Ritka események szimulációja - Transition Path Sampling NYME TTK Kémia és Környezettudományi Tanszék 9700 Szombathely, Károlyi Gáspár tér 4. Borzsák István.

Az előadások a következő témára: "Ritka események szimulációja - Transition Path Sampling NYME TTK Kémia és Környezettudományi Tanszék 9700 Szombathely, Károlyi Gáspár tér 4. Borzsák István."— Előadás másolata:

1 Ritka események szimulációja - Transition Path Sampling NYME TTK Kémia és Környezettudományi Tanszék 9700 Szombathely, Károlyi Gáspár tér 4. Borzsák István Szabadenergia workshop Mátrafüred, 2011. október 22. borzsak@iif.hu

2 Tartalom  Motiváció  A TPS módszer – Alapjai – Megoldási technikák – Alkalmazási példák  Összegzés, kitekintés

3 Motiváció - átmeneti út letapogatás

4 www.science.uva.nl/~bolhuis/tps/home.html

5 Az első cikkek The articles that started it all C. Dellago, P. Bolhuis, F. S. Csajka, and D. Chandler, "Transition Path Sampling and the Calculation of Rate Constants", J. Chem. Phys., 108, 1964 (1998). P. Bolhuis, C. Dellago and D. Chandler, "Sampling ensembles of deterministic transition pathways", Faraday Discussion, 110 (1998). C. Dellago, P. Bolhuis, and D. Chandler, "Efficient Transition Path Sampling: Applications to Lennard-Jones cluster rearrangements", J. Chem. Phys., 108, 9236 (1998). C. Dellago, P. G. Bolhuis and D. Chandler, "On the calculation of rate constants in the transition path ensemble," J. Chem. Phys. 110, 6617 (1999). [PDF]

6 TPE - átmeneti út sokaság A rendszer (meta)stabil A-ban és B-ben determinisztikus vagy sztochasztikus mozgásegyenletek vezérlik általában A-ban vagy B-ben van, néha átmenettel nincs hosszúéletű metastabil állapot A és B között ismeretlen és rögös (szabad)energiagát

7 Rendparaméter és reakciókoordináta

8 Monte Carlo a trajektória térben Metropolis szabályok Mozdítások: lövés és eltolás

9 Committor - az elkötelező

10 Átmeneti állapotok sokasága - TSE separatrix - elválasztó felület

11 Elkötelező eloszlások

12 Reakciósebességi állandók

13 Szabadenergia az utak terében esernyő mintavételezés

14 Alkalmazások szolvatáció víz - protontranszfer biomolekula izomerizáció fehérje feltekeredés vízklaszterek diffúzió zeolitban

15 Összegzés és kitekintés  Statisztikus mechanikailag megalapozott, ígéretes módszer  Messze nem rutinszerű  Hosszú számítások  Egyedi problémák (rendparaméter, reakciókoordináta)

16 Köszönöm a figyelmet!