Az élő szervezet építőkövei: biogén molekulák

Az előadások a következő témára: "Az élő szervezet építőkövei: biogén molekulák"— Előadás másolata:

1 Az élő szervezet építőkövei: biogén molekulák
Fejszák Nóra Semmelweis Egyetem Humánmorfológiai és Fejlődésbiológiai Intézet Egészségügyi ügyvitelszervező szak

2 Referenciák Röhlich Pál: Szövettan, Semmelweis Kiadó- Budapest, 2006
Előadások letölthetők: → Humánmorfológiai és Fejlődésbiológiai Intézet→ Oktatás→ EÜINF Röhlich Pál: Szövettan, Semmelweis Kiadó- Budapest, 2006 Ádám Veronika: Orvosi biokémia, Semmelweis Kiadó Budapest, 1996 Bruce Alberts, et al.: Molecular Biology of the Cell, Garland Science, 2008

3 Definiciók Elem Atom – Neutron, Proton, Elektron, Atommag, Elektronfelhő Rendszám Tömegszám - Izotópok Kation, Anion Elektronegativitás Kovalens és ionos kötés Hidrogén-híd és Van der Waals kötés

4 Elektronegativítás

5 ●  Kovalens kötés Elsőrendű kémiai kötések
A kovalens kötés (elsőrendű kötés) atomok között egy vagy több közös elektronpárral kialakuló kapcsolat→stabil elektronszerkezet kialakítása

6 Poláros / Apoláros kovalens kötések
Apoláros (Hidrofób) Poláros (Hidrofil) Elektronegatvitás!!!

7 ●  Ionos kötés Elsődleges kémiai kötések
Az ionos kötés elsőrendű kémiai kötés, mely ellentétes töltésű ionokat tartalmazó anyagokban fordul elő. Az ionok közötti elektrosztatikus vonzás és taszítás szabályos szerkezetbe, ionrácsba rendezi az anyagot alkotó ionokat, melynek a rácspontjain szabályosan váltakozva kationok és anionok találhatók. Anion Kation

8 ●  Hidrogén-híd kötés Másodrendű kémiai kötések F; O; N
Feltételei: Nagy elektronegativitású Kis méretű atom Nem kötő elektronpár jelenléte Közvetlen kapcsolat H atommal F; O; N Kötés: F; O; N és egy H atom között

9 Van-der-Waals kölcsönhatás
 Másodrendű kémiai kötések ● Van-der-Waals kölcsönhatás Molekulán belüli töltés asszimetriából következik A dipolus molekula (A) elektromos megoszlást indukál az apolárosban (B)

10 Funkcionális csoportok I.
Képlet A vegyületcsoport neve Példa Alkohol Aldehid Keton Karbonsav

11 Funkcionális csoportok II.
Képlet A vegyületcsoport neve Példa Amin Tiol Organikus foszfát

12 Biológiai makromolekulák
ionok, kis molekulák foszfolipidek DNS RNS proteinek poliszacharidok

13 Makromolekulák I. FEHÉRJÉK

14 A fehérjék funkciói Struktúrfehérjék Raktározó fehérjék
Transzportfehérjék Hormonok Receptorfehérjék Kontraktilis fehérjék Immunfehérjék Enzimek

15 Fehérjék építőkövei  aminosavak amino csoport karboxil csoport
α szénatom oldallánc Az aminosavak két funkciós csoportot tartalmaznak: amino- és karboxil csoportot. Különböző méretű vagy töltésű oldalláncaik (R) eltérő kémiai tulajdonságot kölcsönöz nekik→csoportosításuk alapja β-aminosav γ-aminosav Az aminocsoport karboxilcsoporthoz viszonyított helyzete alapján: α, β, γ aminosavak GABA (γ-amino-vajsav)

16 ● Fehérjéink alkotásában résztvevő 20 aminosav oldallánc szerinti csoportosítása

17 ● Nem fehérje alkotó aminosavak

18 Fehérjén belüli kötés típusok I.
 Peptidkötés N-terminális C-terminális ● Az egyes aminosavak (As) peptid kötéssel kapcsolódnak egymáshoz. A kötés kialakításában az egyik As amino (-NH2) csoportja és a másik As karboxil (-COOH) csoportja vesz részt, közben vízkilépés történik. Az As-k összekapcsolódásával kialakuló molekulákat peptideknek nevezzük. ● A keletkező hosszú polipeptid lánc egyik végén mindig marad egy szabad amino- csoport→ ez lesz a fehérje N-terminálisa, a másik végén szabad karboxil- csoportal rendelkezik→ fehérjék C-terminálisa

19 Fehérjén belüli kötés típusok II.
 Diszulfid híd képződés ● A diszulfid kötés két cisztein tiol (–SH) csoportja között hidrogénleadás következtében alakul ki. ● A fehérjék magasabb rendű szerkezeteinek kialakításában van jelentős szerepe →polipeptid lánc térbeli szerkezetének rögzítése →több polipeptid lánc összekapcsolódása nagyobb molekulává

20 A fehérjék szerkezetének főbb szerveződési szintjei
 Elsődleges = aminosav sorrend  Másodlagos = hélix, lemez, hordó, (hajtű) kanyar, hurok Harmadlagos = a térbeli szerkezet  Negyedleges = fehérje komplexek  A szerveződési szintek viszonya egy fehérje szerkezetében: elsődleges szerkezet másodlagos szerkezet harmadlagos szerkezet negyedleges szerkezet aminosav oldalláncok sorrendje a polipeptid lánc térbeli elhelyezkedése alegységek térbeli elhelyezkedése α-helix Dia forrása: Dr. Venekei István ELTE Biokémia tanszék; (oktatási segédanyag, letöltve 2009)

21 Szerveződési szint Stabilizátor
Az egyes szerveződési szinteket stabilizáló kémiai kötések és kölcsönhatások Szerveződési szint Stabilizátor elsődleges másodlagos harmadlagos negyedleges peptidkötés hidrogén kötés hidrofób kölcsönhatások (diszulfid híd, hidrogén kötés, sókötés) diszulfid híd sókötés hidrofób kölcsönhatások hidrogén kötés Dia forrása: Dr. Venekei István ELTE Biokémia tanszék (oktatási segédanyag, letöltve 2009)

22 ● Másodlagos szerkezetek - főláncbeli atomok H-hidas
 Másodlagos szerkezetek - főláncbeli atomok H-hidas kölcsönhatás rendszere ● α hélix („lánc párhuzamos” H-kötések) Képzeletbeli, függőleges tengely mentén a polipeptid lánc helikális struktúrát alkot. A hélixet az egymást követő fordulataiban, egymás fölé kerülő N-H és C=O csoportjai közötti hidrogén-híd kötések stabilizálják. amino -terminális karboxi -terminális

23 ● β redő („lánc merőleges” H-kötések) Altípusok Antiparallel Parallel
A polipeptidláncok párhuzamosan rendeződnek egymás mellé és a szemközti N-H és C=O csoportok közötti hidrogén-híd kötéssel kapcsolódnak egymáshoz. C’ Altípusok N’ Antiparallel C’ N’ C’ N’ C’ N’ C’ A láncok ellentétes N-C terminális irányultságban rendeződnek egymás mellé. Parallel N’ N’ N’ C’ C’ C’ A láncok N-C terminális irányultsága megegyezik . N’ C’ N’

24 Harmadlagos szerkezet (Polipeptid lánc térbeli elhelyezkedése)
 ● fibrilláris globuláris ● Fibrilláris Globuláris A fehérje teljes polipeptid lánca egyféle másodlagos struktúrát tartalmaz (vagy α-hélix vagy β-redő ) A fehérje polipeptid lánca többféle másodlagos struktúrát tartalmaz ( α-hélix és β-redő ) hasnyálmirigy lipáz tropokollagén kollagén

25 Negyedleges szerkezet
 Fehérje komplexek alegység szerkezete Hem (Fe-protoporfirin IX) Hemoglobin Több polipeptidlánc meghatározott molekulává történő aggregációjakor keletkező struktúra.

26 A fehérjék 3D struktúrájához kapcsolódó funkcionális változások I.
● Folding Natív konformáció ● Azt a folyamatot, amely során a fehérje feltekeredik vagyis felveszi három dimenziós térbeli szerkezetét folding-nak nevezzük. A folding során a polipeptidláncban egymástól távol álló aminosavak kapcsolatba kerülnek egymással, létrehozva a fehérje működőképes konformációját. A fehérjék háromdimenziós, specifikus funkcióra alkalmas formáját natív konformációnak nevezzük.

27 A fehérjék 3D struktúrájához kapcsolódó funkcionális változások II.
● Denaturálás Külső káros hatás (például melegítés) által kiváltott konformáció-változás, mely funkcióvesztéssel jár. Denaturáció során másodlagos, harmadlagos és negyedleges szerkezet károsodhat és a folyamat következtében a fehérje oldékonysága is csökken. Lehet reverzibilis (funkció visszanyerése lehetséges) és irreverzibilis (funkció visszanyerése nem lehetséges).

28 Enzimek

29 Enzimek = biológiai katalizátorok
Önmagukban igen lassan végbemenő reakciók időbeli meggyorsításához katalízisre van szükség. A katalízist az enzimek végzik szubsztrát aktív hely Enzim és szubsztrátja Oldószer által hozzáférhető felszín Sematikus ábra Kofaktorok („kiegészítők”) segít, amikor a enzim önmagában (apoenzim) nem elég  Fémionok: Cu2+ (citokróm oxidáz); Fe2+ vagy Fe3+ (peroxidáz); Mg2+ (piruvát kináz); Zn2+ (szénsavanhidráz)  Szerves molekulák (koenzimek): biotin; nikotinamid adenin dinukleotid (NAD); flavin adenin dinukleotid (FAD); Koemzim A (Holoenzim= fehérje+kofaktor)

30 Az enzimkatalízis energetikája - a reakciógyorsítás értelmezése
Egyszerű mechanizmus (= egy-szubsztrátos reakció) sémája: E + S  ES → (ES)* → EP → E + P (S*) Energia gát csökkentés! Reakciógyorsítás Mechanisztikus magyarázata:  az átmeneti állapot stabilizálása (= az enzim komplementer az átmeneti állapotú szubsztrát konformációjával és töltéseloszlásával)  Kinetikai magyarázata E+S ● Kedvező orientáció biztosítása Lokális „koncentráció” növelése ● Forrás: Ádám Veronika Orvosi biokémia (Semmelweis kiadó 1996) ábra ∆G: szabad energia változás ES = alapállapotú enzim-szubsztrát komplex (S)* = átmeneti állapotú (transitional state) szubsztrát ES2* = átmenti állapotú (transitional state) enzim-szubsztrát komplex P = (alapállapotú) termék

31 Enzimspecifikusság Szubsztrát-specifikusság: - vegyület
- funkcionális csoport Reakció-specifikusság: - Oxidoreduktázok - Transzferázok - Hidrolázok - Izomerázok - Ligázok

32 Makromolekulák II. Lipidek

33 Telítetlen zsírsavak (láncon belüli kettős kötések)
Zsírszerű vegyületek építőkövei  Zsírsavak (egy szénhidrogénláncból és egy terminális karboxilcsoportból állnak) Telített zsírsavak szén szerkezet hivatalos név általános név váz 12:0 CH3(CH2)10COOH n-dodekánsav laurinsav 14:0 CH3(CH2)10COOH n-tetradekánsav mirisztinsav 16:0 CH3(CH2)10COOH n-hexadekánsav palmitinsav 18:0 CH3(CH2)10COOH n-oktadekánsav sztearinsav 20:0 CH3(CH2)10COOH n-eikozánsav arahidinsav szén szerkezet hivatalos név általános név 18:1(Δ9) CH3(CH2)7CH=CH(CH2)7COOH cis-9-oktadekaénsav olajsav 18:2(Δ9,12) CH3(CH2)4CH=CHCH2CH=CH(CH2)7COOH cis,cis-9,12-oktadekadiénsav linólsav 18:3(Δ9,12,15) CH3CH2CH=CHCH2CH=CHCH2CH=CH cis,cis,cis-9,12,15-oktadekatriénsav linolénsav -(CH2)7COOH 20:4(Δ5,8,11,14) CH3(CH2)4CH=CHCH2CH=CHCH2CH=CH- cis,cis,cis,cis-5,8,11,14-eikozatetrénsav arahidonsav -CH2CH=CH(CH2)3COOH Telítetlen zsírsavak (láncon belüli kettős kötések) Dia forrása: Dr. Venekei István ELTE Biokémia tanszék (oktatási segédanyag, letöltve 2009)

34 ●  Zsírok (= összetett zsírsav származékok)
a zsírok főbb csoportjai és szintézisük szerepe különböző élőlényekben vagy serin vagy etanolamin Dia forrása: Dr. Venekei István ELTE Biokémia tanszék (oktatási segédanyag, letöltve 2009)

35 ● Triglicerid ● ● ● Zsírsav (palmitinsav) glicerin triglicerid
Glicerin vázhoz 3 zsírsav lánc kapcsolódik észter kötéssel (zsírsav lánc karboxil csoportja és a glicerin hidroxil csoportjai között vízkilépéssel járó kovalens kapcsolat) Zsírsav (palmitinsav) Kondenzáció glicerin ● Észter-kötés Energia raktározás (a 3 zsírsavlánc lebontása ATP szintézisére fordítódik) ● Szintézis: fehér zsírsejt, bélhám sejt, májsejt triglicerid

36 „Energia termelés” aminosavak hexózok, pentózok zsírsavak, glicerin
ATP ADP + Pi piruvát Acetyl-CoA Citrát kör Terminális oxidáció

37 Foszfolipid kettős réteg vagy membrán két hidrofób zsírsav lánc
● Foszfolipidek Foszfolipid kettős réteg vagy membrán kolin H2O hidrofil fej foszfát glicerin H2O Hidrofil „fej” vizes közeg felé, a hidrofób végek egymás felé állnak→ sejtek esetében külső és belső vizes fázis elhatárolása→ szabályozott transzport folyamatok kivitelezése két hidrofób zsírsav lánc Micella H2O

38 ● ● ● ●  Koleszterin és származékai Szteroid hormonok képződése:
Koleszterinből képződnek: Szteroid hormonok Epesavak D3 vitamin ● ● ● Ciklopentanoperhidrofenantrén váz D3 vitamin ● Szteroid hormonok képződése: kolesztánok (C27) koleszterin pregnánok (C21) progeszteron, aldoszteron androsztánok (C19) androszteron, tesztoszteron ösztránok (C18) ösztron, ösztradiol

39 Makromolekulák III. SZÉNHIDRÁTOK

40 Monoszacharidok (egyszerű cukrok)
Építőkövei: Monoszacharidok (egyszerű cukrok)  TRIÓZ 3 szénatom PENTÓZ 5 szénatom HEXÓZ 6 szénatom ALDÓZ glicerinaldehid ribóz glükóz galaktóz KETÓZ dihidroxiaceton ribulóz fruktóz

41 A monoszacharidok vizes közegben gyűrűvé záródhatnak.
 Gyűrűvé záródás ● 5. C atom hidroxyl csoportja és a formilcsoport között kötés ● Azt a szénatomot, amelyiken a gyűrűvé záródás történik: glikozidos szénatomnak nevezzük. A monoszacharidok vizes közegben gyűrűvé záródhatnak.  Anomerek glikozidos szénatom Glikozidos hidroxilcsoport kétféle térállása: glikozidos hidroxilcsoport α hidroxil β hidroxil Egymásba történő átalakulás lehetséges.

42  Dezoxicukrok β- Ribóz β-2-Dezoxi-ribóz A 2-es szénatomhoz hidroxil csoport kapcsolódik A 2-es szénatomhoz hidrogén atom kapcsolódik

43 Diszacharidok Monoszacharid → Diszacharid → Oligoszacharid → Poliszacharid glükóz maltóz glükóz glükóz fruktóz szacharóz Diszacharid: két monoszacharid glikozidos hidroxil csoportja lép reakcióba→ glikozidos kötés alakul ki vízkilépés során glükóz galaktóz laktóz

44 ● ● Poliszacharidok  Energia raktározók: keményítő, glikogén
„Merevítők”: cellulóz, kitin ● Keményítő: növényi amilózból (el nem ágazó láncú) és amilopektinből (elágazó láncú) áll Amilóz Amilopektin Keményítő: α-glükóz, 1,4- és 1,6-glikozidos kötések ● Glikogén: állati máj, izomsejtekben Glikogén: α-glükóz, 1,4- és 1,6-glikozidos kötések

45 Makromolekulák IV. Nukleinsavak

46 Citozin-5’-monofoszfát
Az építőkövek: nukleotidok  bázis foszfát Cukor + N-tartalmú bázis + foszfát 5’ Nukleozid 4’ 1’ N-glikozidos kötés 3’ 2’ Nukleotid észter-kötés cukor Citozin-5’-monofoszfát

47 Nukleotidok felépítése: cukrok
5’ 5’ 1’ 1’ 4’ 4’ 2’ 2’ 3’ 3’ β- ribóz (RNS) β-2-dezoxi-ribóz (DNS)

48 Nukleotidok felépítése: bázisok
Csoportosítás: purin vázas vagy pirimidin vázas Purinok Pirimidinek Citozin Timin (DNA) Adenin Guanin Uracil (RNA)

49 ● ● Polimer szerkezetek Cukor-foszfát váz bázisok 5’ vég 
Elsődleges szerkezet: bázissorrend határozza meg Foszfodiészter kötés (5’-3’) Polimer polaritás:(5’ végen szabad foszfát csoport; 3’ végen szabad hidroxil csoport)  Polimer fajták DNS RNS Foszfodiészter-kötés ● ● nukleotid 3’ vég

50 ● DNS - - A T G C Nukleotidok: A, T, C, G (β-2-dezoxi-ribóz) +
5’ vég H-kötés 3’ vég Másodlagos szerkezet: kettőshélix Komplementaritás H-kötés A T G C Antiparalell lefutás 3’ vég Töltésszendvics 5’ vég Lineáris vagy körkörös Szemikonzervatív

51 ● RNS Nukleotidok: A, U, G, C (β-ribóz)
Fajtái: mRNS, tRNS, rRNS, snRNS Negatív töltés Szimpla szál Lineáris (de hurokképzés lehetséges) Polarizált (3’- és 5’-végek)

52 Néhány fontos nukleotid
● Néhány fontos nukleotid Adenozin-trifoszfát (ATP) Ciklikus adenozin-monofoszfát (cAMP) Nikotinamid-adenin-dinukleotid (NAD) Funkciók: másodlagos messenger intracelluláris szignál transzdukciókban kémiai energia „hordozó” szignál transzdukció (jelátvitel)→szubsztrát red ox mitokondrium