Fehérjék 2 Simon István MTA Enzimológiai Intézet.

Az előadások a következő témára: "Fehérjék 2 Simon István MTA Enzimológiai Intézet."— Előadás másolata:

1 Fehérjék 2 Simon István MTA Enzimológiai Intézet

2 Amino acid composition of proteins

3 Chou-Fasman Paraméterek Aminosav P(a) P(b) Alanine 142 83 Arginine 98 93 Aspartic Acid 101 54 Asparagine 67 89 Cysteine 70 119 Glutamic Acid 151 037 Glutamine 111 110 Glycine 57 75 Histidine 100 87 Isoleucine 108 160 Leucine 121 130 Lysine 114 74 Methionine 145 105 Phenylalanine 113 138 Proline 57 55 Serine 77 75 Threonine 83 119 Tryptophan 108 137 Tyrosine 69 147 Valine 106 170

4 Másodlagos szerkezetet becslő módszerek pontossága

5 Aminosav helyettesítési mátrix

6 Diszulfid becslő potenciál

7

8

9

10 Szerin proteázok szekvenciáinak összehasonlítása

11 Aminosavak konzervativitása és eltemetettsége

12 http://manaslu.aecom.yu.edu/cysredox.html

13 Homológia meghatározása

14 Szerkezetbecslés homológia alapján

15 Pairwise energy calculated from structure

16 To take into account that the contribution of amino acid i depends on its interaction partners, we need a quadratic form in the amino acid composition The connection between composition and energy is encoded by the 20x20 energy predictor matrix: P ij Estimation of pairwise energies from amino acid compositions

17 Estimated energies correlate with calculated energies Corr coeff: 0.74