Neuroszimulátorok tesztelése a DemoGrid rendszeren MTA KFKI Részecske- és Magfizikai Kutatóintézet Biofizikai Osztály

Az előadások a következő témára: "Neuroszimulátorok tesztelése a DemoGrid rendszeren MTA KFKI Részecske- és Magfizikai Kutatóintézet Biofizikai Osztály"— Előadás másolata:

1 Neuroszimulátorok tesztelése a DemoGrid rendszeren MTA KFKI Részecske- és Magfizikai Kutatóintézet Biofizikai Osztály http://www.rmki.kfki.hu/biofiz/cneuro Demogrid beszámoló

2 Neuroszimulátorok tesztelése a DemoGriden A statisztikus populációs szimulátor A hasonló neuronokat egy populációba gyûjtjük Egy populáció állapotát statisztikus módszerekkel írjuk le A populációk állapotának idõbeli változásait dinamikai egyenletekkel írjuk le A populációk kapcsolatban állhatnak egymással Párhuzamos szimulációs program: az egyes populációk dinamikáját különbözõ processzorok számolják Nagyléptékû szimulációkra alkalmas Példa: macska agykérgén a gátlás blokkolásával kiváltott epilepszia

3 Neuroszimulátorok tesztelése a DemoGriden Sztochasztikus Hodgkin-Huxley egyenletek A Hodgkin-Huxley egyenletek egy neuron standard modelljét adják Megvizsgáljuk, hogy az ioncsatornák zajos mûködése milyen hatással van a Hodgkin-Huxley neuron tüzelési mintázataira A szimulációt több paraméterérték mellett kell lefuttatni, az egyes futások eredményeit fel kell dolgozni, ezek a feladatok jól párhuzamosíthatók Feladatok: statisztikai jellemzõk számítása a több futásból: átlag, szórás, kurtózis, stb., hurst-exponens számolása, hisztogramm-készítés

4 Neuroszimulátorok tesztelése a DemoGriden PVM & Globus toolkit A populációs neuroszimulátor PVM könyvtárat használ PVM-G könyvtár: az üzeneteket PVM hívásokra illetve globus_io és globus_gram hívásokra fordítja A legfontosabb PVM hívásoknak megfelelõ függvényeket tartalmazza: pvm_mytid, pvm_parent, pvm_spawn, pvm_initsend, pvm_send, pvm_recv, pvm_pk*, pvm_upk*, pvm_perror, pvm_exit, pvm_kill Segítségével a PVM program Grid környezetbe átvihetõ

5 Neuroszimulátorok tesztelése a DemoGriden A param é tert é r felderít é se Gyakori, hogy egy szimulációt egy (vagy több) paraméter több értéke mellett is le kell futtatni Az egyes futások egymástól függetlenek, a folyamat jól párhuzamosítható Olyan eszközöket készítünk, amelyek segítségével ez Grid környezetben hatékonyan, automatikusan elvégezhetõ Ehhez a globus toolkit szolgáltatásait használjuk fel, az eszközök shell és/vagy perl scriptek lesznek Készítünk egy könyvtárat, amelyet a szimulátoraink használhatnak a paraméterek egységes kezeléséhez