbSNP kapcsolatban áll olyan honlapokkal, melyeken lehetőség van kiegészítő adatokhoz jutni az adott beadvánnyal kapcsolatban. Linkek az NCBI belül: Locuslink: seg.vel lokalizálhatjuk az SNPt ismert génen UniSTS: HA egy SNP record kapcsolatban van egy STSsel, az adatokat megosztják a dbSTSsel, és létesítenek egy linket a 2 record közt. A kapcsolat a dbSNP SnpSts táblázatában látható. UniGene: A dbSNP UniGeneSnp táblázatában vannak feltüntetve az azonos kromoszómális lókuszon lévő refSNP és UniGene EST cluszterek

13 PubMed: A beadványokban elérhetők azok a publikációk, amelyekre a beadványban hivatkoznak. dbMHC: A dbSNP tárolja a HLA allélek nukleotid-szekvenciájára vonatkozó SNP adatokat További SNP adatbázisok Humán, egér és patkány SNP adatbázis, melyben humán SNPhez közel 2 millió TaqMan próba elérhető.