AFRIKAI HARCSA GENOM PROJECT Kovács Balázs 1, Barta Endre 2, Pongor Lőrinc 3, Uri Csilla 1, Keszte Szilvia 1, Patócs Attila 3, Müller Tamás 1, Orbán László.

Az előadások a következő témára: "AFRIKAI HARCSA GENOM PROJECT Kovács Balázs 1, Barta Endre 2, Pongor Lőrinc 3, Uri Csilla 1, Keszte Szilvia 1, Patócs Attila 3, Müller Tamás 1, Orbán László."— Előadás másolata:

1 AFRIKAI HARCSA GENOM PROJECT Kovács Balázs 1, Barta Endre 2, Pongor Lőrinc 3, Uri Csilla 1, Keszte Szilvia 1, Patócs Attila 3, Müller Tamás 1, Orbán László 4, Urbányi Béla 1 1 Szent István Egyetem, Mezőgazdaság- és Környezettudományi Kar, Akvakultúra és Környezetbiztonsági Intézet, Halgazdálkodási Tanszék, Gödöllő 2 NAIK Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, Mezőgazdasági Genomika és Bioinformatika Csoport, Gödöllő 3 MTA-SE Molekuláris Medicina Kutatócsoport,Semmelweis Egyetem, Budapest 4 Reproductive Genomics Group, Temasek Life Sciences Laboratory, Singapore

2

3

4 Afrikai harcsa termelés Növekvő termelés Több mint 29 országban tenyésztik(FAO) Magyarországon a második legnagyobb mennyiségben előállított hal

5 Main producer countries of Clarias gariepinus (FAOFisheryStatistics,2006) Több mint 29 ország

6 Triplex Duplex PCR alapú teszteljárás

7 FISH CgaY1próbával

8 Taxonómiai elterjedés vizsgálata

9

10 Az ivarspecifikus markerek alkalmazása a fenotípusos ivar előrejelzésére 179utód ikrástejes szövettan PCR alapú szexálás nőstények hímek petefészek here Elvékonyított kenetek acetocarmin festés követően

11 Genom információk Egy egyed (hím) 2n=56 C-érték: 1.20 pg (Animal Genome Size Database) Számított genom méret: 1173 Mb (Okonkwoand Obiakor;2010)

12 Genom szekvenálás MatePairPaired-Endösszesen Iszert méret (bp)5000350-550 Leolvasások száma (db) 430208098281447634711 655 732 Leolvasások hossza (bp) 100 takarás36,6623,9860,64 Illumina Highseq 2000

13 Adat feldolgozás Nemzeti Információs Infrastruktúra Fejlesztési (NIIF) Program Szekvencia minőség vizsgálat:Trimmomatic Az adataok 89% - a használható A szekvencia összeillesztése (De Novo Genome Assembly): – SOAPdenovo – Allpaths-lg – Minia

14 A szekvencia összeillesztések eredménye SOAPdenovoAllpaths-lgMinia contigs1 825 96812 76626 52 684 Largest contig953317545339163814 Total length1 162 594 395939 385 245698 425 129 GC(%)38,3738,2337,99 N5049 277600 21910 176 #N'sper100kbp28 709,1226 954,321 9473,97

15 Szekvencia Illesztés

16 Ivari markerek a szekvenciában Mind két markert megtalálható – CgaY1 6Kb Contig – CgaY2 44kb contig

17 NameStartStopLengthStrand tRNA Phe 169 H 12S rRNA701021952H tRNA Val 1022109372H 16S rRNA109427691676H tRNA Leu 2768284275H ND128463811966H tRNA Ile 3823389472H tRNA Gln 3894396471L tRNA Met 3964403370H ND2403450711038H tRNA Trp 5079514971H tRNA Ala 5153522169L tRNA Asn 5223529573L tRNA Cys 5327539367L tRNA Tyr 5405547470L COX1548270171536H tRNA Ser 7027709771L tRNA Asp 7102717473H COX271897872684H tRNA Lys 7880795374H NameStartStopLengthStrand ATP879558119165H ATP681138793681H COX387969578783H tRNA Gly 9609968173H ND3968210029348H tRNA Arg 100311009969H NAD4L1010010393294H NAD410390117631374H tRNA His 117711184070H tRNA Ser 118411190666H tRNA Leu 119091198173H NAD511991137961806H NAD61380814323516L tRNA Glu 143241439269L Cyt b14394155211128H tRNA Thr 155321560473H tRNA Pro 156031567270L A mitokondriális DNS annotálása 16 543 bp 37 gén MITOS- szoftver

18 Clariidae és Siluridei Uniprot szekvenciák genom illesztése

19 Összefoglalás MatePair és Paired-End genomi könyvtárak Genom szekvencia adatok 60x lefedettséggel Mitokondriális genom (16 537bp, 37 gén) ~ 5460 db gén előzetes illesztése Folytatás Újabb hosszú Inzert (large insert) genomi könyvtár és Teljes Transzkriptóma szekvenálás

20 Köszönetnyilvánítás A kutatást az OTKA 105393 és a Nemzeti Kíválóság Program 8526- 5/2014/TUDPOL azonosító számú pályázata támogatja.