Orvosi alkalmazások grafikus megjelenítése

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
Nukleáris Képalkotás 2 Rekonstrukció
Advertisements

Adatelemzés számítógéppel
Verő Balázs Dunaújvárosi Főiskola AGY Kecskemét, 2008 június 4.
SPC/SQC valósidejű rendszerekben 2000 November /Magyar Batch Fórum 1 Hi-Spec Solutions SPC/SQC in Real Time Systems (Statisztikai és minőségi szabályzás.
MI 2003/9 - 1 Alakfelismerés alapproblémája: adott objektumok egy halmaza, továbbá osztályok (kategóriák) egy halmaza. Feladatunk: az objektumokat - valamilyen.
Kalman-féle rendszer definíció
Koordináta transzformációk
Koordináta transzformációk
Számítógépes algebrai problémák a geodéziában
Globális helymeghatározás Zárthelyi dolgozat Relatív helymeghatározás fázisméréssel.
Illeszkedési mátrix Villamosságtani szempontból legfontosabb mátrixreprezentáció. Legyen G egy irányított gráf, n ponton e éllel. Az n x e –es B(G) mátrixot.
Illés Tibor – Hálózati folyamok
Mozgó Objektumok Detektálása és Követése Robotkamera Segítségével
EKG kapuzott (ECG gated) szív vizsgálat
Mérés és adatgyűjtés laboratóriumi gyakorlat
Klaszterező algoritmusok smart city alkalmazásokhoz Gonda László Témavezető: Dr. Ispány Márton.
Szoftver bonyolultsági mértékek alkalmazási területei Király Roland 2011.
Dr. Szalka Éva, Ph.D.1 Statisztika II. VII.. Dr. Szalka Éva, Ph.D.2 Mintavétel Mintavétel célja: következtetést levonni a –sokaságra vonatkozóan Mintavétel.
Dr. Szalka Éva, Ph.D.1 Statisztika II. IX.. Dr. Szalka Éva, Ph.D.2 Idősorok elemzése.
Dr. Szalka Éva, Ph.D.1 Statisztika II. IX.. Dr. Szalka Éva, Ph.D.2 Idősorok elemzése.
Statisztika II. II. Dr. Szalka Éva, Ph.D..
Operátorok a Quantummechanikában
A virtuális technológia alapjai Dr. Horv á th L á szl ó Budapesti Műszaki Főiskola Neumann János Informatikai Kar, Intelligens Mérnöki Rendszerek.
A 4D stúdió valós idejű GPU-s implementálása Hapák József ELTE-IK MSC 2012.
INNOCSEKK 156/2006 Hasonlóságelemzés-alapú vizsgálat a COCO módszer használatával Készítette: Péter Gábor
Lineáris transzformáció sajátértékei és sajátvektorai
MATEMATIKA ÉS INFORMATIKA I.
Az ARL tevékenységének bemutatása
A SPECT képalkotás Szigeti Krisztián. A szeminárium menetrendje dátumtémaelméletiklinikai SPECTSzigeti Krisztián (fizikus)Korom Csaba (orvos,
Pozitron Emissziós Tomográfia - Fizika – Műszaki fejlődési irányok
2003. december 18.Gyires Béla Informatikai Nap1 Következtés tudás alapú rendszerekben Bognár Katalin Debreceni Egyetem Informatikai.
Az Alakfelismerés és gépi tanulás ELEMEI
Mérés és adatgyűjtés 5. Óra LabVIEW – Ferde hajítás Október 1., 4. Kincses Zoltán, Mingesz Róbert, Vadai Gergely v
Nikházy László Ureczky Bálint Konzulens: dr. Horváth Gábor
Diagnosztika intelligens eszközökkel
Színházi Nap Budapest, Andrássy út Fényképezte: Szedő Iván.
Alapsokaság (populáció)
Várhatóértékre vonatkozó próbák
Budapesti Műszaki Főiskola Neumann János Informatikai Kar Informatikai Automatizált Rendszerek Konzulens: Vámossy Zoltán Projekt tagok: Marton Attila Tandari.
TransMotion Emberi mozgás digitalizálása
Költség-minimalizálás az ellenőrző kártyák alkalmazásánál Feladatmegoldás, kiegészítés.
A számítógép elvi felépítése
2. Koordináta-rendszerek és transzformációk
Lineáris algebra.
Felbontás és kiértékelés lehetőségei a termográfiában
CUDA C/C++ programozás
Funkciós blokkok A funkciós blokkok áttekintése Az alkalmazás előnyei.
Bevezetés a méréskiértékelésbe (BMETE80ME19) Intervallumbecslések 2014/
Algebrai struktúrák: csoport, gyűrű, test. RSA Cryptosystem/ Titkosítási rendszer Rivest, Shamir, Adelman (1978) RSA a neten leggyakrabban használt.
Informatikai eszközök a virtuális valóság szolgálatában Hapák József ELTE-IK X. Eötvös Konferencia.
Szimuláció.
13. Gyires Béla Informatikai Nap 1 Adott görbületű Hermite-ívek előállítása és térbeli általánosításuk SCHWARCZ TIBOR Debreceni Egyetem, Informatikai Kar,
Bevezetés a méréskiértékelésbe (BMETE80ME19)
Piramis klaszter rendszer
Informatikai eszközök
Struktúra predikció Struktúra lehet Felügyelt tanulási probléma
Máté: Orvosi képfeldolgozás12. előadás1 Három dimenziós adatok megjelenítése Metszeti képek transzverzális, frontális, szagittális, ferde. Felület síkba.
Bevezetés a méréskiértékelésbe (BMETE80ME19) 2014/
Magdics Milán.  BME Irányítástechnika és Informatika Tanszék (IIT)  Tanszékvezető: Dr. Szirmay-Kalos László  Főbb kutatási területek:  Globális illumináció.
GPU megoldások a Medisónál
GPU alapú fotontranszport nagyfelbontású heterogén közegben BME IIT Szirmay-Kalos László Magdics Milán Tóth Balázs.
1 A számítógépek felépítése jellemzői, működése. 2 A számítógép feladata Az adatok Bevitele Tárolása Feldolgozása Kivitele (eredmény megjelenítése)
Hatékony-e a rekurzió? FÉLEGYHÁZI TAMÁS GÁBOR 1 Kovács Magda-díj pályázat 2015/16.
1Pongrácz Ferenc, 1Valálik István
Neumann János Informatikai Kar
Az információ.
Nikházy László Ureczky Bálint Konzulens: dr. Horváth Gábor
Csoport, félcsoport, test
Vállalatirányítási rendszerek alapjai
Előadás másolata:

Orvosi alkalmazások grafikus megjelenítése Megyesi Zoltán Dr. Tornai Róbert

9. Gyires Béla Informatikai Nap Áttekintés Együttműködés a Komputergrafika és a Nukleáris Medicina tanszékek között Az orvosi képalkotás teljes folyamatát lefedő szoftverfejlesztés Partnerkapcsolat a MEDISO Kft.-vel A fejlesztőcsoport vezetője Dr. Emri Miklós 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

A képalkotás fizikai háttere 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Az orvosi képalkotás folyamata Adatgyűjtés Képrekonstrukció a gyűjtött adatokból A rekonstruált képek feldolgozása Vizualizáció 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap Adatgyűjtés - MiniPET Ethernet technológia Minden detektor külön IP-címmel rendelkezik A gyűjtött adatokat UDP protokollon keresztül küldjük a serveralkalmazásnak Az adatgyűjtés vezérlése TCP protokollon Real-time koincidencia válogatás (időablak 5-6 ns) LOR (Line of Response) file: adott koincidenciavonalban a mért események száma 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap Adatgyűjtés 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap Képrekonstrukció Analitikus módszer Iteratív módszer Egy túlhatározott egyenletrendszer megoldása statisztikus közelítéssel(maximum likelihood becslés alkalmazása a paraméter legvalószínűbb értékére). Iteratív módszert használunk a közelítéshez. SM * LOR = IMG SM: A detektorrendszer geometriáját, ill. a voxelek egymáshoz viszonyított kapcsolatát írja le SM[i,j]: Mekkora a valószínűsége, hogy a rekonstruálható térfogat i-edik voxele valamilyen mértékben hozzájárul a j-edik LOR-hoz 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap Képrekonstrukció MLEM, OSEM algoritmusok (OSEM: MLEM+Lor subset, gyorsabban konvergál) SM tárolása kritikus Memória, háttértár, cluster, valósidejű előállítás SM generálása: CPU/GPU technológiák Monte-Carlo szimuláció 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap System matrix Valós példa MiniPET: (detektorok * kristályok * detkoinc) / 2 = LOR 1.6 millió LOR Voxelszám 128^3 LOR * Voxelszám = SM shortban iterációnként 6.1 TB Memóriába nem fér, háttértár lassú Realtime SM számítás CPU cluster, vagy GPU 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Architektúra, teljesítmény 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap Képfeldolgozás Multimodális orvosi képfeldolgozás Funkcionális (PET) és anatómiai (CT) fúziója 2D Slice, 3D Volume, 4D Gated Volume-ok memóriában szegmentált területen GPU memóriában 2D vagy 3D texturában Regisztráció, ROI/VOI, Transzformációk 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Eszközkészletünk egy része: 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap Vizualizáció Célja az orvosok támogatása a képek értelmezésében (szakorvosi igények) OpenGL környezet Különféle vizualizációs módok CG, GLSL shaderek Filterezés, palettakezelés Eredmény: 6 FPS -> 90 FPS 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Legújabb fejlesztéseink 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap 2017.04.04. BrainCAD A BrainCAD jelenleg az agy megjelenítésében csak az ortogonális metszeteket használja 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Új megjelenítési módok 2017.04.04. Új megjelenítési módok Egy új, Oblique-nak nevezett metszet típuson dolgozunk a BrainCAD szoftverhez, ami a volume-ok meglévő Coronal, Axial és Sagittal megjelenítését egészíti majd ki Négydimenziós megjelenítés a térbeli képek sorozatához (például szívfelvételek) Sávkiemelt kép készítése egy adott intenzitásérték környezetében 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Tetszőleges irányú metszetek 2017.04.04. Tetszőleges irányú metszetek A modern grafikus kártyák 3D és multitextúrázás funkcióira nagymértékben építünk 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Diffusion Tensor Imaging A vizsgálat tárgya Az emberi agy fehérállománya Cél Az agy belső struktúrájának a vizualizációja (C++, OpenGL) Módszer Fiber tracking, amit White Matter Tractography-nak is hívnak (WMT) Feladat Elkészíteni a megjelenítendő adatokat a diffuzióval súlyozott MRI adatokból 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap Alapvető fogalmak Tract: olyan szálak együttese, amelyek azonos kiindulási és végződési ponttal rendelkeznek White Matter Tractography (WMT): a fehérállomány szálainak iránybecslésén alapul felhasználva a víz diffúziós tulajdonságát Anizotropikus diffúzió: az iránnyal változó diffúziós tulajdonság Diffúziós tenzor: egy másodrendű szimmetrikus tenzor, ami leírja az anizotropikus diffúziót 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap Diffúziós tenzor N irányban végrehajtott diffúzióval súlyozott mérésekből a következő mátrix egyenletet írhatjuk fel: ahol B az összes kódoló gradiens hatását tartalmazza, és A tartalmazza a megfelelő logaritmikus jelarányokat 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Az alkalmazott algoritmus Az algoritmus bemenete diffúzióval súlyozott képsorozat (25) egy alapkép 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap A kiértékelés Az egyes voxelekhez tartozó összes adatot egyszerre el lehet érni iterátorok használatával A voxelek adatait összegyűjtjük Amennyiben ez lehetséges, a gradienseket (B) kiszámoljuk, egyébként alapértékeket használunk Az A vektor komponenseit meghatározzuk A túlhatározott egyenletrendszert a legkisebb négyzetek módszerével oldjuk meg (ehhez a matematikai eszközöket a GSL függvényei biztosítják) A voxelenként kapott 6 értéket állományokba írjuk 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Az alkalmazott algoritmus Az algoritmus kimenete 6 állomány, amely tartalmazza a megfelelő tenzor elemeket az egyes voxelekhez Dzz Dxx Dyy Dxy Dxz Dyz 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap Diffúziós ellipszoid A diffúziós tenzor ortogonális vektorrendszert (x’, y’ és z’) határoz meg az egyes voxelek sajátvektorai alapján. A diffúziót egy ellipszoiddal ábrázolhatjuk, a főtengelyek hosszát a tenzor sajátértékeinek gyökei határozzák meg, az irányait pedig a tenzor sajátvektorai. 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Az előfeldolgozás eredménye 3 sajátérték  3 állomány λ1 λ2 λ3 3 sajátvektor  9 állomány E1x E1y E1z E2x E3y E3z E2z E2y E3x 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap 2017.04.04. A DTI kiterjesztése Összehasonlítási és kiindulási alapként a csapat implementálta a standard Fiber imaging algoritmusokat (pl.: Diffusion Tensor Imaging) Jelenleg a DTI javításán dolgozunk, különös tekintettel a szálak elágazásának és összefésülésének problémájára 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Ellipszoidos megjelenítés 2017.04.04. Ellipszoidos megjelenítés A DTI eredményének egy lehetséges vizualizációs módja 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Statikus szálmegjelenítés 2017.04.04. Statikus szálmegjelenítés Ennek a módszernek a részecskerendszeres animált fejlesztése indult el egy szakdolgozat keretén belül ebben a félévben. forrás: wikipedia.org 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap 2017.04.04. Kombinált módszer Azt tervezzük, hogy az elkészült ellipszoid és részecske rendszert tetszőleges állású vágósíkok segítségével kombináltan tudjuk megjeleníteni 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

9. Gyires Béla Informatikai Nap 2017.04.04. 3D irányítás 3D mouse - Connexion SpaceTraveler 6 szabadsági fokkal rendelkezik A meglévő egerünket egészíti ki 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap

Köszönjük a kitüntető figyelmüket! 2017.04.04. http://petdisk.atomki.hu/m3i Köszönjük a kitüntető figyelmüket! 2007. november 23. 9. Gyires Béla Informatikai Nap