Válogatott fejezetek mikrobiológiából

Slides:



Advertisements
Hasonló előadás
Összetett kísérleti tervek és kiértékelésük:
Advertisements

Mi az a mikroorganizmus?
Ent 547: Fundamentals of Biological Control
1-2.óra: Bevezetés a biológiába
Összetett kísérleti tervek és kiértékelésük
5-6. óra: Prokarióták, baktériumok
ACTINOMYCES NEMZETSÉG
Elektroforézis Általában agaróz a hordozó
1 Matematika oktatás mérnök és műszaki informatikai képzésekben Ráckeve, március 2-4. Moson Péter, BME, Matematika Intézet Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi.
A muraminsav (muramic acid) Készítette: Bolla Zsuzsanna Környezetmérnök MSc.
DNS replikáció DNS RNS Fehérje
A glioxilát ciklus.
Antibiotikumok kimutatása a talajból
Az intergénikus régiók és a genom architektúrájának kapcsolata Craig E Nelson, Bradley M Hersh és Sean B Carrol (Genome Biology 2004, 5:R25) Bihari Péter.
Genome2D: bakteriális transzkriptóma megjelenítését szolgáló eszköz (szoftver) Csernetics Árpád Bioinformatika SZIT ápr. 18.
II. divízió: Firmicutes (Gram-pozitív baktériumok)
I. divízió: Gradlicutes (Gram-negatív baktériumok)
III. Divízió: Tenericutes
A földhasználat és a területi versenyképesség főbb közgazdasági összefüggései Előadó: Kollár Kitti doktorjelölt, tanszéki mérnök Komárno november.
Varianciaanalízis 12. gyakorlat.
Gram-negatív fakultatív anaerob pálcák (Enterobacteriaceae)
Vezikuláris transzport
Többszörös regresszió I. Többszörös lineáris regresszió
Többszörös regresszió I. Többszörös lineáris regresszió miért elengedhetetlen a többszörös regressziós számítás? a többszörös regressziós számítások fajtái.
Növények országa. Moszatok törzsei.
Az élőlények rendszerezése
Nyáriné dr Aleksza Magdolna
FERMENTÁCIÓS RENDSZEREK LEVEGŐELLÁTÁSA
A.)Termékképzéshez egyszerre több különböző szubsztrát kell, hexokináz glükóz + (Mg)ATPGlükóz-6-foszfát + (Mg)ADP foszforilezés két termék B.) A másik.
Egészségügyi mérnököknek 2010
MEGÚJULÓ ENERGIAFORRÁSOK BIOMASSZA
A növények lebontó folyamatai: Az erjedés és a légzés
A baktériumok törzse.
A vírusok törzse.
Nukleotid típusú vegyületek
A gombák.
A baktériumok.
A villamos jel analízis módszer alkalmazása forgó gépek energetikai és diagnosztikai vizsgálata céljából Gyökér Gyula okl. vill. mérnök.
Meglévő ASP.NET 2.0 alkalmazás kiegészítése AJAX-szal
ELŐNYÖK ÉS LIMITÁCIÓK MOLEKULÁRIS MIKROBIOLÓGIAI VIZSGÁLATI MÓDSZEREK ALKALMAZHATÓSÁGA A BIOREMEDIÁCIÓBAN Balázs Margit.
SPIROCHAETALES REND
Biosz=élet Botanika- Zoológia- Antropológia- Szisztematika- Ökológia-
A gombák.
A légzés fogalma és jelentősége
Anaerob szervesanyag bontás
Bioenergiák: biodiesel, alga olaj
Globális ökológia - a bioszféra ökológiája Kertész Miklós, Vida Gábor
Hibaterjedés-analízis
Azok akik nem állatok és nem növények, különcök
Az élővilág főbb csoportjai, mikroorganizmusok
A növények országa Az egyszerűbbek.
VÉGTELEN VÁLTOZATOSSÁG
EGY KIS ISMÉTLÉS MI A PROKARIÓTÁK JELENTŐSÉGE A MINDENNAPI ÉLETBEN?
Intelligens iszappelyhek nanotechnológiai konstrukciója és alkalmazása – nem hagyományos módszerek a biológiai szennyvíztisztításban IASON Dr. Fleit Ernő,
MOSZATOK.
Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Elektronikus Eszközök Tanszéke Minőségbiztosítás a mikroelektronikában A monolit technika.
Összehasonlító környezet- mikrobiológiai vizsgálatok a Böddi-szék vizében egy alga tömegprodukció idején Czeibert Katalin Témavezető: Dr. Borsodi Andrea.
Honalapító őseink genetikai öröksége Kristóf Zoltán, 2013.
Az élet legegyszerűbb megnyilvánulása: prokarióta sejtek eredete, típusai, felépítése A mindenhol jelenlevő sejtek.
30. Lecke Az anyagcsere általános jellemzői
Baktériumok.
Felépítő folyamatok kiegészítés
A rendszertan alapjai.
BMEVEMBA401 Mikrobiológia II.
Molekuláris biológiai módszerek
BMEVEMKAKM3; BMEVEMBAKM3
Válogatott fejezetek sejtbiológiából („VFSB”, BSc, biomérnök)
SPIROCHAETALES REND
BMEVEMBA401 Mikrobiológia II.
Antibiotikumok kimutatása a talajból
Előadás másolata:

Válogatott fejezetek mikrobiológiából Dr. Tardy Gábor, Dr. Sveiczer Ákos BUDAPESTI MŰSZAKI ÉS GAZDASÁGTUDOMÁNYI EGYETEM Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudományi Tanszék Válogatott fejezetek mikrobiológiából

Tantárgyprogram A baktériumok filogenetikai módszeren nyugvó taxonómiája a Bergey's Manual of Systematic Bacteriology alapján. Élesztőgombák növekedésének vizsgálata és sejtciklusának modellezése Az orvosi mikrobiológia Nobel-díjasai Elektron transzport lánc működése oxigén és nitrát terminális elektron akceptorokkal Exoelektrogén baktériumok metabolizmusa és felhasználásuk elektromos energia termelésére

DNS hibridizáció Extrakció Melegítés → egyszálú DNS Repetitív szekvenciák hibridizációja és kiszűrése Maradék szekvenciák jelölése Hibridizáltatás saját DNSsel ill. az összehasonlítandó faj DNSével. ∆Tm alapján következtetés a homológia fokára

16S rRNS

DNS hasonlóság magasabbrendű élőlényekben 98,4% 78% Az emberhez (Homo sapiens) viszonyítva

Polifázikus taxonómia

Polifázikus taxonómia

Filogenetikai törzsfa

A távolságmátrix B12 B12 B12 B12 B13 B4 B2

Törzsfa és dendrogram

Neighbor-joining

Főkomponens analízis x y z pc1 pc2

Főkomponens analízis - 16SrDNS 4502 minta hossz > 1350 184 referencia törzs

Fenotípusos csoportok vs. Phylumok Termofil, hipertermofil G- aerob, mikroaerofil pálcák, kokkuszok Anaerob G- egyenes, görbült és helikális pálcák Firmicutes Proteobacteria Actinobacteria Bacteroidetes

Fenotípusos csoportok vs. Phylumok

A prokarióták főbb csoportjai

A prokarióták főbb csoportjai

Alternatív filogenetikai markerek Követelmények: Minden vizsgált fajban előforduljon Funkciója konstans maradjon Megfelelő mennyiségű információt szolgáltasson Legyen róla adatbázis COGs (Clusters of Orthologous Groups) 16SrRNS, 23SrRNS, DNS függő RNS polimeráz, elongációs faktor, protonpumpa

16SrRNS vs. 23SrRns - törzsfa

Protonpumpa - törzsfa

A1. Crenarchaeota (1o3r) Jellemzően termofil, hipertermofil acidofil kén oxidálók Morfológiailag változatosak Sulfolobus (nemzetség) obligát aerob kemolitotróf – elemi kén oxidálás kemoorganotróf anyagcsere is termofil, acidofil

A1. Crenarchaeota (1o3r)

A2. Euryarchaeota (7o) 5 nagyobb fiziológiai csoport Metanogén ősbaktériumok Szulfátreduáló ősbaktériumok Halofil ősbaktériumok Sejtfal nélküli ősbaktériumok Termoacidofil ősbaktériumok

A2. Euryarchaeota (7o)

B1. Aquificae (1o1r) A valódi baktériumok legkorábban elágazó (deeply branching csoportja) G- spórátlan pálca Hydrogenobacter „durranógáz baktériumok”

B1. Aquificae (1o1r)

B4. Deinococcus-Thermus (1o2r) Aquifica-hez hasonlóan korán divergáló csoport Thermus – G- aerob pálca Deinococcus – G+ kokkusz

B6. Chloroflexi (1o2r) G- fonálképző baktériumok Nincs lipopoliszacharid dús külső membrán Csúszó mozgás Chloroflexales – zöld nemkén (van bakterioklorofill és karotenoid is) Herpetosiphonales (csak karotenoid van)

B10. Cyanobacteria (1o5asz) A nomenklatúra inkább a botanikában szokásos módszert követi, mint a bakteriológiait G- egysejtes, telepes, fonalas fajok komplex morfológiával és életciklussal Minden faj képes fotoautotrófiára

B10. Cyanobacteria (1o5asz)

B11. Chlorobi (1o1r) Tipikusan anaerób, fotoautotróf „Zöld kénbaktériumok” (Gram negatívok) Sejten kívülre választják ki az elemi ként

B12. Proteobacteria (6o>30r) Több, mint 1300 faj, közel 400 nemzetség Legnagyobb filogenetikusan koherens csoport G- baktériumok Az összes metabolizmus típus megtalálható benne

B12. Proteobacteria (6o>30r)

B12.1 Alphaproteobacteria Fontosabb rendek: Rhodospirillales Rhizobiales Rickettsiales Caulobacterales

B12.2 Betaproteobacteria Fontosabb rendek: Neisseriales Nitrosomonadales

B12.3 Gammaproteobacteria Fontosabb rendek: Pseudomonadales Xanthomonadales Legionellales Chromatiales Enterobacteriales

B12.4 Deltaproteobacteria Fontosabb rendek: Desulfovibrionales Bdellovibrionales

B12.5 Epsilonproteobacteria Fontosabb rendek: Campylobacterales

B13. Firmicutes (3o8r) Korábbi divízió nevét kapta Alacsony G+C arányú G+ baktériumok Fenotípusosan igen változatos nemzetségek

B13. Firmicutes (3o8r)

B13. Firmicutes (3o8r)

B14. Actinobacteria (2o14ao) Magas G+C arányú G+ baktériumok Jelentős részük micélium/hifa képző Talajbaktériumok Antibiotikum termelésben jelentősek

B14. Actinobacteria (2o14ao)

B16. Chlamidiae (1o1r) Obligát intracelluláris paraziták Emlősök és madarak sejtjeinek membrán határolt vakuólumaiban szaporodnak Sejtfaluk nem tartalmaz muraminsavat

B16. Chlamidiae (1o1r)

B17. Spirochaetes (1o1r) Gram negatív, kemoheterotróf Helikális Flexibilis sejtek, endoflagellummal

B17. Spirochaetes (1o1r)

B20. Bacteroidetes (3o3r) Chlorobi phylummal közös gyökér Fenotípusosan igen változatos

B20. Bacteroidetes (1o1r)