Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások bevezetés Párosítsuk a gélfotóra felvitt mintákat a megfelelő olvadáspontú termékekkel!

Az előadások a következő témára: "Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások bevezetés Párosítsuk a gélfotóra felvitt mintákat a megfelelő olvadáspontú termékekkel!"— Előadás másolata:

1

2 Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások bevezetés Párosítsuk a gélfotóra felvitt mintákat a megfelelő olvadáspontú termékekkel!

3 Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások bevezetés Párosítsuk a gélfotóra felvitt mintákat a megfelelő olvadáspontú termékekkel! 2 3 4 5 6

4 Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások bevezetés Ha a vizsgálat tárgya egy STR sorozat volt, mit mondhatunk el az egyes mintákról? (genotípus) 2 3 4 5 6

5 Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások bevezetés Az STR-nek 2-típusa fordul elő az 5 vizsgált egyénben 2-es, 6-os: homozigóta, sokszor ismétlődik 3-as, 4-es: heterozigóta 5-ös: homozigóta, kevés ismétlődés 2 3 4 5 6

6 Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások II. pontmutáció detektálása 3 páciens „A” gén expressziójának vizsgálata Mire következtethetünk az olvadáspont analízisből?

7 Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások I. pontmutáció detektálása 3 páciens „A” gén expressziójának vizsgálata Mire következtethetünk az olvadáspont analízisből? 3 genotípus

8 Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások I. pontmutáció detektálása 3 páciens „A” gén expressziójának vizsgálata Mire következtethetünk az olvadáspont analízisből? 3 genotípus Homozogóta vad típus

9 Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások I. pontmutáció detektálása 3 páciens „A” gén expressziójának vizsgálata Mire következtethetünk az olvadáspont analízisből? 3 genotípus Homozogóta vad típus Heterozigóta

10 Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások pontmutáció detektálása 3 páciens „A” gén expressziójának vizsgálata vizsgálata Mire következtethetünk az olvadáspont analízisből? 3 genotípus Homozogóta vad típus Heterozigóta Homozogóta mutáns

11 Mit mondhatunk a betegség és a génexpresszió viszonyáról? Egészséges Beteg

12 Az adott génről képződő mRNS kópiaszám jelentősen lecsökken a betegekben. -> Kópiaszám meghatározás Egészséges Beteg

13 Háttérfluoreszcencia? Log-lineár fázis? Egészséges Beteg

14 Egészséges Beteg

15 Küszöbfluoreszcencia beállítása (Threshold) Egészséges Beteg

16 Egészséges Beteg

17 Ct értékek megállapítása Egészséges Beteg

18 Egészséges Beteg

19 Egészséges: 21 Beteg: 31 ∆Ct=2 (Ctb-Cte) Egészséges Beteg

20 DNS chipek használata génexpresszió változása az időben v ABCDABCD 0h 2h 4h 6h 8h 10h Mit állapíthatunk meg?

21 DNS chipek használata génexpresszió változása az időben v ABCDABCD 0h 2h 4h 6h 8h 10h A gén folyamatosan, állandó szinten expresszálódik, B gén csökkenő mértékben, C növekszik, D adott sejttípusban nem fejeződik ki

22 Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Gén neve 0h2h4h6h8h12h Q123432 S134432 T123432 V468642 Q és T gének minden időpontban ugyanazt az értéket veszik fel, egyértelmű a transzkripciós válaszaik közti hasonlóság. Mi a helyzet az S és V génekkel?

23 Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Gén neve 0h2h4h6h8h12h Q123432 S134432 T123432 V468642 Megoldás: Pearson-féle korreláció Azt számszerűsíti, hogy két gén expressziós mintázata milyen mértékben emelkedik, vagy csökken együttesen.

24 Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Gén neve 0h2h4h6h8h12h Q123432 S134432 T123432 V468642 Megoldás: Pearson-féle korreláció Azt számszerűsíti, hogy két gén expressziós mintázata milyen mértékben emelkedik, vagy csökken együttesen. =1: teljesen együtt mozognak =-1: teljesen együtt mozognak, de ellenkező irányba 0: a 2 gén expressziós változása nem esik egybe

25 Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Gén neve 0h2h4h6h8h12h Q123432 S134432 T123432 V468642 Q és S gének összehasonlítása: 1: átlag és szórás kiszámítása mindkét génre Xs=2,83S S =1,067 Xq= 2,5 Sq= 0,957

26 Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Gén neve 0h2h4h6h8h12h Q123432 S134432 T123432 V468642 Q és S gének összehasonlítása: 2: S és Q sorok értékeiből kivonni az átlagukat és osztani a szórással: Snorm: -1,7; 0,16; 1,1; 1,1; 0,16; -0,5 Qnorm: -1,5; -0,5; 0,5; 1,5; 0,5; -0,5

27 Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Gén neve 0h2h4h6h8h12h Q123432 S134432 T123432 V468642 Q és S gének összehasonlítása: Q1-et S1-el, Q2-t S2-vel, stb összeszorozni, a szorzatokat összeadni, majd elosztani az elemszámmal (6).

28 Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Gén neve 0h2h4h6h8h12h Q123432 S134432 T123432 V468642 Q és S gének összehasonlítása: Végeredmény: ρ(Q,S)=0,897

29 Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Gén neve 0h2h4h6h8h12h Q123432 S134432 T123432 V468642 Végezzétek el otthon ugyanezt a T és V génekkel Ρ (T,V)= -1