Obekon Projekt Informatikai Háttere Budinszky András Vezsenyi József Pázmány Péter QSX Quality Katolikus Egyetem Software eXpert Kft Az informatika elsődleges.

Az előadások a következő témára: "Obekon Projekt Informatikai Háttere Budinszky András Vezsenyi József Pázmány Péter QSX Quality Katolikus Egyetem Software eXpert Kft Az informatika elsődleges."— Előadás másolata:

1 Obekon Projekt Informatikai Háttere Budinszky András Vezsenyi József Pázmány Péter QSX Quality Katolikus Egyetem Software eXpert Kft Az informatika elsődleges szerepe a projekt megfelelő hátterének biztosítása. A projekt során igen nagy méretű és komplex bioinformatikai adatbázist kell létrehoznunk. Ebben tároljuk egyrészt a nagyszámú beteg, valamint kontrol egyedtől vett vér-, illetve zsírszövet minta feldolgozása során nyert adatokat, másrészt az egyedek körében begyűjtött szocio-, öko-, demográfiai-, valamint táplálkozási szokásaikra és fizikai aktivitásukra vonatkozó információkat. Ez a bioinformatikai adatbázis teszi lehetővé a különféle típusú adatok együttes kezelését, megőrzését, és a későbbiekben a feldolgozását, elemzését is. A nagymennyíségű adathoz jelentős kapacitású számítógépes hátteret kellett – két különböző helyszínen - új beszerzéssel, illetve bővítéssel létrehoznunk. Bevezetés Adatbázis Konfigurációk O B E K O N Richter: Quad Core IntelR XeonR X5355, 2x4MB Cache, 2.66GHz, 1333MHZ FSB. 16GB FB 667MHz Memory (8x2GB dual rank DIMMs). 8x300GB, SAS, 3.5-inch, 10.000 rpm Hard Drive (hot plug). PERC 5/i Integrated RAID Controller Card. 48X CDRW/DVD Combo Drive, IDE, Half Height. 3.5" Internal Floppy Disk Drive. Two Hot Plug Power Supplies for Redundancy. Dell Remote Access Card, 5th Generation for PowerEdge Remote Management Pázmány (bővítés): IBM DS4000, DS47000, SAN16B, Fiber, 750GB IBM 730 GB RPM Hot-swap SATA Adatbázis szerkezete: Az összegyűjtött adatok az Oracle adatbázisban több típusba csoportosíthatók, és ezek a csoportok külön-külön táblákba kerülnek az alábbiak szerint: - azonosító adatok - anamnesis - családi anamnesis – apa - családi anamnesis – anya - családi anamnesis – testvér - obesitas - szenvedélybetegségek - fizikális vizsgálat - aktuális terápia - laboradatok - nőgyógyászati anamnesis - DNS adatok (SNP vizsgálatokhoz) - limfociták adatai - táplálkozási szokások - fizikai aktivitás - stb. Adatvédelem - Jogosultság kezelése Ez kettős szinten történik: - az adatbázist tároló számítógépekhez csak VPN kapcsolaton keresztül, „névre” szóló kulccsal lehet kívülről hozzáférni - az Oracle adatbázisban definiált rendszer-, illetve objektum privilégiumok biztosítják, hogy a konzorciumi tagok csak differenciáltan (előzetesen hozzárendelt jogok szerint) kérdezhessék le az adatokat. Adatáramlás - Logisztika megszervezése - Személyiség védelem biztosítása (adatok gyűjtésénél és tárolásánál is) - Oracle adatbázis megtervezése és létrehozása - Adatbázis elérés megszervezése (VPN kapcsolaton keresztűl, névre szóló „kulccsal”) - Bioinformatikai algoritmusok alkalmazása és továbbfejlesztése Alapadatok összegyűjtése Biztonsági másolatok készítése XLS adat-export készítése, személyes adatok nélkül XLS fájlok összegyűjtése Adatok feldolgozása, elemzések készítése XLS adatok kiegészítése a klinikai laboreredményekkel vagy a még hiányzó adatokkal Vér továbbítása az SE GSI laborba Vérvétel Vonalkód nyomtatása, felragasztása Kódgenerálás, adatok rögzítése az XLS fájlba Laboradatok elkészítése Az összes adat összegyűjtése egy központi adatbázisba Vér továbbítása a Richterbe Egyes eredmények lekérdezése A táplálkozási szokások, a fizikai aktivitás és a pszichoszociális tényezők felméréséből származó adatok