M ÁRIALIGETI K ÁROLY G ENOMIKAI LABORATÓRIUM LÉTREHOZÁSA A B IOLÓGIAI I NTÉZETBEN Kedvezményezett: Eötvös Loránd Tudományegyetem 1053 Budapest, Egyetem.

Az előadások a következő témára: "M ÁRIALIGETI K ÁROLY G ENOMIKAI LABORATÓRIUM LÉTREHOZÁSA A B IOLÓGIAI I NTÉZETBEN Kedvezményezett: Eötvös Loránd Tudományegyetem 1053 Budapest, Egyetem."— Előadás másolata:

1 M ÁRIALIGETI K ÁROLY G ENOMIKAI LABORATÓRIUM LÉTREHOZÁSA A B IOLÓGIAI I NTÉZETBEN Kedvezményezett: Eötvös Loránd Tudományegyetem 1053 Budapest, Egyetem tér 1-3. Tel: 36 1 411-6500 www.elte.hu KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N

2 1953 J AMES D. W ATSON, F RANCIS C RICK : M OLECULAR STRUCTURE OF N UCLEIC A CIDS : A S TRUCTURE FOR D EOXYRIBOSE N UCLEIC A CID. N ATURE 171, 737-738, 1953. „T HIS STRUCTURE HAS NOVEL FEATURES WHICH ARE OF CONSIDERABLE BIOLOGICAL INTEREST.” Oswald T. Avery, Colin M. MacLeod, Maclyn McCarty 1944

3 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N 1977 F. S ANGER, S. N ICKLEN, A. R. C OULSON : DNA SEQUENCING WITH CHAIN - TERMINATING INHIBITORS. PNAS 74, 5463-5467, 1977. A. M. M AXAM, W. G ILBERT : A NEW METHOD FOR SEQUENCING DNA. PNAS 74, 560-564, 1977.

4 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N A PPLIED B IOSYSTEMS / L IFE T ECHNOLOGIES - P HARMACIA -A MERSHAM / GE H EALTHCARE 1986/87 - 1996/97 L AP / (384) KAPILLÁRIS GÉLELEKTROFORÉZIS, RADIOAKTÍV / FLUORESZCENS JELÖLÉS 900-1100 OLVASÁSI HOSSZ, 2,88 M BÁZIS / NAP A Z ELSŐ GENERÁCIÓ

5 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N 1995, 1 KAPILLÁRIS, 800 BÁZIS / ÓRA

6 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N A DATFELDOLGOZÁS E LSŐ GENERÁCIÓ N YERS EREDMÉNYEK ELLENŐRZÉSE I LLESZTÉS – ÖSSZERAKÁS A DATBÁZISBAN HOMOLÓGIA KERESÉS („ BLASZTOLÁS ”), ANNOTÁCIÓ E REDMÉNYEK ÉRTELMEZÉSE : TAXONÓMIA, FILOGENETIKA, GENOMLEÍRÁS …

7 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N

8 (WGA/ SHOTGUN SEQUENCING, METAGÉN / METAGENOM ELEMZÉS ) 2000: H UMÁN GENOM PROJEKT GENOMIKA

9 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N E REDMÉNYEK ‒ GENOMIKA, METAGENOMIKA, CÉLZOTT METAGENOMIKA ‒ TRANSZKRIPTOMIKA, METATRANSZKRIPTOMIKA ‒ EPIGENOMIKA, METILOMIKA ‒ INTERAKTOMIKA ‒ REZISZTOMIKA, TOXOMIKA ‒ ADAPTÁCIÓS GENOMIKA ‒ KIS RNS VILÁG ‒ SNP, INDEL BIOINFORMATIKA

10 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N A MÁSODIK GENERÁCIÓ ( ALAPOK : 1985-90, FORGALMAZÁS : 2005-2007) R OCHE : PIROSZEKVENÁLÁS ; (J UNIOR ) 35 M B /12 ÓRA, HOSSZ : ÁTLAG 400 BÁZIS (99% PONTOSSÁG ); 100 000 SHOTGUN

11 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N

12 A HARMADIK GENERÁCIÓ ( ALAPOK : 1985-, FORGALMAZÁS : 2010-) L IFE T ECHNOLOGIES : „ SEQUENCING BY SYNTHESIS + SEMICONDUCTOR ”; (I ON T ORRENT PGM) 10-100 M B /27 ÓRA, HOSSZ : ÁTLAG 2*200 BÁZIS (99% PONTOSSÁG )

13 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N

14

15 A DATFELDOLGOZÁS Ú J GENERÁCIÓ M ETAGENOM C SŐVEZETÉK – PIPELINE - ADATTÖMEG I LLESZTÉS – ÖSSZERAKÁS : GENOM ADATBÁZISOK (~700) - GENOMMÉRET A NNOTÁCIÓ („ BLASZTOLÁS ”) – GENOM SZINTEN – CLUSTER OF ORTOLOGOUS GENES E REDMÉNYEK ÉRTELMEZÉSE : ÖKOLÓGIA, GENOMLEÍRÁS … A DATBÁZISOK ÉPÍTÉSE ( VASON, FELHŐBEN …)

16 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N ‒ H UMÁN GENOM PROJEKT, 1000 EMBERI GENOM PROJEKT ‒ H UMÁN MIKROBIOM PROJEKT ( MÁSODIK EMBERI GENOM PROJEKT ) ‒ S ZEMÉLYI GENOMIKA, „ REAL - TIME ” BETEGELLÁTÁS ‒ P UBLIC HEALTH 2.0 ‒ B ARCODING THE LIFE ‒ A LTERNATÍV ENERGIAHORDOZÓK NYITOTT ARHITEKTÚRÁJÚ RENDSZER

17 KMOP-4.2.1/B-10-2011-0002 I NTERDISZCIPLINÁRIS, INNOVATÍV KUTATÁSI IRÁNYOK ÉS AZ IPARI KOOPERÁCIÓ INFRASTRUKTURÁLIS HÁTTERÉNEK FEJLESZTÉSE VALAMINT ÚJ OKTATÁSI TECHNOLÓGIÁK BEVEZETÉSE AZ ELTE- N K ÖSZÖNÖM A FIGYELMET !